Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/4953

Browse

Now showing 1 - 20 of 51

Fenitoin İn Nav 1.7 Voltaj Kapılı Sodyum Kanalları Üzerindeki Etkisinin Dunning Model Prostat Kanser Hücrelerinde Değerlendirilmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) SÜTCÜ, İLKNUR; Seyhan Altun
Prostat kanseri (PCa); dünyada ve ülkemizde akciğer kanserinden sonra en sık teşhis edilen ikinci kanser türüdür. 55 yaşın üstündeki erkeklerde oran giderek artış göstermektedir. Prostat kanserinde primer tümörler günümüz tedavi metodlarıyla tedavi edilirken, metastaz oluşumu ile tedavi zorlaşmakta ve mortalite oranı artmaktadır. Bu nedenle PCa tedavisindeki başarıyı artırmak veölüm oranlarını azaltmak için yapılacak çalışmalar büyük önem taşımaktadır. Yapılan çalışmalar, hücrelerde ekspresyon düzeyleri artan voltaj kapılı sodyum kanallarının (VGSC) hücrenin hareketini dolayısıyla da metastatik potansiyeli artırdığı görülmüştür. Birçok çalışma ile meme, akciğer, prostat ve kolon gibi kanser çeşitlerinde VGSC'lerin bloke edilmesi sonucu hücre hareketlerinin azaltılabildiği ve metastazın engellenebildiği görülmüştür. Antiepileptik ilaç olarak kullanılan fenitoin (PHT) etkisini iyon kanal blokeri olarak göstermektedir. Meme kanseri üzerinde yapılan çalışmalar kanser hücrelerindeki VGSC'leri bloke ettiğini ve metastazı azalttığını ortaya koymuştur. Çalışmada PHT'nin prostat kanseri yüksek metastatik Mat-Lylu ve düşük metastatik AT-2 hücrelerinde ekspresyonu artan Nav 1.7 VGSC üzerindeki etkisini araştırmak amaçlanmıştır. Bu amaç için, proliferasyon, migrasyon, koloni ve apoptoz gibi etkilerinvitro olarak araştırılmıştır.Hücre proliferasyonu, MTT yöntemi ile, migrasyon, wound healing/yara oluşturma yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Her iki hücrenin proliferasyonu üzerinde toksik etki göstermeyen 1 μM ve 2 μM PHT konsantrasyonları esas alınmış ve sodyum kanal blokeri TTX, pozitif kontrol olarak kullanılmıştır. 1 μM ve 2 μM PHT konsantrasyonları ile sürdürülen çalışmalarda, koloni oluşumunun konsantrasyon arttıkça azaldığı, hücrenin lateral hareketinin/migrasyonunun anlamlı olarak inhibe olduğu görülmüştür. Sonuç olarak, PHT, hücrelerin migrasyonu üzerinde oluşturduğu inhibisyon etkisi muhtemelen, Nav 1.7 VGSC aktivitesinin bloke olmasından kaynaklanmaktadır ancak, bunun moleküler yöntemlerle daha ayrıntılı in vitro ve in vivo olarak araştırılması gerekmektedir.
Ranolazine ve Flecainide'in Üçlü Negatif Meme Kanseri Hücreleri Üzerindeki Anti-Metastatik Etkisi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) DEMİREL, MELTEM; Seyhan Altun
Küresel ölçekteki istatistiklere göre meme kanseri tüm kanserler içinde insidansı en yüksek olanıdır ve kadınlarda kanserden kaynaklanan ölümlerin başında gelmektedir. Meme kanserinden kaynaklı ölümler ise, sıklıkla metastaz nedeniyledir. Metastatik kanser hastalığının tedavi başarısı düşüktür ve metastazın altında yatan moleküler mekanizmalar henüz tam olarak aydınlatılamadığından yeni moleküler hedefli anti metastatik tedavilerin geliştirilmesine ihtiyaç vardır. Hücre membranında bulunan voltaj kapılı sodyum kanallarının (VGSC'ler) yüksek ekspresyonu, yakın geçmişte patofizyolojik olarak metastatik karsinoma ile ilişkilendirilmiştir. Çeşitli kanserlerde VGSC‟lerin alfa ve beta alt birimlerinin ekspresyonunda artış görüldüğü saptanmıştır. Alfa alt birimleri tarafından taşınan sodyum akımları ve beta alt birimleri tarafından düzenlenen yapışma etkileşimi yoluyla VGSC‟lerin istila, göç, endositoz ve gen ekspresyonu dahil olmak üzere invazyon ve migrasyonu dolayısıyla metastazı artırdıkları bulunmuştur. VGSC‟ler den SCN5A tarafından kodlanan alfa alt birim NaV1.5‟in metastatik meme kanseri hücrelerinde yüksek oranda eksprese edildiği ortaya konulmuş ve ekspresyonu artan NaV1.5 meme kanserinin teşhis ve tedavisinde umut verici bir hedef olarak kabul edilmiştir. Çalışmanın amacı, anti-aritmik olarak kullanılan ve etki mekanizması VGSC‟ler üzerine olan Ranolazine ve Flecainide‟in, MDA-MB-231 ve MCF-7 hücrelerinin invazyon ve migrasyonu üzerindeki etki potansiyellerini in vitro ve moleküler yöntemlerle araştırmaktır. Hücreler DMEM ile %5 CO2, 37 °C de yetiştirilmiştir. VGSC blokeri tetrodotoksin (TTX), 600 nM olarak kullanılmıştır. Hücre proliferasyonu MTT testi ile, migrasyon, xiv wound healing ve invazyon matrigel aracılı transvers migrasyon yolu ile belirlenmiştir. Deneyler, hücre proliferasyonu üzerinde herhangi bir etki göstermeyen 2,5 µM ve 5 µM RNL ile 0,5 µM ve 1 µM FLC konsantrasyonları ile sürdürülmüştür. MDA-MB 231 hücrelerinin motilite indeksini VGSC blokeri TTX, 24. saatte 24,6%, 48. saatte ise, 26,0% oranında azaltmaktadır. İyon kanal blokerlerinden RNL, 2.5 µM uygulandığında her iki saatte de hücrelerin motilitesinde sırasıyla, 6.7% ve 16.2% azalma meydana getirirken, 5 µM RNL, 13.8% ve 20.8% (sırasıyla) inhibisyon oluşturmuştur. 0.5 μM FLC sadece 48. saatte 8.1%, 1 μM FLC, her iki saatte hücrelerin motilitesini sırasıyla, 5.1% ve 17.6% oranında baskılamıştır. Yüksek metastatik MDA-MB-231 hücrelerinin invazyonlarını TTX, 63.9% ile önemli derecede, 5 µM RNL de, 65.6% ile TTX‟e benzer bir inhibisyon meydana getirmiştir. 1 μM FLC ise, hücrelerin invazyonunu 42.6% oranında azaltmıştır. İyon kanal blokeri olan RNL‟nin, yüksek metastatik MDA-MB-231 hücrelerinin migrasyon ve invazyonunu FLC‟ye oranla daha yüksek oranda inhibe ettiği saptanmıştır. NaV 1.5 ekspresyonu yüksek olan MDA-MB-231 hücrelerinin hareketlerini bloke ederek, meme kanseri metastazının baskılanmasında etkin rol alabileceği in vitro olarak ortaya konmuş olup, in vivo olarak da araştırılmalıdır.
Soya Fasulyesinde (Glycine Max (L.) Merrill) Dreb Transkripsiyon Faktörü ve Kuraklık Stresi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) EŞİYOK, ESRA; Çimen Atak
Bu tez kapsamında ülkemizde ekimi yaygın olarak yapılan Ataem-07 soya çeşidinin kuraklık stresi altında kuraklıkla ilişkisi belirlenen DREB genlerinin, kuraklık stresindeki ifadelerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü'nden temin edilen Ataem-07 soya çeşidi tohumları T.C İstanbul Kültür Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarı'nda Hoagland besin solüsyonu verilerek 14 gün boyunca optimum koşullarda yetiştirilmiştir. Yetiştirilen bitkiler 1, 3, 5, 7. gün kuraklık stresine maruz bırakılmıştır. Hasadı gerçekleştirilen bitkilerin, ortalama boy, kök uzunluğu ve yaş ağırlığı tespit edilmiştir. Kuraklık stresi altında bitkilerin biyokimyasal cevaplarını belirlemek amacı ile MDA ve prolin miktarı saptanmıştır. Elde edilen tüm sonuçlar istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Ayrıca gen ifadelerindeki değişimleri karşılaştırmak amacı ile RNA izolasyonu yapılmış ardından cDNA reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve Real-Time PCR analizi yapılmıştır. Elde edilen veriler soya fasulyesi kontrol grubu ve kuraklık stresine maruz kalan bitkiler arasında karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak yapılan bu çalışmada seçilen Ataem-07 soya fasulyesi bitkisinde kuraklık stresinde belirlediğimiz DREB genlerinde, DREB1'in 1. gününde, DREB2'de 1. ve 7. günlerde ifadelerinde artış gözlenmiştir. Ayrıca bu çeşitteki DREB1 ve DREB2 transkripsiyon faktörleri ile ilgili SNP'ler ele alınmıştır.
miR-150 İfadesinin Mezenkimal Karakterlere Etkisinin Üç Boyutlu Pankreas Kanseri Hücre Formlarında İncelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) SARIKAYA, ESRA NAZ; Özge Rencüzoğulları
Pankreas kanseri (PK) cerrahi müdahale ve kemoterapi ilaçlarının kullanımına rağmen tedavilere karşı geliştirdiği direnç ile beş yıllık sağkalım oranı oldukça düşük agresif yapıda olan ve dünyada kanser ölümlerinde yedinci sırada yer alan bir tümördür. Hücre döngüsünde önemli rolü olan CDK4/6'yı spesifik olarak hedef alan CDK inhibitör ajanı Palbosiklib (PD), hücrenin G1 fazından S fazına geçişini baskılayarak hücre döngüsünün devamlılığını engeller. PK'de ifade seviyesi düşük olan ve tümör baskılayıcı görevi gören miR-150 ifade seviyesinin arttırılması ile tümörigenez ile ilişkili süreçler baskılanmaktadır. Üç boyutlu (3B) hücre kültürü, tümörlere benzer genetik özelliklere sahip olduklarından tümörün ilaca karşı oluşturduğu cevabı mimik edebilmektedir. Bu çalışmanın amacı, artan miR-150 ifadesi ile ilişkili olarak PD'nin 3B hücre kültürü formlarında hücre sağkalımı, hücre çoğalması ve migrasyona etkisinin, farklı metastatik karaktere sahip MIAPaCa-2 ve Capan-2 PK hücrelerinde transkriptomik ve proteomik çalışmalar ile incelenmesidir. Yumuşak agar koloni oluşturma deneyi, Matrigel testi ve asılı damla modeli ile 3B PK hücre formları elde edilmiştir. miR-150 ifadesi arttırılan 3B formlarındaki PK hücrelerinde PD'nin koloni oluşturma potansiyelini inhibe edici etkisinin arttığı gözlenmiştir. Aynı zamanda artan miR-150 ifadesine bağlı olarak PD'nin hücre migrasyonunu baskıladığı incelenmiştir. Epitel-mezenkimal geçiş mekanizmasında görev alan mRNA ve protein ifadeleri incelendiğinde 2B hücre formlarına göre 3B formlarında mezenkimal belirteçlerin ifadesindeki artışın, artan miR-150 ifadesi ile PD uygulamasına bağlı olarak azaldığı gözlenmiştir. Sonuç olarak, miR-150 ifadesi ile PD sinerjistik etki göstererek MIAPaCa-2 ve Capan-2 PK 3B hücre formlarında mezenkimal karakteri baskılamıştır. miR-150 ifadesinin PK kombine terapilerinde kullanılabileceği yönelik umut verici öncül sonuçlar elde edilmiştir.
miR-506 İfadesi Arttırılan MCF-7 ve MDA-MB-231 Meme Kanseri Hücrelerinde Metforminin Apoptotik Hücre Ölümü Üzerine Etkisinin İncelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) QAYOUMI, SURAYA; Özge Rencüzoğulları
Meme kanseri insidansi değerlendirildiğinde ikinci sırada görülen kanserdir. BRCA1 veya BRCA2 genlerinde kalıtsal mutasyonları meme kanseri vakalarında sırasıyla % 72 ve % 69 ornalarında yüksek risk faktörleridir. Menopoz sonrası kullanılan östrojen ve progesteron hormonlarının kombinasyonu, aile öyküsü, genetik mutasyonlar, meme kanseri ile ilişkili olarak değiştirilemeyen risk faktörlerdir. Metformin, Galega offıvınalıs bitkisinden izole edilen ilaçtır. Kan glukoz seviyesini düşürmesindeki ana mekanizma, glukoneogenezisi inhibe ederek hepatik glukoz üretimimi azaması ve insülin duyarlılığını düzeltmesidir. Metformin, tip 2 Diabetes mellitus' un (DM) tedavisinde kullanılan bir ilaçtır. 2014 yılında yapılan bir meta-analizde, metformin kullanan bireylerin meme kanseri insidansı daha düşük göstermiştir. Metformin, AMP ile aktive olan protein kinazın (AMPK) aktivasyonu nedeniyle anti- proliferatif memeli rapamisin hedefini (mTOR) baskılar hücre büyümesini inhibe eder. miR-506 ilk olarak primat testislerinde X kromozomuna bağlantılı miRNA kümesi olarak tanımlanmıştır. Anti-onkojenik olarak in vitro ve in vivo çalışmalarda miR-506'nın restorasyonunun tümör büyümesinin baskıladığı gösterilmiştir. Aynı zamanda, miR-506'nın meme kanseri hücre hatlarında epitelyal-mezenkimal geçişi (EMT'yi) düzenlemede rolü olduğu incelenmiştir. miR-506 yüksek ifadesinin meme kanseri hücrelerinin proliferasyonunu ve metastazını inhibe ettiğini gösterilmiştir. Bu tez çalışmasındaki amaç, miR-506 ifadesi arttırılan MDA-MB-231 ve MCF-7 meme kanseri hücrelerinde metforminin apoptotik hücre ölümü üzerine etkisinin incelenmesidir. Elde edilen sonuçlarda metforminin meme kanseri hücrelerinde hücre çoğalmasını, koloni oluşumunu, migrasyonunu, inhibe edici etkisi, miR-506 ifadesi arttırıldığında anlamlı ölçüde arttırmıştır. Sonuç olarak, miR-506 ifadesi meme kanseri hücrelerinde tümör baskılayıcı olarak görev yapmakta ve metforminin etkisini arttırıcı etkisi ilerde yapılacak in vivo çalışmalara ön veri oluşturmuştur. miR-506 ve metformin kombinasyonunun hücre canlılığını baskılama ve hücre ölümünü tetiklemedeki rolü hücre içi sinyal yolaklarına etkisi üzerinden incelenmeye devam edilecektir.
