Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/4953
Browse
50 results
Search Results
Item Open Access Fenitoin İn Nav 1.7 Voltaj Kapılı Sodyum Kanalları Üzerindeki Etkisinin Dunning Model Prostat Kanser Hücrelerinde Değerlendirilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) SÜTCÜ, İLKNUR; Seyhan AltunProstat kanseri (PCa); dünyada ve ülkemizde akciğer kanserinden sonra en sık teşhis edilen ikinci kanser türüdür. 55 yaşın üstündeki erkeklerde oran giderek artış göstermektedir. Prostat kanserinde primer tümörler günümüz tedavi metodlarıyla tedavi edilirken, metastaz oluşumu ile tedavi zorlaşmakta ve mortalite oranı artmaktadır. Bu nedenle PCa tedavisindeki başarıyı artırmak veölüm oranlarını azaltmak için yapılacak çalışmalar büyük önem taşımaktadır. Yapılan çalışmalar, hücrelerde ekspresyon düzeyleri artan voltaj kapılı sodyum kanallarının (VGSC) hücrenin hareketini dolayısıyla da metastatik potansiyeli artırdığı görülmüştür. Birçok çalışma ile meme, akciğer, prostat ve kolon gibi kanser çeşitlerinde VGSC'lerin bloke edilmesi sonucu hücre hareketlerinin azaltılabildiği ve metastazın engellenebildiği görülmüştür. Antiepileptik ilaç olarak kullanılan fenitoin (PHT) etkisini iyon kanal blokeri olarak göstermektedir. Meme kanseri üzerinde yapılan çalışmalar kanser hücrelerindeki VGSC'leri bloke ettiğini ve metastazı azalttığını ortaya koymuştur. Çalışmada PHT'nin prostat kanseri yüksek metastatik Mat-Lylu ve düşük metastatik AT-2 hücrelerinde ekspresyonu artan Nav 1.7 VGSC üzerindeki etkisini araştırmak amaçlanmıştır. Bu amaç için, proliferasyon, migrasyon, koloni ve apoptoz gibi etkilerinvitro olarak araştırılmıştır.Hücre proliferasyonu, MTT yöntemi ile, migrasyon, wound healing/yara oluşturma yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Her iki hücrenin proliferasyonu üzerinde toksik etki göstermeyen 1 μM ve 2 μM PHT konsantrasyonları esas alınmış ve sodyum kanal blokeri TTX, pozitif kontrol olarak kullanılmıştır. 1 μM ve 2 μM PHT konsantrasyonları ile sürdürülen çalışmalarda, koloni oluşumunun konsantrasyon arttıkça azaldığı, hücrenin lateral hareketinin/migrasyonunun anlamlı olarak inhibe olduğu görülmüştür. Sonuç olarak, PHT, hücrelerin migrasyonu üzerinde oluşturduğu inhibisyon etkisi muhtemelen, Nav 1.7 VGSC aktivitesinin bloke olmasından kaynaklanmaktadır ancak, bunun moleküler yöntemlerle daha ayrıntılı in vitro ve in vivo olarak araştırılması gerekmektedir.Item Open Access Ranolazine ve Flecainide'in Üçlü Negatif Meme Kanseri Hücreleri Üzerindeki Anti-Metastatik Etkisi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) DEMİREL, MELTEM; Seyhan AltunKüresel ölçekteki istatistiklere göre meme kanseri tüm kanserler içinde insidansı en yüksek olanıdır ve kadınlarda kanserden kaynaklanan ölümlerin başında gelmektedir. Meme kanserinden kaynaklı ölümler ise, sıklıkla metastaz nedeniyledir. Metastatik kanser hastalığının tedavi başarısı düşüktür ve metastazın altında yatan moleküler mekanizmalar henüz tam olarak aydınlatılamadığından yeni moleküler hedefli anti metastatik tedavilerin geliştirilmesine