Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/4953
Browse
Browsing Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program by Publisher "İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı"
Now showing 1 - 4 of 4
- Results Per Page
- Sort Options
Publication Büyüme hormonu genindeki (Gh) a13s, f166del, t24a mutasyonlarının büyüme hormonu sinyali, poliamin metabolizması ve ilişkili mirna anlatım profilleri üzerine etkisinin Hek293 hücre hattında irdelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Koyuncu, Kadriye; Gürkan, Ajda ÇokerBüyüme Hormonu (BH) geninde mutasyonlara bağlı olarak BH sentez, salınım ve sinyal bozukluğuna bağlı büyüme geriliğine İzole Büyüme Hormonu Eksikliği (İBHE) denir. Farklı etnik kökene sahip İBHE sendromlu kişilerde BH geninde pek çok mutasyon varlığı tespit edilmiştir. Ancak tespit edilen BH gen mutasyonlarının BH biyolojik aktivitesi üzerine etkisi tam olarak bilinmemektedir. Ancak doğal tio BH'nun hücre proliferayonu, invazyon-metastaz üzerine etkisi in vitro ve in vivo modellerde gösterilmiştir. Hücre içinde büyüme ve farklılaşma üzerine etkisi bilinen doğal aminler (putresin, spermidin, spermin) Poliaminler (PA) miktarı ve PA anabolizmasında rol alan Ornitin dekarboksilaz (ODC) enzim aktivitesi bu süreçte önem arz etmektedir. Ayrıca cüce farelerde (BH-) ODC anlatımı üzerinde baskılayıcı etkisi gösterilen miR-27a'nın önemi ortaya konulmuştur. Bu tez ile amacımız; İBHE sendromlu çocuklarda tespit edilen ve büyüme geriliğine neden olan Alanin Serin (A13S), 166. Fenilalanin delesyonu (∆F166), Treonin Alanin (T24) mutasyonlarının BH sinyaline bağlı hücre farklılaşmai büyüme, proliferasyon üzerine etkisinde PA miktarının ve ODC anlatım profilinin irdelenmesi ODC'yi hedef alan miR27a üzerinden moleküler mekanizmasının HEK293 hücrelerinde ortaya konulmasıdır. Doğal tip BH, A13S, ∆F166, T24A mutasyonlarını taşıyan gen içeren pcDNA3.1 aracılı yaratılan HEK293 hücrelerinde doğal tip BH anlatımının BH yoksun HEK293 hücrelerine kıyasla proliferasyon, çoğalma, koloni oluşturma ve EMT sinyalinin (N-kaderin, vimentin, Slug anlatım artışı) aktive olduğu, STAT moleküllerinin indüklendiği gösterilmiştir. Ancak mutant (A13S, ∆F166, T24A) BH sinyaline sahip HEK293 hücrelerinin doğal tip BH sinyaline sahip HEK293 kıyasla bu profillerinin mutasyona bağlı olarak azaldığı gösterilmiştir. Ayrıca BH yoksun hücrelere kıyasla doğal tip BH anlatımı yapan HEK293 hücrelerinde ODC anlatımının ve PA miktarının yüksek olduğu gösterilmiştir. Literatürde ODC inhibitörü olarak ifade edilen miR27a'nın anti-miR27a ile baskılanması durumunda hücre proliferasyonu ve bölünmesinde, koloni çapında arttışa neden olduğu tespit edilmiştir. Eş zamanlı putresin miktarlarının arttığı, ODC'nin indüklendiği en belirgin olarak doğal tip BH sinyaline sahip HEK293 hücrelerinde gösterilmiştir. Bunlara ek olarak BH salınımı ile ilişkili olduğu bilinen miRNA anlatım profilleri zamana bağlı olarak irdelendiğinde, miRNA-663, miR-2861, miR-663, miR-3152, miR-3185 anlatımlarının aktif doğal tip BH sinyaline sahip hücrelere kıyasla BH yoksun ve mutant BH (A13S, ∆F166, T24A) anlatımı yapan HEK293 hücrelerinde daha düşük olduğu belirlenmiştir. miR27a taklit eden mimics uygulanması durumunda ise ODC anlatımının azalmasına bağlı olarak putresin miktarının düştüğü, hücre bölünme, koloni oluşumu üzerine baskılayıcı etkisi olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak bu tez ile doğal tip BH sinyalinin EMT sinyali üzerinden hücre çoğalması, bölünmesi ve koloni oluşturmayı