Sodyum Perborat Tetrahidratın Pankreas Kanseri Üzerindeki Sitotoksik Etkisinin Araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) ALSHALTONE, SARA KHALIL A.; Ezgi Avşar Abdik
Pankreas kanseri, dünyadaki en ölümcül yedinci kanser türü olarak sınıflandırılmaktadır. Hastalık son evrelerinde belirti verdiği için teşhis edilmesi zordur. Bununla birlikte, hastalığın tedavisi için çeşitli yaklaşımlar mevcuttur. Cerrahi, Neoadjuvan ve Adjuvan terapi, Kemoterapi ve Radyoterapi geleneksel tedavi yöntemleri arasında yer almaktadır. Tedavi türü, kanserin ciddiyetine / seviyesine göre değişiklik göstermektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar doğal ürünlerin birçok kanserin tedavisine katkıda bulunduğunu göstermiştir. Bu doğal ürünler arasında resveratrol, kurkumin, piperin, dioscin ve bor bulunmaktadır. Bor; suda, toprakta ve günlük insan diyetinde bulunan doğal bir üründür. İnsanların ve hayvanların yaşamlarında hayati rol oynamaktadır. Bor; yara iyileşmesini etkinleştirir, bağışıklık sistemini güçlendirir ve kemiklerin oluşumuna ve korunmasına yardımcı olur. Ayrıca, bir anti-oksidan ve bir anti-mikrobiyal ajan olarak görev alır. Son araştırmalara göre, borun anti-kanser özelliğinin olduğu da kanıtlanmıştır. Bu nedenle, bu çalışmanın temel amacı, MTT tahlili, Apoptoz analizi, Hücre döngüsü analizi, DIOC6 boyası, Propidyum ioydür (PI) boyası ve gerçek zaman PZR ile sodyum perborat tetrahidrat (SPT)'nin pankreas kanseri hücresi MIAPaCa-2 üzerindeki sitotoksik etkilerini araştırmaktır. Sonuçlara göre 125 μg/ml SPT dozunun hücre canlılığını azalttığı görülmüştür. Ayrıca bu doz hücrelerin apoptoza gitmesine neden olmuştur. Apoptoz analizi sonuçlarına göre, 125 ug / ml SPT uygulanan grupta apoptotik hücrelerin yüzdesinin arttığı görülmüştür. Hücre döngüsü analizine göre ise 125 μg / mL SPT uygulanan grupta sub-G0 / G1 fazında hücre yüzdesi artarken, G0 / G1 ve G2 / M fazlarındaki hücre yüzdeleri azalmıştır. Sub- G0 / G1 fazındaki bu artış apoptoz sonuçlarını desteklemektedir. Ek olarak, 125 ug / ml SPT uygulanan grupta DIOC6 boyaması sonucunda hücrelerin mitokondriyal membran potansiyellerini kaybettiği gözlenmiştir. PI boyaması ile de 125 ug / ml SPT uygulanan grupta hücrelerin apoptoza gittiği görülmüştür. PI boyaması ile apoptoz sonuçları desteklenmiştir. BAX ve KASPAZ 9 genlerinin ekspresyonu, 125 μg / ml SPT uygulanan grupta önemli ölçüde artmıştır. Bununla birlikte, P53 tümör baskılayıcı geninin gen ekspresyonunda ise önemli ölçüde değişiklik görülmemiştir. Bu bulgulara dayanarak SPT, pankreas kanser hücresi MIAPaCa-2'nin proliferasyonunu azaltmış ve hücrelerin apoptoza gitmesine sebep olmuştur. Elde edilen sonuçlar, SPT'nin pankreas kanseri için umut verici bir terapötik aday olabileceğini göstermektedir. Bununla birlikte, SPT'nin etkinliğini kanıtlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.
Allantoinin Cilt Onarımındaki Rolünün Değerlendirilmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) GÖKÇE, GÜLGÜN; Ezgi Avşar Abdik
Deri vücuttaki en büyük organdır ve vücudun tüm dış yüzeyini kaplar. Anatomi ve işlev bakımından önemli ölçüde farklılık gösteren epidermis, dermis ve hipodermis olmak üzere üç katmandan oluşur. Cildin yapısı, vücudun patojenlere, UV ışığına, kimyasallara ve mekanik yaralanmaya karşı ilk bariyeri olarak hizmet eden karmaşık bir sistemden oluşur. Aynı zamanda sıcaklığı ve çevreye salınan su miktarını da düzenler. Yaralanmalarda ilk hasarı deri alır ve aşamalı olarak yara iyileştirme süreci başlar. Yara iyileştirme, travma ile tetiklenen hücresel ve biyokimyasal olayların etkileşimi ile birlikte hasarlanan dokunun yeniden onarılmasıdır. Yara iyileşmesi birçok hücre tipini, çeşitli sitokinlerin ve büyüme faktörlerinin birbiriyle uyum içinde rol aldığı biyolojik, komplike, dinamik bir süreçtir. Yara iyileşmesi, dört aşamadan oluşur: hemostaz, iltihaplanma, proliferasyon ve yeniden şekillenme. Yapılan çalışmalarda doğal bileşiklerin yara iyileşmesinde etkili olduğu gösterilmiştir. Allantoin genellikle Karakafes bitkisinden elde edilen toz halinde temin edilip çalışmalarda kullanılan bir pürin türevidir. Doğal bir bileşik olan allantoin; antioksidan, antiinflamatuar, yara iyileşmesi ve hipoglisemik etkiler dahil olmak üzere çeşitli farmakolojik özellikler sergiler. Aynı zamanda yenilikçi olarak yara iyileştirme basamaklarında kullanılmaktadır. MTT analizi, Apoptoz analizi, Yara Kapanma deneyi, Hücre döngüsü analizi, DIOC6 boyası, ve kantitatif PCR analizi yardımıyla allantoinin HaCaT hücre hattı üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre 200 μM allantoin dozunun hücre canlılığını ve yara iyileşmesini anlamlı oranda arttırdığı görülmüştür. Allantoin uygulaması apoptotik hücre sayısında bir artışa sebep olmamıştır. 200 μM allantoin uygulanan hücrelerin S vs G2/M fazında toplandığı görülmüş ve elde edilen sonuçlar MTT sonuçlarını desteklemiştir. Bunlara ek olarak, 200 μM Allantoin uygulamasının Akt, Col1a ve Fibronektin seviyelerinde artışa neden olduğu gösterilmiştir. Sonuçlar, allantoinin yara iyileşmesinde etkili olduğunu ve tedavide kullanım için uygun bir doğal bileşik olduğunu göstermektedir.