ihtiyaç vardır. Hücre membranında bulunan voltaj kapılı sodyum kanallarının (VGSC'ler) yüksek ekspresyonu, yakın geçmişte patofizyolojik olarak metastatik karsinoma ile ilişkilendirilmiştir. Çeşitli kanserlerde VGSC‟lerin alfa ve beta alt birimlerinin ekspresyonunda artış görüldüğü saptanmıştır. Alfa alt birimleri tarafından taşınan sodyum akımları ve beta alt birimleri tarafından düzenlenen yapışma etkileşimi yoluyla VGSC‟lerin istila, göç, endositoz ve gen ekspresyonu dahil olmak üzere invazyon ve migrasyonu dolayısıyla metastazı artırdıkları bulunmuştur. VGSC‟ler den SCN5A tarafından kodlanan alfa alt birim NaV1.5‟in metastatik meme kanseri hücrelerinde yüksek oranda eksprese edildiği ortaya konulmuş ve ekspresyonu artan NaV1.5 meme kanserinin teşhis ve tedavisinde umut verici bir hedef olarak kabul edilmiştir. Çalışmanın amacı, anti-aritmik olarak kullanılan ve etki mekanizması VGSC‟ler üzerine olan Ranolazine ve Flecainide‟in, MDA-MB-231 ve MCF-7 hücrelerinin invazyon ve migrasyonu üzerindeki etki potansiyellerini in vitro ve moleküler yöntemlerle araştırmaktır. Hücreler DMEM ile %5 CO2, 37 °C de yetiştirilmiştir. VGSC blokeri tetrodotoksin (TTX), 600 nM olarak kullanılmıştır. Hücre proliferasyonu MTT testi ile, migrasyon, xiv wound healing ve invazyon matrigel aracılı transvers migrasyon yolu ile belirlenmiştir. Deneyler, hücre proliferasyonu üzerinde herhangi bir etki göstermeyen 2,5 µM ve 5 µM RNL ile 0,5 µM ve 1 µM FLC konsantrasyonları ile sürdürülmüştür. MDA-MB 231 hücrelerinin motilite indeksini VGSC blokeri TTX, 24. saatte 24,6%, 48. saatte ise, 26,0% oranında azaltmaktadır. İyon kanal blokerlerinden RNL, 2.5 µM uygulandığında her iki saatte de hücrelerin motilitesinde sırasıyla, 6.7% ve 16.2% azalma meydana getirirken, 5 µM RNL, 13.8% ve 20.8% (sırasıyla) inhibisyon oluşturmuştur. 0.5 μM FLC sadece 48. saatte 8.1%, 1 μM FLC, her iki saatte hücrelerin motilitesini sırasıyla, 5.1% ve 17.6% oranında baskılamıştır. Yüksek metastatik MDA-MB-231 hücrelerinin invazyonlarını TTX, 63.9% ile önemli derecede, 5 µM RNL de, 65.6% ile TTX‟e benzer bir inhibisyon meydana getirmiştir. 1 μM FLC ise, hücrelerin invazyonunu 42.6% oranında azaltmıştır. İyon kanal blokeri olan RNL‟nin, yüksek metastatik MDA-MB-231 hücrelerinin migrasyon ve invazyonunu FLC‟ye oranla daha yüksek oranda inhibe ettiği saptanmıştır. NaV 1.5 ekspresyonu yüksek olan MDA-MB-231 hücrelerinin hareketlerini bloke ederek, meme kanseri metastazının baskılanmasında etkin rol alabileceği in vitro olarak ortaya konmuş olup, in vivo olarak da araştırılmalıdır.Item Open Access Soya Fasulyesinde (Glycine Max (L.) Merrill) Dreb Transkripsiyon Faktörü ve Kuraklık Stresi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) EŞİYOK, ESRA; Çimen AtakBu tez kapsamında ülkemizde ekimi yaygın olarak yapılan Ataem-07 soya çeşidinin kuraklık stresi altında kuraklıkla ilişkisi belirlenen DREB genlerinin, kuraklık stresindeki ifadelerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü'nden temin edilen Ataem-07 soya çeşidi tohumları T.C İstanbul