Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/4953
Browse
Browsing Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program by Publisher "İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı"
Now showing 1 - 11 of 11
- Results Per Page
- Sort Options
Publication Abemaciclib ve palbociclib'in MIA PaCa-2 ve Capan-2 pankreas kanseri hücrelerinde ampk' nın etkileşimde olduğu üst ve alt sinyal yolakları ile etkilerinin araştırılması(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Sevgin, Börteçine; Gürkan, Ajda ÇokerPankreas kanseri, dünya nüfusu arasında insidansı ve mortalite oranı son yıllarda önemli ölçüde artmakta olup en yaygın dördüncü kanser türüdür. Erken teşhisi ve tedavi imkanı son derece kısıtlı olan pankeas kanseri, terapotik stratejilere karşı son derece dirençli olduğundan bazı tedavi yöntemlerinin yetersiz kalmasında rol alan ve sıklıkla görülen KRAS, SMAD, TP53, CDK2NA gibi mutasyonların varlığında hücre proliferasyonunu artırarak agresif profil izlemektedir. Bu durum kanserin yaygın özelliklerinden biri olduğundan CDK' yı hedefleyen yeni ajanlar yeni tedavi yöntemleri için ilgi çekici bir seçenek olmuştur. Spesifik CDK4/6 inhibitörleri olan palbociclib ve abemaciclib, hücre çoğalmasını G1 fazında tutulu kalmasını sağlayarak hücre proliferasyonunu azalttığı ve apoptozu indükleyerek önemli bir anti-kanser özelliğine sahiptirler. Anti-kanser etkileri sayesinde tümör oluşumuna dahil olan hücre sağkalımı ve ölümünde rol alan çeşitli moleküler hedefler bildirilmiştir. Agresif Pankreas kanseri hücreleri kullanılarak yapılan in vitro ve in vivo çalışmalar, aktiflenen CDK4 ile zıt etkileşimde olduğu bilinen evrimsel olarak korunan bir hücre içi enerji sensörü olan AMPK'nın aktivasyonundaki değişikliklerin hücre tipiyle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. Bu anlamda kanserin temel özellikleri arasında bilinen enerji metabolizmasının yeniden düzenlenmesi kritik önem taşımaktadır. Tez kapsamında farklı genomik özelliklere sahip MIA PaCa-2 ve Capan-2 pankreas kanseri hücre hatlarında CDK4/6 inhibitörlerinin AMPK'nın etkileşimde olduğu üst ve alt sinyal yolları üzerine etkilerinin araştırılması hedeflenmiştir. Farklı stres koşullarının, hücrelerde hayatta kalma/ölüm kararında kritik olan AMPK aktivitesini tetiklediği gösterilmiştir. Hücresel enerji ile etkileşimleri nedeniyle AMPK aktivitesi, kanser hücrelerinde mTOR sinyalini veya lipid metabolizmasını değiştirmektedir. Bu çalışmada, hücrelerdeki PI3K/AKT/mTOR sinyal eksenini modüle ederek hücre döngüsünün G1 fazında tutulu kalmalarını sağlayıcı ajanlar olan iki farklı CDK4/6 inhibitörünün etkisi karşılaştırılmıştır. MIA PaCa-2 ve Capan-2 hücrelerindeki metabolik farklılıklardan dolayı palbociclib ve abemaciclib'in her kanser hücresindeki etkileri aynı olmamakla birlikte farklı moleküler mekanizmalar üzerinden yanıt oluşturduğu dikkati çekmiştir. Palbociclib uygulanan hücrelerde hücre açlığının AMPK aktivitesinin artışı ile korelasyon gösterirken abemaciclib uygulanan hücrelerde hücre açlığının mTOR üzerinden metabolik olarak sensör mekanizma ile algılandığı belirlenmiştir. Buna bağlı olarak pankreas kanseri hücrelerinin proliferasyonunu tetikleyen yağ asidi biyosentezinin baskılanması terapötik açıdan kritik önem taşımaktadır. Bu nedenle her iki CDK4/6 inhibitörünün, hücre ölüm mekanizmasını genişletmek için hücrelerdeki farklı mekanizmaları indüklediği sonucuna varılmıştır. Son derece agresif profile sahip pankreas kanseri hücreleri için umut vaad edici çalışmalar olmakla birlikte klinik uygulamalar öncesinde pankreas kanseri farklı hücre tiplerinde CDK4/6 inhibitörlerinin moleküler hedeflerinin geniş ölçekli olarak tanımlanmasına yönelik bulgular sağlaması ve bu bulguların olası