Resveratrol'un Kolon Kanser Hücrelerindeki Nav1.5 Voltaj Kapılı Sodyum Kanalları Üzerine Etkisi: Metastatik Davranış ve Apoptoz
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2023) MUSTAPHA, FATME; Seyhan Altun
Kolorektal kanser (CRC); özellikle son yıllarda tüm dünyada, sindirim sistemine ait en yaygın malignitelerinden biri haline gelmiştir. CRC'de primer tümörden ayrılan hücrelerin kan veya lenf yolu ile bir başka organa giderek yerleşmesi ve çoğalması olarak tanımlanan metastaz kanser hastalarında yaşamı en çok tehdit eden olaydır ve ölümlerin de %90՚ nından sorumludur. Bu nedenle, metastatik sürecin altında yatan mekanizmaları anlamak ve tedavi stratejileri geliştirmek önem taşımaktadır. Hücre membranlarında eksprese olan voltaj kapılı sodyum kanallarının (VGSC), malignitenin görüldüğü yüksek metastatik kanser hücrelerinde yüksek oranda eksprese edildikleri saptanmıştır. Prostat, meme, akciğer gibi kanserlerde yapılan in vitro ve in vivo çalışmalarda, VGSC lerin bazı ilaç veya ajanlarla bloke edilmesi ile, metastaza neden olan hücre hareketinin (invazyon ve migrasyonun) baskılanabileceği gösterilmiştir. Günümüzde bazı hastalıkların polifenoller gibi doğal bileşiklerle tedavisi alternatif ve komplementer tedavi araştırma alanında önemli bir yere sahiptir. Polifenollerden resveratrol, üzüm, kırmızı şarap, dut gibi bitkilerde bulunur. Resveratrol'ün, kanser progresyonunun başlaması, gelişmesi ve ilerlemesinde etkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada resveratrolun (RSV), kolon kanserinde ekspresyonu artan Nav1.5 VGSC üzerindeki rolünü; farklı metastatik özellikteki SW620 ve HT29 hücrelerinin apoptoz, koloni, migrasyon ve invazyonları ile metastatik davranışlarının in vitro olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç için, RSV'nin SW620 ve HT29 hücrelerinin proliferasyonları MTT yöntemi ile, apoptoz ve koloni oluşumları araştırılmış ve migrasyon üzerindeki etkileri için yara analizi ve matrigel ile transvers invasyon metodları kullanılmıştır. Hücre proliferasyonu üzerinde toksik etki göstermeyen 0.5 µM ve 1 µM RSV konsantrasyonları ile sürdürülen çalışmalarda 1 µM RSV'nin koloni oluşumunu inhibe ettiği ve hücre migrasyonunu ve invasyonunu sodyum kanal blokeri TTX seviyesinde inhibisyona neden olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak RSV'nin, VGSC'leri inhibe ederek, kolon kanseri metastazının azaltılmasında etken bir doğal bileşik olabileceği in vitro olarak belirlenmiştir.
Metforminin MDA-MB-231 Üçlü Negatif Meme Kanseri Hücrelerindeki Apoptoz ve Otofaji Üzerindeki Etkisinin Gösterilmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2022) SONALP, ZEYNEP GÜLŞAH; Özge Rencüzoğulları
Meme kanseri dünyada ve ülkemizde kadınlarda en sık görülen kanser türleri arasında ilk sırada yer almaktadır. Menopoz yaşı, obezite, tip 2 diyabet, kişisel kanser öyküsü, ailesel kanser öyküsü, BRCA1-2 mutasyonları gibi risk faktörleri ile sigara ve alkol kullanımı gibi çevresel faktörler meme kanseri gelişiminde rol oynamaktadır. 2018 Dünya Sağlık Örgütü (WHO) verilerine göre her altı ölümden birinin nedeni kanser olup, meme kanseri kadınlarda ilk sırada yer almaktadır. Metformin, tip 2 diyabetli hastalarda birinci basamak tedavi olarak uygulanan biguanid sınıfı bir antidiyabetik ilaçtır. Metformin insülin metabolizmasını düzenlediği gibi kilo kontrolünü de sağlar ve ayrıca insülin direnci tedavisinde kullanılır. Çalışmalar, metforminin çeşitli kanser türlerinde tümörijenezi baskılayıcı ve antiproliferatif etkilere sahip olduğunu göstermiştir. Kanser hücrelerinde sinyal iletimi, serin/tirozin kinaz gibi sitoplazmik kinazların reseptör tirozin kinazlarının (RTK) aktivasyonu yoluyla gerçekleşir. PI3K/Akt/mTOR sinyal yolu, hücre büyümesi, otofaji, apoptoz ve lipid metabolizması gibi önemli hücresel olaylarda yer alır. Otofajinin pozitif düzenleyicisi olan AMPK, Akt/mTOR yolunu baskılar ve otofajiyi indükler. Hippo sinyal yolu, hücre çoğalmasını ve apoptozu düzenler, organ boyutunu düzenler ve doku stabilitesini korur. Hippo sinyal yolundaki bozukluklar, meme kanseri hücrelerini metastaz yapmaya teşvik eder. Literatürdeki bilgiler doğrultusunda bu tez çalışmasının amacı, metformin tedavisinin meme kanseri hücrelerinde ilaç uygulama dozlarına bağlı olarak apoptoz ve otofaji üzerine Hippo sinyal yolu aktivitesi üzerindeki etkilerini ortaya koymaktır. Hücre canlılık testi, florasan boyama, immünoblotlama deneyleri gerçekleştirilerek, metformin tedavisinin hippo sinyal yolu aktivitesini arttırarak apoptoz ve otofojinin indüklenmesini sağladığı gösterilmiştir.
Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüsü-2'nin (SARS-COV-2) Klinik COVİD-19 Tanı Yöntemlerinde Kantitatif RT-PCR (q-RT-PCR) Analiz Metodunun Ters Transkripsiyon Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (RT-LAMP) Analiz Metoduna Göre Effektivesinin Karşılaştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2022) ARTİK, YAKUP; Alp Ayan
Yeni koronavirüs/şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2'nin neden olduğu Coronavirus hastalığı-2019 veya COVID-19 (SARS-CoV-2 veya 2019-nCoV), küresel etkileri ile ortaya çıkan, hızlı ve güvenilir tanı testleri gerektiren ve günümüzde devam eden bir pandemidir. Kantitatif ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (q-RT-PCR), SARS-CoV-2 tespitleri için altın standart yöntemdir. Öte yandan, yeni yaklaşımlar tanı güçlüklerini yavaş yavaş gidermektedir. Bu yeni yaklaşımlardan biri olarak ters transkripsiyon döngüsü aracılı izotermal amplifikasyon (RT-LAMP) tekniği ile daha hızlı ve ucuz testlere katkıda bulunabilir. Bu çalışma, 30-45 dakikada sonuç verebilen hızlı tarama tanı testini değerlendirmek ve RT-LAMP'nin etkinliğini q-RT-PCR ile karşılaştırmak için tasarlanmıştır. Rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesi, SARS-CoV-2 nükleik dizisinin bir kısmı ile nazofaringeal sürüntülerle oluşturulmuştur. Kantifikasyon döngüsü (Ct) değerleri örneği, RT-LAMP ve ayrıca geleneksel q-RT-PCR kullanılarak test edildi. Hasta numuneleri dört farklı kit (SENSObiz COVID‐19 [SARS‐CoV‐2] RT-LAMP Assay kiti, QIAprep & amp Viral RNA UM kiti, Biospeedy SARS‐CoV‐2 Variant Plus kiti ve CoVirion‐CV19‐2 SARS‐CoV‐2 OneStep RT‐PCR kiti) ve iki farklı PCR cihazı (GDS Rotor‐Gene Q Thermocycler PCR cihazı ve İnovia Technologies GenX series PCR cıhazı) ile test edildi. Pozitif/Negatif (P/N) oranı rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesine dayalı olarak ilk gün yapılan deneylerde; İnovia cihazında çalışılan numuneler için Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %93,3 (28/2) pozitiflik yakalamıştır. Rotor-Gene cihazında ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %96,7 (29/1) pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler üzerinde beşinci günde yapılan deneylerde ise İnovia cihazında Biospeedy kiti %90 (27/3), Covirion kiti %93,3 (28/2), Qiagen kiti %53,3 (16/14) oranında pozitiflik yakalamıştır. Bu örnekler beşinci günde Rotor-Gene cihazında incelendiğinde ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %96,7 (29/1), Qiagen kiti %63,3 (19/11) oranında pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler RT-LAMP yöntemi ile karşılaştırıldığında ilk gün %63,3 (19/11) pozitiflik elde edilirken beşinci günde ise %60 (18/12) pozitiflik bulundu. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar ile SARS‐CoV-2 test çalışmaları RT-LAMP tekniği ile hızlı teşhis sistemlerinin geliştirilmesine yönelik proaktif bir yaklaşıma katkı sağlayacaktır.