Kültür Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarı'nda Hoagland besin solüsyonu verilerek 14 gün boyunca optimum koşullarda yetiştirilmiştir. Yetiştirilen bitkiler 1, 3, 5, 7. gün kuraklık stresine maruz bırakılmıştır. Hasadı gerçekleştirilen bitkilerin, ortalama boy, kök uzunluğu ve yaş ağırlığı tespit edilmiştir. Kuraklık stresi altında bitkilerin biyokimyasal cevaplarını belirlemek amacı ile MDA ve prolin miktarı saptanmıştır. Elde edilen tüm sonuçlar istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Ayrıca gen ifadelerindeki değişimleri karşılaştırmak amacı ile RNA izolasyonu yapılmış ardından cDNA reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve Real-Time PCR analizi yapılmıştır. Elde edilen veriler soya fasulyesi kontrol grubu ve kuraklık stresine maruz kalan bitkiler arasında karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak yapılan bu çalışmada seçilen Ataem-07 soya fasulyesi bitkisinde kuraklık stresinde belirlediğimiz DREB genlerinde, DREB1'in 1. gününde, DREB2'de 1. ve 7. günlerde ifadelerinde artış gözlenmiştir. Ayrıca bu çeşitteki DREB1 ve DREB2 transkripsiyon faktörleri ile ilgili SNP'ler ele alınmıştır.Item Open Access miR-150 İfadesinin Mezenkimal Karakterlere Etkisinin Üç Boyutlu Pankreas Kanseri Hücre Formlarında İncelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) SARIKAYA, ESRA NAZ; Özge RencüzoğullarıPankreas kanseri (PK) cerrahi müdahale ve kemoterapi ilaçlarının kullanımına rağmen tedavilere karşı geliştirdiği direnç ile beş yıllık sağkalım oranı oldukça düşük agresif yapıda olan ve dünyada kanser ölümlerinde yedinci sırada yer alan bir tümördür. Hücre döngüsünde önemli rolü olan CDK4/6'yı spesifik olarak hedef alan CDK inhibitör ajanı Palbosiklib (PD), hücrenin G1 fazından S fazına geçişini baskılayarak hücre döngüsünün devamlılığını engeller. PK'de ifade seviyesi düşük olan ve tümör baskılayıcı görevi gören miR-150 ifade seviyesinin arttırılması ile tümörigenez ile ilişkili süreçler baskılanmaktadır. Üç boyutlu (3B) hücre kültürü, tümörlere benzer genetik özelliklere sahip olduklarından tümörün ilaca karşı oluşturduğu cevabı mimik edebilmektedir. Bu çalışmanın amacı, artan miR-150 ifadesi ile ilişkili olarak PD'nin 3B hücre kültürü formlarında hücre sağkalımı, hücre çoğalması ve migrasyona etkisinin, farklı metastatik karaktere sahip MIAPaCa-2 ve Capan-2 PK hücrelerinde transkriptomik ve proteomik çalışmalar ile incelenmesidir. Yumuşak agar koloni oluşturma deneyi, Matrigel testi ve asılı damla modeli ile 3B PK hücre formları elde edilmiştir. miR-150 ifadesi arttırılan 3B formlarındaki PK hücrelerinde PD'nin koloni oluşturma potansiyelini inhibe edici etkisinin arttığı gözlenmiştir. Aynı zamanda artan miR-150 ifadesine bağlı olarak PD'nin hücre migrasyonunu baskıladığı incelenmiştir. Epitel-mezenkimal geçiş mekanizmasında görev alan mRNA ve protein ifadeleri incelendiğinde 2B hücre formlarına göre 3B formlarında mezenkimal belirteçlerin ifadesindeki artışın, artan miR-150 ifadesi ile PD uygulamasına bağlı olarak azaldığı gözlenmiştir. Sonuç olarak, miR-150 ifadesi ile PD