tedavi seçeneklerinin başarılarının arttırılmasına yönelik olarak yeni kombine tedaviler için önemli hücresel hedeflerin ayırt edilmesini sağlama potansiyeli taşımaktadır.Publication ASPC-1 pankreas kanseri hücrelerinde gemsitabin ve (ya) epibrassinolidin uygulamasının apoptotik etkilerinin incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Kuryayeva, Fadina; Yerlikaya, Pınar ObakanPankreas kanseri pankreasta bulunan hücrelerin kontrolsüz şekilde çoğalmaya başlamasıyla oluşan, kanser ölümleri içerisinde dördüncü sırada olan agresif bir kanser türüdür. Gemsitabin (dFdC veya Gem), dioksisitidinin analoğu, pankreas kanseri standart terapisi olarak kabul edilmiştir. Gemsitabin pankreas kanseri tedavisinin her evresinde tercih edilmesine rağmen, kemodirenç meydana gelmesi ile ilgili kullanımı limitli bir ajandır. Antikanser tedavi stratejilerinde gözlemlenen en önemli problemlerden biri kanser hücrelerinde ilaçlara karşı geliştirilen direnç mekanizmasıdır. İlaçlara karşı direnç mekanizmasının geliştirilmesinde pek çok etken bulunmaktadır. Bu etkenlerden biri, ilk olarak bitkilerde büyüme üzerindeki etkisi, son yıllarda ise kanser hücreleri üzerinde etkisi araştırılan Brassinosteroidler üyesi olan Epibrassinolid (EBR)'dir. EBR doğal bir polihidroksi steroiddir. EBR'nin kanser hücrelerinde çoğalmayı önleyici etkisine ve hücre döngüsüne etki ederek apoptoz mekanizmasını başlattığı öne sürülmüştür. Bu araştırma kapsamında Gem ve (ya) EBR'nin pankreas kanseri hücre hattı olan AsPC-1 üzerindeki antikanser ve antiproliferatif etkileri incelemeye alınmıştır. AsPC-1 hücrelerinde mitokondri ve kaspazlara bağımlı apoptozun tetiklendiği, ayrıca dFdC ve EBR' nin kombine uygulanması hücre canlılığına sadece gemsitabin uygulamasına kıyasla daha etkin ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca, dFdC ve EBR'nin beraber uygulamasının sadece dFdC uygulamasına göre hücre proliferasyonu, koloni oluşumunu engellediği gösterilmiştir. Daha sonraki aşamalarda dFdC ve (ya) EBR'in tetiklediği apoptozun ER stress ile ilişkisi moleküler düzeyde incelenmiş ve birçok proteinin anlamlı birşekilde değiştiği gösterilmiştir. Tez çalışması kapsamında elde etdiğimiz sonuçlar doğrultusunda, dFdC ve(ya) EBR' nin AsPC-1 pankreas kanseri hücre hattındaki apoptoz ve endoplazmik retikulumla ilişkili proteinler üzerinde sağkalımda tetikleyici etkisi olduğu sonucu elde edilmiştirPublication Badem ve soya kök hücre ekstraktlarının selülit oluşumunu baskılamasını moleküler düzeyde incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sakarya, Begüm Erkök; Yerlikaya, Pınar ObakanSelülit kadınlarda % 80-90 oranda görülen bir bozuluktur. Kesin nedeni bilinmemekle birlikte deri altındaki bağ dokusu ve yağ tabakası arasındaki etkileşimin sonucu olduğu bilinmektedir. Selülit tedavisi ile ilgili uygulanan bir çok yöntem olmasına rağmen hala kesin bir çözüme kavuşturulamamıştır. Ayrıca selülit ve selülit tedavisi ile ilgili yayınların azlığı, selülitin daha fazla araştırılması gerektiğini göstermektedir. Selülit tedavisini temel hedefleri mikrosirkülasyonu arttırarak kan dolaşımının artması, bağ dokunun güçlendirilmesi ve yağ oluşumunun azalmasına yöneliktir. Soya bitkisi ve bileşenlerinin adipogenezi baskıladığı ve lipolizi arttırdığı bilinirken, badem bitksinin ve bileşenlerinin bağ doku bileşenlerini güçlendirici etkisi bilinmektedir. Tezin temel amacı soya ve badem bitkilerinden elde edilen kök hücre ekstraktlarının bitkilerin bilinen özelliklerinden yola çıkarak, bu ekstraktların güvenilirliğini ve etki mekanizmasını kanıtlamak ve selülite karşı alternatif tedavi yöntemi bulmaktır. Adipogenezin baskılanması ile ilgili etkinlik testleri 3T3-L1 fare pre-adiposit hücreleri üzerinde yapılacakken, bağ dokunun güçlendirilmesi ile ilgili etkinlik testleri CRL2076 insan normal fibroblast hücreleri üzerinde yapılacaktır. Anahtar Kelimeler: Selülit, badem, soya, selülit tedavisi, 3T3-L1 hücreleriPublication Bakteri temelli kanser terapötik mekanizmalarının incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Al-Ani, Sohaib Wisam Maddah; Arısan, Elif DamlaDünyada en önde gelen ölüm nedenlerinden biri kanserdir. Bütün kanserler hücrelerden başlar ve bunun sonucunda hücrelerin kontrolsüz bölünmesi ve bu bölünen hücrelerin yine kontrolsüz yayılması gerçekleşir. Kolon kanseri tüm dünyada ve Türkiye'de kanser vakaları arasında ön sıralarda bulunduğu kabul edilmektedir. Kolon kanseri, sindirim sisteminin son bölümünde yani kalın bağırsakta görülür ve kolon kanserlerinin hemen hepsi, kolon duvarlarındaki iyi huylu poliplerin zamana bağlı olarak kötü huylu poliplere dönüşümüyle açığa çıkmaktadır. Kolon kanserinde de öteki kanser çeşitlerindeki şekilde kimyasal metodlar terapötik ve önleyici strateji olarak kabul edilebilir. Ancak, probiyotikler de kolon kanseri hastalarında yinelemeyi engellemede ve yan etkileri azaltmada bio-terapotikler olarak kullanılabilmektedir. Kolon kanserine yakalanma riskinin yaşa bağlı artış göstermesine ek olarak, yeme alışkanlıkları da hastalığın gelişiminde etkilidir. Beslenme yoluyla alınan probiyotik L. reuteri'nin bağırsakta ürettiği sekonder metabolitlerin, örneğin organik asitlerin, kolon kanseri riskini azaltmada etkili olduğu gözlenmektedir. Bu çalışmada bakteri temelli kanserlerin terapötik mekanizmaları incelenecektir. Çalışmada ilk olarak kanser ve kolon kanseri kavramsal olarak ele alınacaktır. Daha sonra Lactobacillus suşlarının tanımlamasına, etkilerine ve kanser tedavisindeki önemine yer verilecektir. Çalışmanın araştırma bölümünde ise yapılan deney kavramsal çerçeve ışığında analiz edilecektir.Publication Büyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) 1-29 özgü aptamerlerin sentezlenmesi karakterizasyonu ve anti-karsinojenik etkilerinin araştırılması(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Apaydın, Zeynep Elif; Gürkan, Ajda ÇokerHipotalamustan salınan ve bir nöropeptit olan büyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) ile reseptörünün kolon, pankreas, prostat, yumurtalık, meme gibi pek çok kanser hücrelerinde anlatımına bağlı aktif sinyal iletimi olduğu bilinmektedir. GHRH sinyalinin peptit antagonistleri kullanılarak bloke edilmesinin karsinojenik etkisinin çeşitli kanser hücrelerinde in vitro ve in vivo ortamda gösterilmektedir. Bu durum GHRH sinyalinin bloke edilmesinin terapötik bir stratejisini ortaya koymaktadır. Aptamerler, hedef moleküle yüksek bağlanma afinitesi olan küçük nükleik asit molekülleri olarak teşhis, tedavi gibi amaçlar çerçevesinde kullanılmaktadır. Yeni jenerasyon modifiye aptamerlerin terapötik etkinliğinin yüksek olması sebebiyle magnetik bead teknolojine dayalı X-Aptamer üretilmektedir. Bu tez ile amacımız GHRH 1-29 özgü X-Aptamerlerin üretilmesi, karakterize edilmesi ve anti-karsinojenik etkisinin GHRH anlatımı olan kanser hücreleri üzerinde GHRH sinyaline ket vurması göz önünde bulundurularak incelenmesidir. Biyolojik aktivitesi ilk 29 amino asitte bulunan GHRH (1-29) peptidinin biotinlenmesini takiben, magnetik beadlere tutturularak modifiye aptamer kütüphanesi ile muamele edilerek çoğaltılan, dizi analizi ile sekansı belirlenen olası 5 tane X-Aptamerden GHRH 1-29 peptidine bağlanma afinitesi TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 GHRH 1-29 özgü potansiyel X-Aptamerler için 2 kat olduğu dot blot yöntemi ile tespit edilmiştir. Doza bağlı olarak TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 X-Aptamerlerin GHRH (1-29) peptidine bağlanma afiniteleri (Kd) sigma plot programı aracılı non-linear regreasyon yöntemi ile belirlenmiştir. TKY.T2.08 için 48,19 nM ve TKY.T2.09 için 24,20 nM olduğu tespit edilmiştir. Her iki X-Aptamerin GHRH ligand ile hücre yüzeyine bağlandığı immunofloresan (IF) yöntemi ile belirlenmiştir ve GHRH sinyali aşağı yolağı elemanları olan GH ve GHRH-R anlatımına ket vurduğu IF boyalamalar ile MIA PaCa-2 pankreas kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. 