Çeltikte Tuz Tolerans Gen Ekspresyonlarının İncelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2022) SALMAN, ATİLLA; Alp Ayan
Çeltik, dünya üretim sıralamasında, mısırdan sonra gelen, tüketim oranı en yüksek bitkilerden biridir. Üretim süresince maruz kaldığı çeşitli biyotik ve abiyotik stres faktörleri sonucunda normal gelişim şartlarından uzaklaşıp, veriminde düşüşler yaşanabilmektedir. Bitkiler biyotik ve abiyotik stres faktörlerine maruz kaldıklarında, kendi varlıklarını idame ettirebilmek için, moleküler düzeyde hayatta kalma mekanizmaları geliştirmişlerdir. Gen anlatımında yapılan değişiklikler, bu hayatta kalma yöntemlerinden birisidir. Osmancık - 97 çeşidi ile çalışılmış ve 60 mM, 90 mM, 120 mM NaCl ve kontrol olmak üzere bitkiler dört farklı koşulda in vivo ortamda yetiştirilmiştir. Hasat edilen bitkilerden, ilgili gen bölgelerindeki anlatım farklılıklarının tespiti için mRNA izolasyonu yapılmış ve cDNA çevrilmiştir. SYBR Green metodu ile Real-Time PCR analizi yapılmıştır. T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarı'nda gerçekleştirilen bu tezde, ülkemizde yoğun şekilde ekimi yapılan Osmancık - 97 çeltik çeşidi kullanılmıştır. Bu türe in vivo ortamda uygulanan çeşitli tuz miktarlarıyla, ilgili gen bölgelerinde meydana gelen anlatım farklılıklarının gösterilmesi amaçlanmıştır.
Mutant Çeltiklerde (Oryza Sativa) Tuzluluğa Tolerans ile İlgili miRNA'ların Belirlenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2021) İMECE, BÜŞRA; Çimen Atak
Bu tez kapsamında T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi Bitki Biyoteknolojisi Labrotuvarı'nda ülkemizde yaygın ekime sahip olan Osmancık-97 çeşidi ve gama radyasyonu ile tuzluluğa toleranslı olarak elde edilmiş mutant 300-5 çeltik hattının, tuz stresi altında tuzlulukla ilişkisi belirlenen miRNA profilleri (miR156a, miR159a, miR169b, miR393a, miR398a ve miR820a) ve bu miRNA'ların etki ettiği genlerin (SPL16, MYB, HAPC2, AFB2, TIR1, CSD2 ve DRM2) tuz stresindeki ifadelerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Tuza toleranslı mutant ile kontrol grubu olarak belirlenen Osmanık-97 çeşidi tuzlu (150 mM NaCl) ve tuzsuz ortamlarda T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi Bitki Biyoteknolojisi Labrotuvarı'nda in-vivo ortamda geliştirilmiştir. Hasadı yapılan bitkilerin miRNA ifadelerindeki değişimleri karşılaştırmak amacı ile miRNA izolasyonu yapılmış ardından cDNA reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve Probe tabanlı Real-Time PCR analizi yapılmıştır. Elde edilen veriler Osmancık-97 bitkisi ile M-300-5 hattı arasında karşılaştırılmıştır. miRNA'ların hedef gen bölgelerindeki ifadelerin değişimlerini incelemek için tasarımı yapılan primerler ile Real-Time PCR analizi yapılmıştır. Elde edilen bulgular Osmancık-97 çeltik çeşidine ait bitkiler ile M-300-5 hattı arasında karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak yapılan bu çalışmada seçilen mutant bitkide tuz stresinde belirlediğimiz tüm miRNA'ların ifadelerinde artış gözlenmiştir. miRNA gruplarının hedef aldığı gen bölgelerinden metilasyon ile ilişkili gen bölgesi DRM2'de, transkripsiyon faktörü olan NF-YA (HAPC2), kök gelişimi ile ilişkili gen bölgesi AFB2 ve TIR1'de, çiçeklenme ile ilişkili gen bölgesi SPL16'da azalma meydana gelirken, MYB transkripsiyon faktöründe ve SOD ile ilişkili olan CSD2 gen bölgesinde artış olmuştur. Yapılan bu çalışma laboratuvarımızda mutasyon ıslahı metodu ile geliştirilmiş mutant hatlar ile gerçekleştirildiğinden elde edilen miRNA ifadelerindeki değişiklikler özgün değer taşımaktadır.
Abemasiklib'in Akciğer Kanseri Hücreleri Üzerine Terapötik Etkinliğinde Endoplazmik Retikulum Stres Rolünün Araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2021) GÜNAY, AYŞE; Ajda Çoker Gürkan
Akciğer kanseri, kanserin sebep olduğu ölüm nedenleri arasında kanser türleri arasında ilk sırada yer almaktadır. Akciğer kanseri gittikçe artan görülme sıklığı ve tedavinin sağlanma oranlarındaki dünya çapındaki düşük düzeylerdeki seyri moleküler mekanizmasının aydınlatılmasına ve yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesi gerektiğini göstermektedir. Bu kapsamda hücre döngüsünde kritik rol oynayan CDK 4/6 proteinlerinin ve blokajlarını sağlayan inhibitörlerin rolü değerlendirilmek istenmiştir. Düşük dozda dahi efektif rol oynayan abemasiklib antineoplastik aktivitesi CDK4 ve CDK6'nın ATP-bağlama alanının yarışçıl bir inhibitörü olarak hareket etmesidir. Ayrıca CDK4'e karşı afinitesi CDK6'ya göre 14 kat daha güçlü olduğu gösterilmiştir. Abemasiklib diğer CDK 4/6 inhibitörlerinden olan palbosiklib ve ribosiklib ile kıyaslandığında CDK4-siklin D1 kompleksi için yüksek seçicilik göstermektedir. Abemasiklib fonksiyonel grubu sayesinde, palbosiklib ve ribosiklibe kıyasla CDK4/6 ATP yarıkta daha iyi bir tamamlayıcı etki göstermektedir. Abemasiklibin bu kapsamdaki hücresel düzeydeki rolü aydınlatılmak istenmiştir. Bu sebeple yağ metabolizması, otofajik süreç ve daha önce araştırılmamış olan endoplazmik retikulum stresi üzerindeki etkisine odaklanılmıştır. Aynı zamanda PI3K/akt/mTOR yolağı üzerindeki rolü de araştırılmıştır. Akciğer kanserinde abemasiklibin rolü irdelenmek üzere in vitro analizler gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla akciğer kanseri hücre hattı olan A549 ve bronşiyal epitel hücre hattı olan Beas-2B hücreleri kullanılmıştır. Akciğer kanseri hücrelerine abemasiklib uygulaması hücresel düzeyde proliferasyona ket vurmaktadır. Aynı zamanda enerji metabolizmasında kritik rol oynayan AMPK protein ifadesinde ki azalmada abemasiklibin enerji metabolizmasını engelleyici yönde ilerlediğini göstermektedir. Gerçekleştirilen floresans boyalar ile de AMPK yolağı üzerindeki etkisi desteklenmektedir. İn vitro analizler sonucu akciğer kanseri hücre hatlarında abemasiklib uygulaması endoplazmik retikulum stresine neden olarak apoptotik sürecin desteklendiği ve hücresel düzeyde anti-tümöral aktivite gösterdiği sonucu ortaya çıkarılmıştır.