sinerjistik etki göstererek MIAPaCa-2 ve Capan-2 PK 3B hücre formlarında mezenkimal karakteri baskılamıştır. miR-150 ifadesinin PK kombine terapilerinde kullanılabileceği yönelik umut verici öncül sonuçlar elde edilmiştir.Item Open Access miR-506 İfadesi Arttırılan MCF-7 ve MDA-MB-231 Meme Kanseri Hücrelerinde Metforminin Apoptotik Hücre Ölümü Üzerine Etkisinin İncelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) QAYOUMI, SURAYA; Özge RencüzoğullarıMeme kanseri insidansi değerlendirildiğinde ikinci sırada görülen kanserdir. BRCA1 veya BRCA2 genlerinde kalıtsal mutasyonları meme kanseri vakalarında sırasıyla % 72 ve % 69 ornalarında yüksek risk faktörleridir. Menopoz sonrası kullanılan östrojen ve progesteron hormonlarının kombinasyonu, aile öyküsü, genetik mutasyonlar, meme kanseri ile ilişkili olarak değiştirilemeyen risk faktörlerdir. Metformin, Galega offıvınalıs bitkisinden izole edilen ilaçtır. Kan glukoz seviyesini düşürmesindeki ana mekanizma, glukoneogenezisi inhibe ederek hepatik glukoz üretimimi azaması ve insülin duyarlılığını düzeltmesidir. Metformin, tip 2 Diabetes mellitus' un (DM) tedavisinde kullanılan bir ilaçtır. 2014 yılında yapılan bir meta-analizde, metformin kullanan bireylerin meme kanseri insidansı daha düşük göstermiştir. Metformin, AMP ile aktive olan protein kinazın (AMPK) aktivasyonu nedeniyle anti- proliferatif memeli rapamisin hedefini (mTOR) baskılar hücre büyümesini inhibe eder. miR-506 ilk olarak primat testislerinde X kromozomuna bağlantılı miRNA kümesi olarak tanımlanmıştır. Anti-onkojenik olarak in vitro ve in vivo çalışmalarda miR-506'nın restorasyonunun tümör büyümesinin baskıladığı gösterilmiştir. Aynı zamanda, miR-506'nın meme kanseri hücre hatlarında epitelyal-mezenkimal geçişi (EMT'yi) düzenlemede rolü olduğu incelenmiştir. miR-506 yüksek ifadesinin meme kanseri hücrelerinin proliferasyonunu ve metastazını inhibe ettiğini gösterilmiştir. Bu tez çalışmasındaki amaç, miR-506 ifadesi arttırılan MDA-MB-231 ve MCF-7 meme kanseri hücrelerinde metforminin apoptotik hücre ölümü üzerine etkisinin incelenmesidir. Elde edilen sonuçlarda metforminin meme kanseri hücrelerinde hücre çoğalmasını, koloni oluşumunu, migrasyonunu, inhibe edici etkisi, miR-506 ifadesi arttırıldığında anlamlı ölçüde arttırmıştır. Sonuç olarak, miR-506 ifadesi meme kanseri hücrelerinde tümör baskılayıcı olarak görev yapmakta ve metforminin etkisini arttırıcı etkisi ilerde yapılacak in vivo çalışmalara ön veri oluşturmuştur. miR-506 ve metformin kombinasyonunun hücre canlılığını baskılama ve hücre ölümünü tetiklemedeki rolü hücre içi sinyal yolaklarına etkisi üzerinden incelenmeye devam edilecektir.Item Open Access Sodyum Perborat Tetrahidratın Pankreas Kanseri Üzerindeki Sitotoksik Etkisinin Araştırılması(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) ALSHALTONE, SARA KHALIL A.; Ezgi Avşar AbdikPankreas kanseri, dünyadaki en ölümcül yedinci kanser türü olarak sınıflandırılmaktadır. Hastalık son evrelerinde belirti verdiği için teşhis edilmesi zordur. Bununla birlikte, hastalığın tedavisi için çeşitli