72 saat boyunca 500 nM TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 X-Aptamerlerinin MIA PaCa-2 pankreas kanseri, HT29 kolon kanseri, PC3 prostat kanseri hücrelerinde bağlı Ca+2 miktarını arttırsa da cAMP miktarı üzerinde istatistiksel açıdan belirgin bir baskılayıcı etki göstermemektedir. Ayrıca TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 X-Aptamerlerinin en fazla HT29 kolon kanseri ve MIA PaCa-2 pankreatik kanser hücrelerinin hücre canlılığına istatistiksel açıdan belirgin ket vurma ve mitokondriyel membran potansiyelini düşürme etkileri tespit edilmiştir. Seçili GHRH 1-29 özgü potansiyel X-Aptamerlerinin hücre döngüsü üzerine etkisi irdelendiğinde TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 GHRH 1-29 özgü X-Aptamerlerin hücre döngüsüne ket vurmadan en fazla HT29 kolon kanseri ve MIA PaCa-2 pankreas kanseri hücrelerinde en az PC3 prostat kanseri hücrelerinde SubG1 hücre popülasyonu birikimine neden olduğu PI hücre akış sitometresi analiz ile gösterilmiştir. GHRH 1-29 özgü X-Aptamerlerin apoptotik ölüm üzerine etkisi irdelendiğinde floresan boyama ve PI sonuçları ile paralellik göstererek hem TKY.T2.08 hem de TKY.T2.09 X-Aptamerlerinin en yüksek apoptotik etkisi yine GHRH anlatımı yüksek olan MIA PaCa-2 pankreatik kanseri ve HT29 kolon kanseri hücrelerinde olduğu Annexin V/PI hücre akış sitometresi ile gösterilmiştir. Sonuç olarak bu tez ile ilk defa GHRH 1-29 özgü X-Aptamer sentez edilmiş, liganda bağlanma afiniteleri gösterilmiş, GHRH sinyal yolağında ket vurma potansiyeli GH ve GHRH-R anlatımlarına ket vurma etkisi üzerinden belirlenmesinin yanında, GHRH anlatımı ve salgı profiline göre hücre canlılığına ket vurma, apoptotik ölümü tetiklemesi en fazla MIA PaCa-2 pankreas kanseri ve HT29 kolon kanseri hücrelerinde en az PC3 prostat kanseri hücrelerinde olduğu gösterilmiştir.Publication Büyüme hormonu salgılatıcı hormon(GHRH) özgü aptamerlerin kolon ve pankreas kanseri hücre hatlarında terapötik etkilerinin incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sönmez, İlayda; Gürkan, Ajda ÇokerBüyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) ve büyüme hormonu salgılatıcı hormon reseptörünün (GHRH-R) birçok kanser tipinde anlatımının belirlenmiş olması, GHRH karşı antagonistlerinin anti karsinojenik etki göstermesi GHRH sinyalinin bloke edilmesinin önemini ortaya koymuştur. Aptamerler hedef molekülüe yüksek bağlanma affinitesi gösteren tek zincirli DNA veya RNA molekülleridir. Bu tez ile amacımız GHRH özgü aptamerlerin anti-karsionojenik etkisinin MiaPaca Pankreas Kanseri ve HT29 Kolon Kanserinde gösterilmesidir. GHRH (1-29) peptidine özgü TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin doza ve zamana bağlı olarak Mia Paca-2 ve HT29 hücrelerinde hücre canlılığına ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca 500 nM konsantrasyonda 72 saat boyunca TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamer uygulamasının yara kapanmasını engellediği, koloni çapını düşürdüğü, hücre ölümünü tetikleyip, Reaktif Oksijen Türevleri (ROS) oluşumunu indüklediği ve mitokondriyal membran potansiyeline ket vurduğu tespit edilmiştir. Ayrıca Mia Paca-2 pankreas kanseri hücrelerinde her iki aptamerin etkin bir şekilde GHRH sinyali aşağı yolak elemanları olan GH ve GHRHR anlatımını