Badem ve soya kök hücre ekstraktlarının selülit oluşumunu baskılamasını moleküler düzeyde incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sakarya, Begüm Erkök; Yerlikaya, Pınar Obakan
Selülit kadınlarda % 80-90 oranda görülen bir bozuluktur. Kesin nedeni bilinmemekle birlikte deri altındaki bağ dokusu ve yağ tabakası arasındaki etkileşimin sonucu olduğu bilinmektedir. Selülit tedavisi ile ilgili uygulanan bir çok yöntem olmasına rağmen hala kesin bir çözüme kavuşturulamamıştır. Ayrıca selülit ve selülit tedavisi ile ilgili yayınların azlığı, selülitin daha fazla araştırılması gerektiğini göstermektedir. Selülit tedavisini temel hedefleri mikrosirkülasyonu arttırarak kan dolaşımının artması, bağ dokunun güçlendirilmesi ve yağ oluşumunun azalmasına yöneliktir. Soya bitkisi ve bileşenlerinin adipogenezi baskıladığı ve lipolizi arttırdığı bilinirken, badem bitksinin ve bileşenlerinin bağ doku bileşenlerini güçlendirici etkisi bilinmektedir. Tezin temel amacı soya ve badem bitkilerinden elde edilen kök hücre ekstraktlarının bitkilerin bilinen özelliklerinden yola çıkarak, bu ekstraktların güvenilirliğini ve etki mekanizmasını kanıtlamak ve selülite karşı alternatif tedavi yöntemi bulmaktır. Adipogenezin baskılanması ile ilgili etkinlik testleri 3T3-L1 fare pre-adiposit hücreleri üzerinde yapılacakken, bağ dokunun güçlendirilmesi ile ilgili etkinlik testleri CRL2076 insan normal fibroblast hücreleri üzerinde yapılacaktır. Anahtar Kelimeler: Selülit, badem, soya, selülit tedavisi, 3T3-L1 hücreleri
Büyüme hormonu salgılatıcı hormon(GHRH) özgü aptamerlerin kolon ve pankreas kanseri hücre hatlarında terapötik etkilerinin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sönmez, İlayda; Gürkan, Ajda Çoker
Büyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) ve büyüme hormonu salgılatıcı hormon reseptörünün (GHRH-R) birçok kanser tipinde anlatımının belirlenmiş olması, GHRH karşı antagonistlerinin anti karsinojenik etki göstermesi GHRH sinyalinin bloke edilmesinin önemini ortaya koymuştur. Aptamerler hedef molekülüe yüksek bağlanma affinitesi gösteren tek zincirli DNA veya RNA molekülleridir. Bu tez ile amacımız GHRH özgü aptamerlerin anti-karsionojenik etkisinin MiaPaca Pankreas Kanseri ve HT29 Kolon Kanserinde gösterilmesidir. GHRH (1-29) peptidine özgü TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin doza ve zamana bağlı olarak Mia Paca-2 ve HT29 hücrelerinde hücre canlılığına ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca 500 nM konsantrasyonda 72 saat boyunca TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamer uygulamasının yara kapanmasını engellediği, koloni çapını düşürdüğü, hücre ölümünü tetikleyip, Reaktif Oksijen Türevleri (ROS) oluşumunu indüklediği ve mitokondriyal membran potansiyeline ket vurduğu tespit edilmiştir. Ayrıca Mia Paca-2 pankreas kanseri hücrelerinde her iki aptamerin etkin bir şekilde GHRH sinyali aşağı yolak elemanları olan GH ve GHRHR anlatımını engelleyerek GHRH sinyalini bloke ettiği tespit edilmiştir. Ayrıca hem MiaPaca pankreas kanseri hem HT29 kolon kanseri hücre hatlarında TKY .T2.08 ve TKY .T2.09 aptamerlerinin hücre koloni çaplarını küçülttüğü, TKY.T2.09 aptamerinin etkisinin daha yüksek olduğu sonucuna varılmıştır. Hem TKY.T2.08 hem de TKY.T2.09 aptamerlerinin hücre döngüsünü G2/M fazında tuttuğu hem de subG1 populasyonunu indükleyerek apoptotik ölüme neden olduğu hücre akış sitometresi analizleri ile gösterilmiştir. Hem HT29 hem MiaPaca hücre hatlarından TKY.T2.08 uygulamasının EMT sinyali üzerinde ket vurucu etkisi E-kaderin anlatımını arttırdığı, N-Kaderin anlatımını ise baskılaması ile gösterilmiştir. Ayrıca TKY.T2.08 aptamerinin MiaPaca hücre hattında Bip, PERK, ATF-6 anlatımlarını arttırarak, TKY.T2.09 aptamerinin ise HT29 hücre hattında Calnexin- CHOP, ATF-6 anlatımlarını arttırarak, MiaPaca hücre hattında IRE1α, PERK, ATF-6 anlatımlarını arttırarak ER stresi indüklediği belirlenmiştir. Ayrıca her iki aptamerin Atg5, Atg12 anlatımını indükleyip, LC3 kesilimini arttarak otofajiyi uyardığı gösterilmiştir. TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin apoptotik ölüm üzerinde indükleyici etkisi PARP kesilimi, PUMA anlatımının arttırılması, BclxL anlatımının baskılanması ile MiaPaca ve HT29 hücre hatlarında gösterilmiştir. Sonuç olarak GHRH özgü TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin MiaPaca-2 ve HT29 hücrelerinde EMT sinyalini baskılayarak hücre proliferasyonuna ket vurduğu, hücre canlılığını mitokondri membran potansiyelini düşürerek engellediği tespit edilmiştir. Bunlara ilaveten, her iki aptamerin otofaji ve ER stresi indükleyerek apoptotik ölüme yol açtıkları belirlenmiştir.
miR499'un prostat kanserindeki rolünün araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, 2021) Kashani, Sina; Yerlikaya, Pınar Obakan
Günümüzde insanların mücadele ettiği en büyük zorluklardan biri kanserdir. Prostat kanseri, dünya çapında erkeklerde kansere bağlı ölüm nedenleri arasında en yüksek sırada yer alan erkeklerdeki kanserler arasındadır. Kanser araştırmalarında önemli hedeflerden biri miRNA'lardır. Bu tezin ana konusu, özellikle prostat kanseri tedavisinde kanser tedavisinde olası hedefe özgü tedavi için mikroRNA'ları gelecekteki hedef moleküller olarak araştırmaktır. Tez kapsamında, kötü ilerlemeye sahip agresif prostat kanseri hücreleri arasında miRNA'ların ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar ve hedefe özgü bir terapi olarak seçilen miRNA'ların nasıl seçildiği tartışıldı. Ayrıca prostat kanseri etiyolojisindeki genetik farklılıkların değerlendirilmesi hem in vitro hem de in siliko yöntemlerle araştırılması hedeflendi. Kanser genom atlas programı (TCGA) ve mirBase gibi miRNA ile ilgili veritabanları kullanılarak detaylı aramalar sonucunda hsa-miR-499a ve hsa-miR-499b, miRBASE veri tabanından toplanan verilere dayanarak 136 farklı literatürde atfedilen bir mikroRNA ailesi olarak bu tezin konusunu oluşturmaktadır. Tez kapsamında ayrıca konvansiyonel kemoterapi ajanları olan cisplatin ve paklitaksel'in yüksek metastatik özellikte PC3 ve PC3 p53+ hücrelerde rolleri incelendi. Bu bağlamda, prostat kanseri ile ilgili gelecekteki projeler için ön veri olarak değerlendirilebilecek tezin sonuçları umut vericidir.