yaklaşımlar mevcuttur. Cerrahi, Neoadjuvan ve Adjuvan terapi, Kemoterapi ve Radyoterapi geleneksel tedavi yöntemleri arasında yer almaktadır. Tedavi türü, kanserin ciddiyetine / seviyesine göre değişiklik göstermektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar doğal ürünlerin birçok kanserin tedavisine katkıda bulunduğunu göstermiştir. Bu doğal ürünler arasında resveratrol, kurkumin, piperin, dioscin ve bor bulunmaktadır. Bor; suda, toprakta ve günlük insan diyetinde bulunan doğal bir üründür. İnsanların ve hayvanların yaşamlarında hayati rol oynamaktadır. Bor; yara iyileşmesini etkinleştirir, bağışıklık sistemini güçlendirir ve kemiklerin oluşumuna ve korunmasına yardımcı olur. Ayrıca, bir anti-oksidan ve bir anti-mikrobiyal ajan olarak görev alır. Son araştırmalara göre, borun anti-kanser özelliğinin olduğu da kanıtlanmıştır. Bu nedenle, bu çalışmanın temel amacı, MTT tahlili, Apoptoz analizi, Hücre döngüsü analizi, DIOC6 boyası, Propidyum ioydür (PI) boyası ve gerçek zaman PZR ile sodyum perborat tetrahidrat (SPT)'nin pankreas kanseri hücresi MIAPaCa-2 üzerindeki sitotoksik etkilerini araştırmaktır. Sonuçlara göre 125 μg/ml SPT dozunun hücre canlılığını azalttığı görülmüştür. Ayrıca bu doz hücrelerin apoptoza gitmesine neden olmuştur. Apoptoz analizi sonuçlarına göre, 125 ug / ml SPT uygulanan grupta apoptotik hücrelerin yüzdesinin arttığı görülmüştür. Hücre döngüsü analizine göre ise 125 μg / mL SPT uygulanan grupta sub-G0 / G1 fazında hücre yüzdesi artarken, G0 / G1 ve G2 / M fazlarındaki hücre yüzdeleri azalmıştır. Sub- G0 / G1 fazındaki bu artış apoptoz sonuçlarını desteklemektedir. Ek olarak, 125 ug / ml SPT uygulanan grupta DIOC6 boyaması sonucunda hücrelerin mitokondriyal membran potansiyellerini kaybettiği gözlenmiştir. PI boyaması ile de 125 ug / ml SPT uygulanan grupta hücrelerin apoptoza gittiği görülmüştür. PI boyaması ile apoptoz sonuçları desteklenmiştir. BAX ve KASPAZ 9 genlerinin ekspresyonu, 125 μg / ml SPT uygulanan grupta önemli ölçüde artmıştır. Bununla birlikte, P53 tümör baskılayıcı geninin gen ekspresyonunda ise önemli ölçüde değişiklik görülmemiştir. Bu bulgulara dayanarak SPT, pankreas kanser hücresi MIAPaCa-2'nin proliferasyonunu azaltmış ve hücrelerin apoptoza gitmesine sebep olmuştur. Elde edilen sonuçlar, SPT'nin pankreas kanseri için umut verici bir terapötik aday olabileceğini göstermektedir. Bununla birlikte, SPT'nin etkinliğini kanıtlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.Item Open Access Allantoinin Cilt Onarımındaki Rolünün Değerlendirilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) GÖKÇE, GÜLGÜN; Ezgi Avşar AbdikDeri vücuttaki en büyük organdır ve vücudun tüm dış yüzeyini kaplar. Anatomi ve işlev bakımından önemli ölçüde farklılık gösteren epidermis, dermis ve hipodermis olmak üzere üç katmandan oluşur. Cildin yapısı, vücudun patojenlere, UV ışığına, kimyasallara ve mekanik yaralanmaya karşı ilk bariyeri olarak hizmet eden karmaşık bir sistemden oluşur. Aynı zamanda sıcaklığı ve çevreye salınan su miktarını da düzenler. Yaralanmalarda ilk hasarı deri alır