engelleyerek GHRH sinyalini bloke ettiği tespit edilmiştir. Ayrıca hem MiaPaca pankreas kanseri hem HT29 kolon kanseri hücre hatlarında TKY .T2.08 ve TKY .T2.09 aptamerlerinin hücre koloni çaplarını küçülttüğü, TKY.T2.09 aptamerinin etkisinin daha yüksek olduğu sonucuna varılmıştır. Hem TKY.T2.08 hem de TKY.T2.09 aptamerlerinin hücre döngüsünü G2/M fazında tuttuğu hem de subG1 populasyonunu indükleyerek apoptotik ölüme neden olduğu hücre akış sitometresi analizleri ile gösterilmiştir. Hem HT29 hem MiaPaca hücre hatlarından TKY.T2.08 uygulamasının EMT sinyali üzerinde ket vurucu etkisi E-kaderin anlatımını arttırdığı, N-Kaderin anlatımını ise baskılaması ile gösterilmiştir. Ayrıca TKY.T2.08 aptamerinin MiaPaca hücre hattında Bip, PERK, ATF-6 anlatımlarını arttırarak, TKY.T2.09 aptamerinin ise HT29 hücre hattında Calnexin- CHOP, ATF-6 anlatımlarını arttırarak, MiaPaca hücre hattında IRE1α, PERK, ATF-6 anlatımlarını arttırarak ER stresi indüklediği belirlenmiştir. Ayrıca her iki aptamerin Atg5, Atg12 anlatımını indükleyip, LC3 kesilimini arttarak otofajiyi uyardığı gösterilmiştir. TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin apoptotik ölüm üzerinde indükleyici etkisi PARP kesilimi, PUMA anlatımının arttırılması, BclxL anlatımının baskılanması ile MiaPaca ve HT29 hücre hatlarında gösterilmiştir. Sonuç olarak GHRH özgü TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin MiaPaca-2 ve HT29 hücrelerinde EMT sinyalini baskılayarak hücre proliferasyonuna ket vurduğu, hücre canlılığını mitokondri membran potansiyelini düşürerek engellediği tespit edilmiştir. Bunlara ilaveten, her iki aptamerin otofaji ve ER stresi indükleyerek apoptotik ölüme yol açtıkları belirlenmiştir.Publication Ekstrem toleranslı Puccinellia distans bitkisinde proteomik analizler(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) GÜMÜŞ, TAMER; Çelik, ÖzgeBor (B) elementi, bitkiler için vejetatif ve generatif gelişme evrelerinde önemlidir. Bitkilerin gelişim süreci ve yaşamı için gerekli olan doğal metabolik aktivitelerini devam ettirebilmeleri için gerekli olan bir mikro besleyici esansiyel elementtir. Bor elementinin eksikliğinde veya aşırı bor alımında bitkilerde metabolik rahatsızlıklar oluştuğu bilinmektedir. Son zamanlarda artan bor stresi önemli bir abiyotik bir stres olarak dikkat çekmektedir ve yüksek bor konsantrasyonlarının sıklıkla tuzlu topraklarda bulunması bor stresi ile kombine tuz stresinin araştırılmasının bitkiler için oldukça kritik yanıtlar vereceğini düşündürmektedir. Tuz akümülasyonu, iyon toksisitesi, mineral dengesindeki bozulmalar, membran geçirgenliğinin değişmesi ve kararsızlaşması, azalan fotosentez ve enerji metabolizmasındaki değişimler gibi bitkinin hayatta kalması için gerekli olan metabolik aktiviteleri etkilemektedir. Türkiye'de çorak çimi ismiyle adlandırılan Puccinellia distans türü hem tuzlu hem de yüksek konsantrasyonda bor içeren topraklarda rahatlıkla yaşayabilmektedir. Puccinellia distans, bor elementi için yüksek miktarda akülümülasyon kapasitesine sahip olan hiperakümülatör bir halofit bitkidir. Yüksek oranda bor ve tuz içeren topraklarda metabolik faaliyetlerini aksatmadan yaşayabilmektedirler. Bu sebeple gerçekleştirilen bu tez çalışmasında amacımız, monokotiledon bitkiler için uygun bir model organizma olabileceği öne sürülen, yüksek tuz ve bor stresine direnç gösteren, hiperakümülatör bir bitki olan Puccinallia distans bitkisi kullanılarak bitkilerin tuz ve bor direncine katkı sağlayan moleküler yolaklarının aydınlatılmasıdır. P. distans bitkileri çimlenme aşamasının ardından 2 haftalık fideler noksanlık/B0 (0µM), kontrol/B1 (30µM) ve yüksek seviyede/B2 (4mM) olmak üzere 3 farklı bor dozu uygulanmıştır. Bor uygulamalarıyla eş zamanlı