Epibrassinolid ve/veya temozolomidin apoptotik etkilerinin temozolomid dirençli LN-18 glioblastoma multiforme hücrelerinde incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Yükseloğlu, Eren; Yerlikaya, Pınar Obakan
Glioblastoma multiforme (GBM), primer beyin ve merkezi sinir sistemi neoplazmalarının %16'sını içeren en yaygın malign beyin tümörüdür. Yetişkinlerdeki tüm beyin tümörlerinin %60'ından fazlasını oluşturur. GBM'ye karşı çeşitli modern tedavilere rağmen hala çok kötü prognozlu ölümcül bir hastalıktır. Hastalar genellikle tanıdan itibaren yaklaşık 14 ila 15 aylık bir ortalama hayatta kalma süresine sahiptir. Tedavinin ilk basamağında genellikle radyoterapi ve temozolomid (TMZ) kullanılmaktadır. Metile edici bir ajan olan TMZ, hastalarda yüksek DNA onarım enzimi MGMT ile uzaklaştırılır ve hastalar TMZ'ye dirençli hale gelir. Ayrıca ikinci basamak tedavide kullanılan kemoterapötik ajanların çoğu kan-beyin bariyerini geçemez. Bu bilgiler doğrultusunda araştırmanın amacı, bitkisel bir steroid olan epibrassinolidin (EBR) kan-beyin bariyerini geçtiğini ve TMZ'ye dirençli GBM hücre modellerinde apoptotik ölümü tetiklediğini göstermektir. Buna göre hedef, EBR'nin tek başına veya TMZ varlığında TMZ'ye dirençli LN18 GBM hücre hattında hücre canlılığı, hayatta kalma, koloni oluşumu ve apoptotik hücre ölümü üzerindeki etkilerini göstermektir. Bağıl hücre canlılığı, MTT deneyi ile belirlendi. EBR tedavisinden sonra LN18 hücrelerinin koloni oluşturma potansiyeli koloni oluşturma deneyi ile incelendi. EBR tedavisi sonrası hücrelerin üç boyutlu formasyon oluşturma özelliklerindeki değişim, asılı damlacık ve 3D Matrigel teknikleriyle gözlemlendi. EBR'nin apoptotik etkilerini saptamak için DiOC6 ve DAPI fluoresan boyama yapıldı. EBR ve TMZ kombine tedavisinin LN18 hücrelerinde bağıl hücre canlılığını azalttığı gözlemlendi. EBR varlığında TMZ'nin tek başına TMZ tedavisine kıyasla koloni oluşumunu önemli ölçüde inhibe ettiği de gözlenmiştir. Kombine ilaç tedavisi ayrıca matrigel veya asılı damla yöntemi kullanılarak gerçekleştirilen LN18 3D hücre kültüründe koloni çaplarını da inhibe etmiştir. Ayrıca TMZ ve EBR'nin kombine tedavisinin mitokondriyal membran potansiyelini azalttığını ve artan apoptotik indüksiyonun bir sonucu olarak DNA fragmentasyonunu arttırdığını gözlemledik. Tüm bu bilgiler, EBR'nin TMZ'ye dirençli LN18 GBM hücre hattında TMZ'nin etkinliğini arttırmak için güçlü bir aday olduğunu göstermektedir.
ASPC-1 pankreas kanseri hücrelerinde gemsitabin ve (ya) epibrassinolidin uygulamasının apoptotik etkilerinin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Kuryayeva, Fadina; Yerlikaya, Pınar Obakan
Pankreas kanseri pankreasta bulunan hücrelerin kontrolsüz şekilde çoğalmaya başlamasıyla oluşan, kanser ölümleri içerisinde dördüncü sırada olan agresif bir kanser türüdür. Gemsitabin (dFdC veya Gem), dioksisitidinin analoğu, pankreas kanseri standart terapisi olarak kabul edilmiştir. Gemsitabin pankreas kanseri tedavisinin her evresinde tercih edilmesine rağmen, kemodirenç meydana gelmesi ile ilgili kullanımı limitli bir ajandır. Antikanser tedavi stratejilerinde gözlemlenen en önemli problemlerden biri kanser hücrelerinde ilaçlara karşı geliştirilen direnç mekanizmasıdır. İlaçlara karşı direnç mekanizmasının geliştirilmesinde pek çok etken bulunmaktadır. Bu etkenlerden biri, ilk olarak bitkilerde büyüme üzerindeki etkisi, son yıllarda ise kanser hücreleri üzerinde etkisi araştırılan Brassinosteroidler üyesi olan Epibrassinolid (EBR)'dir. EBR doğal bir polihidroksi steroiddir. EBR'nin kanser hücrelerinde çoğalmayı önleyici etkisine ve hücre döngüsüne etki ederek apoptoz mekanizmasını başlattığı öne sürülmüştür. Bu araştırma kapsamında Gem ve (ya) EBR'nin pankreas kanseri hücre hattı olan AsPC-1 üzerindeki antikanser ve antiproliferatif etkileri incelemeye alınmıştır. AsPC-1 hücrelerinde mitokondri ve kaspazlara bağımlı apoptozun tetiklendiği, ayrıca dFdC ve EBR' nin kombine uygulanması hücre canlılığına sadece gemsitabin uygulamasına kıyasla daha etkin ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca, dFdC ve EBR'nin beraber uygulamasının sadece dFdC uygulamasına göre hücre proliferasyonu, koloni oluşumunu engellediği gösterilmiştir. Daha sonraki aşamalarda dFdC ve (ya) EBR'in tetiklediği apoptozun ER stress ile ilişkisi moleküler düzeyde incelenmiş ve birçok proteinin anlamlı birşekilde değiştiği gösterilmiştir. Tez çalışması kapsamında elde etdiğimiz sonuçlar doğrultusunda, dFdC ve(ya) EBR' nin AsPC-1 pankreas kanseri hücre hattındaki apoptoz ve endoplazmik retikulumla ilişkili proteinler üzerinde sağkalımda tetikleyici etkisi olduğu sonucu elde edilmiştir
Ekstrem toleranslı Puccinellia distans bitkisinde proteomik analizler
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) GÜMÜŞ, TAMER; Çelik, Özge