ve aşamalı olarak yara iyileştirme süreci başlar. Yara iyileştirme, travma ile tetiklenen hücresel ve biyokimyasal olayların etkileşimi ile birlikte hasarlanan dokunun yeniden onarılmasıdır. Yara iyileşmesi birçok hücre tipini, çeşitli sitokinlerin ve büyüme faktörlerinin birbiriyle uyum içinde rol aldığı biyolojik, komplike, dinamik bir süreçtir. Yara iyileşmesi, dört aşamadan oluşur: hemostaz, iltihaplanma, proliferasyon ve yeniden şekillenme. Yapılan çalışmalarda doğal bileşiklerin yara iyileşmesinde etkili olduğu gösterilmiştir. Allantoin genellikle Karakafes bitkisinden elde edilen toz halinde temin edilip çalışmalarda kullanılan bir pürin türevidir. Doğal bir bileşik olan allantoin; antioksidan, antiinflamatuar, yara iyileşmesi ve hipoglisemik etkiler dahil olmak üzere çeşitli farmakolojik özellikler sergiler. Aynı zamanda yenilikçi olarak yara iyileştirme basamaklarında kullanılmaktadır. MTT analizi, Apoptoz analizi, Yara Kapanma deneyi, Hücre döngüsü analizi, DIOC6 boyası, ve kantitatif PCR analizi yardımıyla allantoinin HaCaT hücre hattı üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre 200 μM allantoin dozunun hücre canlılığını ve yara iyileşmesini anlamlı oranda arttırdığı görülmüştür. Allantoin uygulaması apoptotik hücre sayısında bir artışa sebep olmamıştır. 200 μM allantoin uygulanan hücrelerin S vs G2/M fazında toplandığı görülmüş ve elde edilen sonuçlar MTT sonuçlarını desteklemiştir. Bunlara ek olarak, 200 μM Allantoin uygulamasının Akt, Col1a ve Fibronektin seviyelerinde artışa neden olduğu gösterilmiştir. Sonuçlar, allantoinin yara iyileşmesinde etkili olduğunu ve tedavide kullanım için uygun bir doğal bileşik olduğunu göstermektedir.Item Open Access Resveratrol'un Kolon Kanser Hücrelerindeki Nav1.5 Voltaj Kapılı Sodyum Kanalları Üzerine Etkisi: Metastatik Davranış ve Apoptoz(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) MUSTAPHA, FATME; Seyhan AltunKolorektal kanser (CRC); özellikle son yıllarda tüm dünyada, sindirim sistemine ait en yaygın malignitelerinden biri haline gelmiştir. CRC'de primer tümörden ayrılan hücrelerin kan veya lenf yolu ile bir başka organa giderek yerleşmesi ve çoğalması olarak tanımlanan metastaz kanser hastalarında yaşamı en çok tehdit eden olaydır ve ölümlerin de %90՚ nından sorumludur. Bu nedenle, metastatik sürecin altında yatan mekanizmaları anlamak ve tedavi stratejileri geliştirmek önem taşımaktadır. Hücre membranlarında eksprese olan voltaj kapılı sodyum kanallarının (VGSC), malignitenin görüldüğü yüksek metastatik kanser hücrelerinde yüksek oranda eksprese edildikleri saptanmıştır. Prostat, meme, akciğer gibi kanserlerde yapılan in vitro ve in vivo çalışmalarda, VGSC lerin bazı ilaç veya ajanlarla bloke edilmesi ile, metastaza neden olan hücre hareketinin (invazyon ve migrasyonun) baskılanabileceği gösterilmiştir. Günümüzde bazı hastalıkların polifenoller gibi doğal bileşiklerle tedavisi alternatif ve komplementer tedavi araştırma alanında önemli bir yere sahiptir. Polifenollerden resveratrol, üzüm, kırmızı şarap, dut gibi bitkilerde bulunur. Resveratrol'ün, kanser