olarak NaCl uygulaması da başlatılmıştır. Noksanlık/T0 (0mM), kontrol/T1 (100mM), yüksek tuz/T2 (250mM) NaCl uygulamasına 30 gün süreyle maruz bırakılmıştır. Stres uygulamasının sonrasında bitkilerden total protein izolasyonları yapılarak -80 oC'de saklanmışlardır. Farklı konsantrasyonlarda bor ve tuz uygulanan Puccinellia distans bitkilerinden izole edilen proteinlerin iki boyutlu jel elektroforezi analizleri yürütülmüş olup elde edilen jeller PDQuest™ (Bio-rad ABD) yazılım aracıyla analiz edilmiş ve normalizasyon sonrasında 9 jel üzerinde toplam 2088 protein spotu saptanmıştır. En çok protein spotu, 282 spot ile Bor ve tuz noksanlık (B0T0) koşullarında yetiştirilen bitkilerden elde edilen ait jellerde saptanmıştır. En az protein spotu ise B noksanlık ve yüksek tuz (B0T2) koşullarında yetişen bitkilerden izole edilen proteinlerin iki boyutlu jel elektroforezi örneklerinde saptanmıştır. Saptanan 2088 spot arasından bor konsantrasyonundaki değişimler baz alınarak PDQuest Advanced programı ile analiz edilmiş ve istatistiksel olarak anlamlı artış veya azalış gösteren 28 spot belirlenmiştir. Jellerden kesilen spotların içerisinde bulunan proteinlerin metal iyonlarıyla olan etkileşimleri incelenmiştir. Bu incelemeler ışığında seçilen 28 spottan 17 tanesinin yüzeyinde Bor iyonlarına ait emisyonlar saptanmış ve analizlerde bu spotlar kullanılmıştır. Sonuç olarak bu tez çalışmasında Puccinellia distans bitkisinde bor ve tuz artışına bağlı olarak değişiklik gösteren proteinler gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, kombine stres uygulamalarından elde edilen sonuçlar ile karşılaştırılarak tartışılmıştır.Publication Epibrassinolid ve/veya temozolomidin apoptotik etkilerinin temozolomid dirençli LN-18 glioblastoma multiforme hücrelerinde incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Yükseloğlu, Eren; Yerlikaya, Pınar ObakanGlioblastoma multiforme (GBM), primer beyin ve merkezi sinir sistemi neoplazmalarının %16'sını içeren en yaygın malign beyin tümörüdür. Yetişkinlerdeki tüm beyin tümörlerinin %60'ından fazlasını oluşturur. GBM'ye karşı çeşitli modern tedavilere rağmen hala çok kötü prognozlu ölümcül bir hastalıktır. Hastalar genellikle tanıdan itibaren yaklaşık 14 ila 15 aylık bir ortalama hayatta kalma süresine sahiptir. Tedavinin ilk basamağında genellikle radyoterapi ve temozolomid (TMZ) kullanılmaktadır. Metile edici bir ajan olan TMZ, hastalarda yüksek DNA onarım enzimi MGMT ile uzaklaştırılır ve hastalar TMZ'ye dirençli hale gelir. Ayrıca ikinci basamak tedavide kullanılan kemoterapötik ajanların çoğu kan-beyin bariyerini geçemez. Bu bilgiler doğrultusunda araştırmanın amacı, bitkisel bir steroid olan epibrassinolidin (EBR) kan-beyin bariyerini geçtiğini ve TMZ'ye dirençli GBM hücre modellerinde apoptotik ölümü tetiklediğini göstermektir. Buna göre hedef, EBR'nin tek başına veya TMZ varlığında TMZ'ye dirençli LN18 GBM hücre hattında hücre canlılığı, hayatta kalma, koloni oluşumu ve apoptotik hücre ölümü üzerindeki etkilerini göstermektir. Bağıl hücre canlılığı, MTT deneyi ile belirlendi. EBR tedavisinden sonra LN18 hücrelerinin koloni oluşturma potansiyeli koloni oluşturma deneyi ile incelendi. EBR tedavisi sonrası hücrelerin üç boyutlu formasyon oluşturma özelliklerindeki değişim, asılı damlacık ve 3D Matrigel teknikleriyle gözlemlendi. EBR'nin apoptotik etkilerini saptamak için DiOC6 ve DAPI fluoresan boyama yapıldı. EBR ve TMZ kombine tedavisinin LN18 hücrelerinde bağıl hücre canlılığını azalttığı gözlemlendi. EBR varlığında TMZ'nin tek başına TMZ tedavisine kıyasla koloni oluşumunu önemli ölçüde inhibe ettiği de gözlenmiştir. Kombine ilaç tedavisi ayrıca matrigel veya asılı damla yöntemi kullanılarak gerçekleştirilen LN18 3D hücre kültüründe