HEK293 model hücrelerde indüklerken, ODC anlatımını, intrasellüler PA miktarını arttırdığı gösterilmiştir. Ayrıca A13S, ∆F166, T24A BH mutasyonlarının ise doğal tip BH sinyaline kıyasla bu etkilerinin istatistiksel olarak azaldığı ilk defa bu tez ile gösterilmiştir. Tez kapsamında ODC hedef alan miR27a'nın BH varlığında EMT sinyali ve PA anabolik yolak üzerinde etki ederek hücre proliferasyon-bölünmesi üzerine baskılayıcı etkisinin moleküler mekanizması ilk defa bu tezPublication Crohn hastalığında vitamin d reseptörü ve ınterlökin gen ailesi tek nükleotit polimorfizmlerinin belirlenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Aksu, Sena; Arısan, Elif DamlaCrohn hastalığı, öncelikle sindirim sistemini etkileyen, karmaşık, uzun süreli, kronik bir bağırsak hastalığıdır. Aşırı iltihaplanmaya neden olan anormal bağışıklık yanıtları içerir. İnflamasyon sindirim sisteminin herhangi bir yerinde, ağızdan anüse kadar meydana gelebilir. En çok bağırsak duvarlarını, özellikle ince bağırsağın alt kısımlarını ve kalın bağırsağı etkiler. İnflamasyon olduğu zaman iltihaplı dokular kalınlaşır şişer, sindirim sisteminin iç yüzeyinde açık yara gibi ülserler oluşur. Crohn hastalığının nedeni tam olarak bilinmemektedir. Çevresel faktörler, genetik yatkınlık, immünolojik yetersizlik gibi sebepleri olabilir. Crohn hastalığına bağlı genlerin çoğu bağışıklık sistemi fonksiyonunda rol oynar. Crohn hastalarında görülen düşük Vitamin D düzeyleri dikkati çekmektedir. Bu amaçla VDR geninde görülen polimorfizmlerinflamatuar bağırsak hastalığı olan kişilerde araştırılmış ve VDR polimorfizmleri ile tez kapsamında Crohn ve ülseratif kolit hastalarındaki ilişki değerlendirilmiştir. Ayrıca interlökinlerde görülen düzensizliğin tanımlanabilmesine yönelik olarak polimorfizmler sağlıklı kontroller, Crohn hastalığı ve ülseratif kolit hastalarından elde edilen periferik kan örneklerinden elde edilen DNA örneklerinde incelenmiştir. Kontrol ve Crohn hastalarında ILRN'deki polimorfizmleri ve allelleri açısından istatiksel olarak farklılık bulunmamıştır. Sağlıklı kontrol, ülseratif kolit ve Crohn hastalarında allel sıklıkları hesaplanmıştır. VDR genindeki polimorfizmlerin belirlenmesinde FokI ile kesim yapılan ürünler için Crohn hastalığına duyarlılığı, TaqI ile kesim yapıldığında ise ülserleşmiş kolite karşı duyarlı olduğu yapılan analizler sonucu görülmektedir. IL-8 (845) rs2227532 ve IL-8 (-251) rs4073 polimorfizmi kontrol ve hasta grupları arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Tez kapsamında İBH'lerde VDR ve interlökinpolimorfizmlerinin çalışılmasına dikkat çekilmiş olup, gerekli teknik süreç tanımlanabilmiştir. Ancak gelecek çalışmalarda daha fazla hasta grubunun çalışmaya alınması istatistiksel olarak yeterli sayıda verinin eldesine olanak sağlayacaktır.Publication Potansiyel gsk3β inhibitörü epibrassinolidin anti nörodejeneratif etkisinin Tau Plazmidi aktarılmış sinir hücre modelinde gösterilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Yenigün Yazıcı, Tuğba; Obakan Yerlikaya, PınarDemansın en fazla gözlenen türü olan Alzheimer hastalığı (AH) nadiren ailesel, sıklıkla sporadik nedenlerden dolayı ortaya çıkmaktadır. AH, serebral korteks ve hipokampüste geniş alanlara yayılan, nöron (sinir hücresi) ve nöronlar arasındaki fonksiyon bozukluklarına bağlı olarak gelişen nörodejeneratif bir hastalıktır. AH patolojisinde hücre içerisinde tau ve hücre dışarısında biriken Aβ protein agregatlarının varlığı önemlidir. Tau kinaz inhibitörlerinin kullanımı AH tedavisinde terapötik strateji