progresyonunun başlaması, gelişmesi ve ilerlemesinde etkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada resveratrolun (RSV), kolon kanserinde ekspresyonu artan Nav1.5 VGSC üzerindeki rolünü; farklı metastatik özellikteki SW620 ve HT29 hücrelerinin apoptoz, koloni, migrasyon ve invazyonları ile metastatik davranışlarının in vitro olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç için, RSV'nin SW620 ve HT29 hücrelerinin proliferasyonları MTT yöntemi ile, apoptoz ve koloni oluşumları araştırılmış ve migrasyon üzerindeki etkileri için yara analizi ve matrigel ile transvers invasyon metodları kullanılmıştır. Hücre proliferasyonu üzerinde toksik etki göstermeyen 0.5 µM ve 1 µM RSV konsantrasyonları ile sürdürülen çalışmalarda 1 µM RSV'nin koloni oluşumunu inhibe ettiği ve hücre migrasyonunu ve invasyonunu sodyum kanal blokeri TTX seviyesinde inhibisyona neden olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak RSV'nin, VGSC'leri inhibe ederek, kolon kanseri metastazının azaltılmasında etken bir doğal bileşik olabileceği in vitro olarak belirlenmiştir.Item Open Access Metforminin MDA-MB-231 Üçlü Negatif Meme Kanseri Hücrelerindeki Apoptoz ve Otofaji Üzerindeki Etkisinin Gösterilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2022) SONALP, ZEYNEP GÜLŞAH; Özge RencüzoğullarıMeme kanseri dünyada ve ülkemizde kadınlarda en sık görülen kanser türleri arasında ilk sırada yer almaktadır. Menopoz yaşı, obezite, tip 2 diyabet, kişisel kanser öyküsü, ailesel kanser öyküsü, BRCA1-2 mutasyonları gibi risk faktörleri ile sigara ve alkol kullanımı gibi çevresel faktörler meme kanseri gelişiminde rol oynamaktadır. 2018 Dünya Sağlık Örgütü (WHO) verilerine göre her altı ölümden birinin nedeni kanser olup, meme kanseri kadınlarda ilk sırada yer almaktadır. Metformin, tip 2 diyabetli hastalarda birinci basamak tedavi olarak uygulanan biguanid sınıfı bir antidiyabetik ilaçtır. Metformin insülin metabolizmasını düzenlediği gibi kilo kontrolünü de sağlar ve ayrıca insülin direnci tedavisinde kullanılır. Çalışmalar, metforminin çeşitli kanser türlerinde tümörijenezi baskılayıcı ve antiproliferatif etkilere sahip olduğunu göstermiştir. Kanser hücrelerinde sinyal iletimi, serin/tirozin kinaz gibi sitoplazmik kinazların reseptör tirozin kinazlarının (RTK) aktivasyonu yoluyla gerçekleşir. PI3K/Akt/mTOR sinyal yolu, hücre büyümesi, otofaji, apoptoz ve lipid metabolizması gibi önemli hücresel olaylarda yer alır. Otofajinin pozitif düzenleyicisi olan AMPK, Akt/mTOR yolunu baskılar ve otofajiyi indükler. Hippo sinyal yolu, hücre çoğalmasını ve apoptozu düzenler, organ boyutunu düzenler ve doku stabilitesini korur. Hippo sinyal yolundaki bozukluklar, meme kanseri hücrelerini metastaz yapmaya teşvik eder. Literatürdeki bilgiler doğrultusunda bu tez çalışmasının amacı, metformin tedavisinin meme kanseri hücrelerinde ilaç uygulama dozlarına bağlı olarak apoptoz ve otofaji üzerine Hippo sinyal yolu aktivitesi üzerindeki etkilerini ortaya koymaktır. Hücre canlılık testi, florasan boyama, immünoblotlama deneyleri