Bor (B) elementi, bitkiler için vejetatif ve generatif gelişme evrelerinde önemlidir. Bitkilerin gelişim süreci ve yaşamı için gerekli olan doğal metabolik aktivitelerini devam ettirebilmeleri için gerekli olan bir mikro besleyici esansiyel elementtir. Bor elementinin eksikliğinde veya aşırı bor alımında bitkilerde metabolik rahatsızlıklar oluştuğu bilinmektedir. Son zamanlarda artan bor stresi önemli bir abiyotik bir stres olarak dikkat çekmektedir ve yüksek bor konsantrasyonlarının sıklıkla tuzlu topraklarda bulunması bor stresi ile kombine tuz stresinin araştırılmasının bitkiler için oldukça kritik yanıtlar vereceğini düşündürmektedir. Tuz akümülasyonu, iyon toksisitesi, mineral dengesindeki bozulmalar, membran geçirgenliğinin değişmesi ve kararsızlaşması, azalan fotosentez ve enerji metabolizmasındaki değişimler gibi bitkinin hayatta kalması için gerekli olan metabolik aktiviteleri etkilemektedir. Türkiye'de çorak çimi ismiyle adlandırılan Puccinellia distans türü hem tuzlu hem de yüksek konsantrasyonda bor içeren topraklarda rahatlıkla yaşayabilmektedir. Puccinellia distans, bor elementi için yüksek miktarda akülümülasyon kapasitesine sahip olan hiperakümülatör bir halofit bitkidir. Yüksek oranda bor ve tuz içeren topraklarda metabolik faaliyetlerini aksatmadan yaşayabilmektedirler. Bu sebeple gerçekleştirilen bu tez çalışmasında amacımız, monokotiledon bitkiler için uygun bir model organizma olabileceği öne sürülen, yüksek tuz ve bor stresine direnç gösteren, hiperakümülatör bir bitki olan Puccinallia distans bitkisi kullanılarak bitkilerin tuz ve bor direncine katkı sağlayan moleküler yolaklarının aydınlatılmasıdır. P. distans bitkileri çimlenme aşamasının ardından 2 haftalık fideler noksanlık/B0 (0µM), kontrol/B1 (30µM) ve yüksek seviyede/B2 (4mM) olmak üzere 3 farklı bor dozu uygulanmıştır. Bor uygulamalarıyla eş zamanlı olarak NaCl uygulaması da başlatılmıştır. Noksanlık/T0 (0mM), kontrol/T1 (100mM), yüksek tuz/T2 (250mM) NaCl uygulamasına 30 gün süreyle maruz bırakılmıştır. Stres uygulamasının sonrasında bitkilerden total protein izolasyonları yapılarak -80 oC'de saklanmışlardır. Farklı konsantrasyonlarda bor ve tuz uygulanan Puccinellia distans bitkilerinden izole edilen proteinlerin iki boyutlu jel elektroforezi analizleri yürütülmüş olup elde edilen jeller PDQuest™ (Bio-rad ABD) yazılım aracıyla analiz edilmiş ve normalizasyon sonrasında 9 jel üzerinde toplam 2088 protein spotu saptanmıştır. En çok protein spotu, 282 spot ile Bor ve tuz noksanlık (B0T0) koşullarında yetiştirilen bitkilerden elde edilen ait jellerde saptanmıştır. En az protein spotu ise B noksanlık ve yüksek tuz (B0T2) koşullarında yetişen bitkilerden izole edilen proteinlerin iki boyutlu jel elektroforezi örneklerinde saptanmıştır. Saptanan 2088 spot arasından bor konsantrasyonundaki değişimler baz alınarak PDQuest Advanced programı ile analiz edilmiş ve istatistiksel olarak anlamlı artış veya azalış gösteren 28 spot belirlenmiştir. Jellerden kesilen spotların içerisinde bulunan proteinlerin metal iyonlarıyla olan etkileşimleri incelenmiştir. Bu incelemeler ışığında seçilen 28 spottan 17 tanesinin yüzeyinde Bor iyonlarına ait emisyonlar saptanmış ve analizlerde bu spotlar kullanılmıştır. Sonuç olarak bu tez çalışmasında Puccinellia distans bitkisinde bor ve tuz artışına bağlı olarak değişiklik gösteren proteinler gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, kombine stres uygulamalarından elde edilen sonuçlar ile karşılaştırılarak tartışılmıştır.
PANC-1 ve PANC10.05 pankreas kanseri hücre hatlarında palbociclib ve abemaciclib uygulamasıyla PI3K/AKT/MTOR ve AMPK sinyal ekseninin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Çoban, Merve Nur; Yerlikaya, Pınar Obakan
Pankreas duktal adenokarsinoma (PDAC), pankreas tümörlerinin yaklaşık % 85'ini oluşturan ve en sık görülen pankreas kanseri türüdür. Günümüzde pankreas kanseri yüksek mortalite oranına sahip olan ve sağkalım oranı oldukça düşüktür. Genetik ve biyolojik olarak farklı mutasyonlar içermesi nedeniyle kanserin birçok alt tipi farklı agresiflik düzeyleri ile ilişkilendirilmektedir ve agresif doğası gereği, kanser mortalite istatistiklerinde dördüncü sırada yer almaktadır. Hücre içerisindeki sinyal mekanizmalarındaki bozulmalar devamlı proliferasyonla ve sağkalımla sonuçlanmaktadır. Pankreas kanseri gelişiminde rol oynayan KRAS genindeki mutasyon hücre sağkalımı ile ilişkili PI3K/AKT/mTOR sinyal yolu aktive etmektedir. Ayrıca hücre siklusundaki CDK2NA ve tümör supresör TP53 deki aktivasyon kaybı kontrolsüz hücre çoğalmasına neden olmaktadır. Hücre içerisinde enerji sensörü olarak mevcudiyetini koruyan ve hücre siklusu ile etkileşimde olan AMPK nın değişimi kanser agresivitesinin gelişmesinde önemli rol oynamaktadır. Hücre döngüsündeki ve ilişkide bulunduğu sinyal yollarındaki bu kararsızlık ve sürekli proliferasyon kanser tedavisinde CDK inhibitörlerinin terapötik olarak etkinliklerinin geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Meme kanseri tedavisinde kullanılan CDK4/6 inhibitörleri olan palbociclib ve abemaciclib tek başına veya combine tedavilerle tercih edilen önemli terapötik ajanlardır. Pek çok kanser tipinde de etkileri araştırılan bu küçük moleküllü inhibitörlerin birçok sinyal mekanizmasının regülasyonunda önemlidir. Bu çalışmada seçili pankreas kanseri hücre hatlarında CDK4/6 inhibitörleri palbociclib ve abemaciclib uygulaması sonucu potansiyel terapötik yetkinliklerinin AMPK'nında ilişkide olduğu alt ve üst sinyal yollarındaki protein ve lipid profilleri üzerine etkileri incelenmiştir. Metabolik yeniden programlamanın, kanser hücrelerini farklı ortamlara daha uyumlu hale getiren kanserlerin önemli bir özellik olarak karşımıza çıktığı ve bunu modüle eden AMPK nın bu süreçte karar mekanizmasında önemli bir role sahip olduğu sonucuna varılmıştır. Lipit sentezinin arttığı bilinen pankreas kanserinde lipit sentez sürecinin bastırılmasının kanser tedavisi için önemli bir hedef olabileceği düşünülmektedir. Hücrelerde enerji metabolizmasının yeniden programlanması yolu ile CDKi'lerin pankreas kanserinde AMPK alt ve üst yolakları ile ilişkili olarak bir terapötik hedef olabileceği ortaya konmuştur.

Browse

Recent Submissions