koloni çaplarını da inhibe etmiştir. Ayrıca TMZ ve EBR'nin kombine tedavisinin mitokondriyal membran potansiyelini azalttığını ve artan apoptotik indüksiyonun bir sonucu olarak DNA fragmentasyonunu arttırdığını gözlemledik. Tüm bu bilgiler, EBR'nin TMZ'ye dirençli LN18 GBM hücre hattında TMZ'nin etkinliğini arttırmak için güçlü bir aday olduğunu göstermektedir.Publication Metformin ve Triptolid uygulamasının MDA-MB-231 hücre hatında Endoplazmik Retikulum stresine etkilerinin gösterilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Abdulmunem, Amani Abbas; Gürkan, Ajda ÇokerMeme kanseri, kadınlarda kanser kaynaklı ölümler arasında ikinci en sık görülen kanser tipidir. Pek çok büyüme faktörü (VEGF, HER2/neu, PDGF) ve hormonun (PRL, BH) meme kanseri gelişiminde önemi gösterilmiştir. Son dönemde postnatal büyüme üzerinde etkisi bilinen BH'nun ve reseptörünün (BHR) anlatımının meme kanseri biyopsi örneklerinde normal meme epitel hücresine kıyasla yüksek olduğu gösterilmiştir. Otokrin BH anlatımı arttırılmış meme kanseri in vivo ve in vitro hücre modellerinde hücre proliferasyonu, invazyon-metastazı indüklediği gösterilmiştir. Ayrıca otokrin BH anlatımı arttırılmış meme kanseri hücrelerinde tamoxifen, doxorubisin, curcumin gibi ilaçlara direnç mekanizmasına yol açtığı ifade edilmiştir. Triptolid, Tripterygium wilfordii bitkisinden izole edilen anti-karsinojenik etkisi meme, kolon, pankreas ve akciğer kanserlerinde gösterilen ilaçtır. Metformin, Galega officinalis bitkisinden izole edilen anti-proliferatif etkisi meme, melanom, kolon, pankreatik ve lösemi kanser tiplerinde gösterilen bitkisel bileşendir. Bu tez ile amacımız metformin ve triptolid beraber etkisinin otokrin BH anlatımı arttırılmış MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde endoplazmik retikulum stresine bağlı apoptotik etkisinin gösterilmesidir. Doza bağlı triptolid uygulamasının otokrin BH sinyali arttırılmış MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde doğal tip hücrelere kıyasla direnç gösterdiği ancak metformin ile beraber triptolid uygulamasının hücre canlılığına sadece triptolid uygulamasına kıyasla daha etkin ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca metformin ve triptolid beraber uygulamasının sadece triptolid uygulamasına kıyasla hücre proliferasyonu, koloni oluşumunu, yara kapanmasını engellediği gösterilmiştir. Ayrıca triptolid uygulamasının BiP, PERK ve PDI gibi ER stres anahtar moleküllerin anlatımını indüklediği hem doğal tip hem de BH+ MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. Ayrıca metformin ve triptolid ikili ilaç uygulamasının G1 fazında hücrelere ket vurduğu MDA-MB-231 BH+ meme kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. Sonuç olarak triptolid ve metformin beraber uygulamasının otokrin BH anlatımına bağlı ilaç direnç mekanizmasını kırarak MDA-MB-231 gibi agresif hücre hatlarında da hücre ölümünü tetiklediği gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Triptolid, Metformin, ER stresi, Meme kanseri, Büyüme HormonuPublication PANC-1 ve PANC10.05 pankreas kanseri hücre hatlarında palbociclib ve abemaciclib uygulamasıyla PI3K/AKT/MTOR ve AMPK sinyal ekseninin incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Çoban, Merve Nur; Yerlikaya, Pınar ObakanPankreas duktal adenokarsinoma (PDAC), pankreas tümörlerinin yaklaşık % 85'ini oluşturan ve en sık görülen pankreas kanseri türüdür. Günümüzde pankreas kanseri yüksek mortalite oranına sahip olan ve sağkalım oranı oldukça düşüktür. Genetik ve biyolojik olarak farklı mutasyonlar içermesi nedeniyle kanserin birçok alt tipi farklı agresiflik düzeyleri ile ilişkilendirilmektedir ve agresif doğası gereği, kanser mortalite istatistiklerinde dördüncü sırada yer almaktadır. Hücre