gerçekleştirilerek, metformin tedavisinin hippo sinyal yolu aktivitesini arttırarak apoptoz ve otofojinin indüklenmesini sağladığı gösterilmiştir.Item Open Access Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüsü-2'nin (SARS-COV-2) Klinik COVİD-19 Tanı Yöntemlerinde Kantitatif RT-PCR (q-RT-PCR) Analiz Metodunun Ters Transkripsiyon Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (RT-LAMP) Analiz Metoduna Göre Effektivesinin Karşılaştırılması(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2022) ARTİK, YAKUP; Alp AyanYeni koronavirüs/şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2'nin neden olduğu Coronavirus hastalığı-2019 veya COVID-19 (SARS-CoV-2 veya 2019-nCoV), küresel etkileri ile ortaya çıkan, hızlı ve güvenilir tanı testleri gerektiren ve günümüzde devam eden bir pandemidir. Kantitatif ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (q-RT-PCR), SARS-CoV-2 tespitleri için altın standart yöntemdir. Öte yandan, yeni yaklaşımlar tanı güçlüklerini yavaş yavaş gidermektedir. Bu yeni yaklaşımlardan biri olarak ters transkripsiyon döngüsü aracılı izotermal amplifikasyon (RT-LAMP) tekniği ile daha hızlı ve ucuz testlere katkıda bulunabilir. Bu çalışma, 30-45 dakikada sonuç verebilen hızlı tarama tanı testini değerlendirmek ve RT-LAMP'nin etkinliğini q-RT-PCR ile karşılaştırmak için tasarlanmıştır. Rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesi, SARS-CoV-2 nükleik dizisinin bir kısmı ile nazofaringeal sürüntülerle oluşturulmuştur. Kantifikasyon döngüsü (Ct) değerleri örneği, RT-LAMP ve ayrıca geleneksel q-RT-PCR kullanılarak test edildi. Hasta numuneleri dört farklı kit (SENSObiz COVID‐19 [SARS‐CoV‐2] RT-LAMP Assay kiti, QIAprep & amp Viral RNA UM kiti, Biospeedy SARS‐CoV‐2 Variant Plus kiti ve CoVirion‐CV19‐2 SARS‐CoV‐2 OneStep RT‐PCR kiti) ve iki farklı PCR cihazı (GDS Rotor‐Gene Q Thermocycler PCR cihazı ve İnovia Technologies GenX series PCR cıhazı) ile test edildi. Pozitif/Negatif (P/N) oranı rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesine dayalı olarak ilk gün yapılan deneylerde; İnovia cihazında çalışılan numuneler için Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %93,3 (28/2) pozitiflik yakalamıştır. Rotor-Gene cihazında ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %96,7 (29/1) pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler üzerinde beşinci günde yapılan deneylerde ise İnovia cihazında Biospeedy kiti %90 (27/3), Covirion kiti %93,3 (28/2), Qiagen kiti %53,3 (16/14) oranında pozitiflik yakalamıştır. Bu örnekler beşinci günde Rotor-Gene cihazında incelendiğinde ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %96,7 (29/1), Qiagen kiti %63,3 (19/11) oranında pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler RT-LAMP yöntemi ile karşılaştırıldığında ilk gün %63,3 (19/11) pozitiflik elde edilirken beşinci günde ise %60 (18/12) pozitiflik bulundu. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar ile SARS‐CoV-2 test çalışmaları RT-LAMP tekniği ile hızlı teşhis sistemlerinin geliştirilmesine yönelik proaktif bir yaklaşıma katkı sağlayacaktır.