Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüsü-2'nin (SARS-COV-2) Klinik COVİD-19 Tanı Yöntemlerinde Kantitatif RT-PCR (q-RT-PCR) Analiz Metodunun Ters Transkripsiyon Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (RT-LAMP) Analiz Metoduna Göre Effektivesinin Karşılaştırılması

Abstract

Yeni koronavirüs/şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2'nin neden olduğu Coronavirus hastalığı-2019 veya COVID-19 (SARS-CoV-2 veya 2019-nCoV), küresel etkileri ile ortaya çıkan, hızlı ve güvenilir tanı testleri gerektiren ve günümüzde devam eden bir pandemidir. Kantitatif ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (q-RT-PCR), SARS-CoV-2 tespitleri için altın standart yöntemdir. Öte yandan, yeni yaklaşımlar tanı güçlüklerini yavaş yavaş gidermektedir. Bu yeni yaklaşımlardan biri olarak ters transkripsiyon döngüsü aracılı izotermal amplifikasyon (RT-LAMP) tekniği ile daha hızlı ve ucuz testlere katkıda bulunabilir. Bu çalışma, 30-45 dakikada sonuç verebilen hızlı tarama tanı testini değerlendirmek ve RT-LAMP'nin etkinliğini q-RT-PCR ile karşılaştırmak için tasarlanmıştır. Rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesi, SARS-CoV-2 nükleik dizisinin bir kısmı ile nazofaringeal sürüntülerle oluşturulmuştur. Kantifikasyon döngüsü (Ct) değerleri örneği, RT-LAMP ve ayrıca geleneksel q-RT-PCR kullanılarak test edildi. Hasta numuneleri dört farklı kit (SENSObiz COVID‐19 [SARS‐CoV‐2] RT-LAMP Assay kiti, QIAprep & amp Viral RNA UM kiti, Biospeedy SARS‐CoV‐2 Variant Plus kiti ve CoVirion‐CV19‐2 SARS‐CoV‐2 OneStep RT‐PCR kiti) ve iki farklı PCR cihazı (GDS Rotor‐Gene Q Thermocycler PCR cihazı ve İnovia Technologies GenX series PCR cıhazı) ile test edildi. Pozitif/Negatif (P/N) oranı rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesine dayalı olarak ilk gün yapılan deneylerde; İnovia cihazında çalışılan numuneler için Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %93,3 (28/2) pozitiflik yakalamıştır. Rotor-Gene cihazında ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %96,7 (29/1) pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler üzerinde beşinci günde yapılan deneylerde ise İnovia cihazında Biospeedy kiti %90 (27/3), Covirion kiti %93,3 (28/2), Qiagen kiti %53,3 (16/14) oranında pozitiflik yakalamıştır. Bu örnekler beşinci günde Rotor-Gene cihazında incelendiğinde ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %96,7 (29/1), Qiagen kiti %63,3 (19/11) oranında pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler RT-LAMP yöntemi ile karşılaştırıldığında ilk gün %63,3 (19/11) pozitiflik elde edilirken beşinci günde ise %60 (18/12) pozitiflik bulundu. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar ile SARS‐CoV-2 test çalışmaları RT-LAMP tekniği ile hızlı teşhis sistemlerinin geliştirilmesine yönelik proaktif bir yaklaşıma katkı sağlayacaktır.