olarak önem taşımaktadır. AH patolojisinde otofaji temel hücresel olay olmakla birlikte nöral sağkalım üzerindeki rolü tam olarak aydınlatılamamıştır. BR' ler sınıfından steroid türevli bir bitki büyüme düzenleyicisi olan EBR, tau kinazlardan olan GSK3β'nın potansiyel bir inhibitörüdür. Bu tez çalışması kapsamında potansiyel GSK3β (Glikojen sentaz kinaz 3 beta) inhibitörü olan EBR'nin tau plazmiti transfekte edilerek in vitro taupati modeli oluşturulmuş PC12 hücrelerinde nöral sağkalım üzerindeki etkisi otofaji yolağı ile ilişkili olarak gösterilmek istenmiştir. PC12 hücrelerinde EBR'nin uygun dozunu belirlemek amacıyla MTT analizi yapılmıştır. Sonuçta EBR'nin LiCl' ye kıyasla hücre sağkalımını daha anlamlı şekilde tetiklediği gösterilmiştir. Bununla birlikte AH belirteci proteinlerin anlatımlarını veya fosforilasyon seviyelerini düzenlediği gösterilmiştir. Tau kinazlardan, GSK3β'nin Ser9 inhibe edici fosforilasyonunun tetiklendiği, CDK5 anlatımının ve p70S6K'nın aktive edici Ser371 fosforilasyonu seviyesinin azaldığı gösterilmiştir. Taupati modeli PC12 hücrelerinde otofajinin EBR uygulaması ile hücre sağkalımını tetikleyecek şekilde düzenlendiği gösterilmiştir. Tez çalışması kapsamında elde ettiğimiz sonuçlar doğrultusunda, potansiyel bir GSK3β inhibitörü olan EBR'nin anti-nörodejeneratif etkisi AH biyobelirteçi olan proteinler ve otofaji ile ilişkili proteinler üzerinde hücre sağkalımını tetikleyici etkisi olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle AH ve taupatilerde in vivo terapötik deneme çalışmalarında kullanımının mümkün olduğu belirlenmiştir.Publication Serotonin'in terapotik potansiyelinin mcf-7 meme kanseri hücrelerinde incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Gültekin, Esra Nur; Arısan, Elif DamlaMeme kanseri dünya çapında kadınlar arasında en yaygın kanser çeşidi olup, her sekiz kadından birinde görüme sıklığı olan bir kanser türüdür. Meme epitel hücreleri hemostatik dengenin korunması, hamilelik evrelerinde ve emzirme gibi önemli fizyolojik durulmada meme dokusunun fonksiyonel işlevini kontrol eder. Bu fonksiyonel işlevin bozulması durumunda meme kanseri oluşur. Erken tanı ve tedavi tekniklerine rağmen meme kanseri etki mekanizması halen açıklığa kavuşmuş değildir. Serotonin (5- hidroksitriptamin) evrimsel süreçte korunup merkezi sinir sistemine etki eden bir nörotransmiter moleküldür. Santral ve perifer sistemde anahtar rolleri bulunan 5-HT, aynı zamanda endokrin ve ekzokrin organları ve hematopoietik sistemlerdeki hücrelerin fonksiyonunun düzenlenmesinde oldukça önemli rol oynamaktadır. 5- HT epitelyal sistemin bir parçası olduğu için, meme hücrelerinin homeostaz mekanizmalarının düzenlenmesinde de efektif görevleri vardır. Serotonerjik sistemde ortaya çıkabilecek mutasyonlar yanlış düzenlenmesine yol açarak tümör oluşumunu desteklemektedir. Meme kanseri hücrelerinde eksprese serotonerjik sistem elemanları olan, TPH1, SERT, 5-HTR molekülleri kanser hücrerinde tümör prognozunu etkileyen, apoptoz, epitelyum mezankimal geçiş (EMT), reseptör tirozin kinaz (RTK) migrasyon, invazyon ve metastaz gibi mekanizmalarda tümör prognozunu etkileyen mekanizmalarda doğrudan etkilidir. Bu etki mekanizmaları baz alınarak, 5-HT sinyal yolağındaki değişikliklerin tömör meme epitelinden köken alan tümör prognozuna önemli bir neden olabileceği düşünülmektedir. Bu araştırmada, MCF-7 meme kanseri hücrelerinde serotoninin, apoptoz, EMT, RTK, JAK/ STAT yolakları üzerindeki etki mekanizması irdelenerek teropotik potansiyelinin gösterilmesi amaçlanmıştır.