içerisindeki sinyal mekanizmalarındaki bozulmalar devamlı proliferasyonla ve sağkalımla sonuçlanmaktadır. Pankreas kanseri gelişiminde rol oynayan KRAS genindeki mutasyon hücre sağkalımı ile ilişkili PI3K/AKT/mTOR sinyal yolu aktive etmektedir. Ayrıca hücre siklusundaki CDK2NA ve tümör supresör TP53 deki aktivasyon kaybı kontrolsüz hücre çoğalmasına neden olmaktadır. Hücre içerisinde enerji sensörü olarak mevcudiyetini koruyan ve hücre siklusu ile etkileşimde olan AMPK nın değişimi kanser agresivitesinin gelişmesinde önemli rol oynamaktadır. Hücre döngüsündeki ve ilişkide bulunduğu sinyal yollarındaki bu kararsızlık ve sürekli proliferasyon kanser tedavisinde CDK inhibitörlerinin terapötik olarak etkinliklerinin geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Meme kanseri tedavisinde kullanılan CDK4/6 inhibitörleri olan palbociclib ve abemaciclib tek başına veya combine tedavilerle tercih edilen önemli terapötik ajanlardır. Pek çok kanser tipinde de etkileri araştırılan bu küçük moleküllü inhibitörlerin birçok sinyal mekanizmasının regülasyonunda önemlidir. Bu çalışmada seçili pankreas kanseri hücre hatlarında CDK4/6 inhibitörleri palbociclib ve abemaciclib uygulaması sonucu potansiyel terapötik yetkinliklerinin AMPK'nında ilişkide olduğu alt ve üst sinyal yollarındaki protein ve lipid profilleri üzerine etkileri incelenmiştir. Metabolik yeniden programlamanın, kanser hücrelerini farklı ortamlara daha uyumlu hale getiren kanserlerin önemli bir özellik olarak karşımıza çıktığı ve bunu modüle eden AMPK nın bu süreçte karar mekanizmasında önemli bir role sahip olduğu sonucuna varılmıştır. Lipit sentezinin arttığı bilinen pankreas kanserinde lipit sentez sürecinin bastırılmasının kanser tedavisi için önemli bir hedef olabileceği düşünülmektedir. Hücrelerde enerji metabolizmasının yeniden programlanması yolu ile CDKi'lerin pankreas kanserinde AMPK alt ve üst yolakları ile ilişkili olarak bir terapötik hedef olabileceği ortaya konmuştur.Publication Triptolid ve metformin uygulamasının doğal tip mda-mb-231 ve büyüme hormonu arttırılmış mda-mb-231 hücre hatlarında apoptotik ve otofajik etkilerinin incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Rakhmatula, Gizat; Yerlikaya, Pınar ObakanMeme kanseri, kadınlar arasında en yaygın kanser türü olup, kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedeni olarak tanımlanmaktadır. Büyüme hormonunun (BH) artan ifadesinin, meme kanserinde hücre büyümesine, ilaç direncine ve metastaza neden olduğu bulunmuştur. Triptolid, kanser önleyici aktiviteye sahip Tripterygium wilfordii'den izole edilmiş bir diterpenoittir. Verilerimiz aşırı BH+ anlatımı bulunan MDA-MB-231 hücrelerinin doğal tip MDA-MB-231 hücrelerine kıyasla tripitolid tedavisine karşı bir direnç mekanizması sergilediğini göstermiştir. Bu direnci aşmak için, triptolid ile anti-tümörijenik etkiye sahip bir anti-diyabetik ajan ve meme kanseri yönetiminde potansiyel bir adjuvan olan metformin eş zamanlı uygulanmıştır. Bulgularımız, BH + hücrelerinin, metformin ile birlikte uygulandığında artan hücre canlılığı kaybı, mitokondriyal membran potansiyel kaybı ve apoptotik hücre ölümü gösterdiğini tespit etmiştir. Ek olarak, kombine tedavi nedeniyle koloni boyutları önemli ölçüde azaldı. Otofaji, stres koşulları altında enerji seviyesini kontrol etmek için makromoleküllerin, zarar görmüş organellerin lizozoma iletildiği bir hücresel süreçtir. Hücreler, otofaji yolaklarını kontrol ederek proliferasyon veya apoptoz arasında bir denge oluşturabilmektedir, bu bir kemodirenç mekanizması olarak önerilmiştir. Verilerimiz, triptolid ve metformin ile işlenmiş MDA-MB-231 ve MDA-MB-231 BH+ hücrelerinde otofaji indüksiyonunda önemli bir değişiklik olmadığını göstermiştir.