Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/4953
Browse
Browsing Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program by Publisher "İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı"
Now showing 1 - 4 of 4
- Results Per Page
- Sort Options
Publication Denspm ile paklıtaksel'ın uyardığı apoptotik hücre ölümünde poliamin metabolizması rolünün MCF-7 WT ve BCL-2+ hücrelerinde gösterilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı, 2014-06) Akyol, Zeynep; Ajda Çoker GürkanDünyada ve ülkemizdeki kanser vakaları arasında en sık görülen meme kanseri cerrahi, radyoterapi, hormon tedavisi ve kemoterapi gibi yöntemler ile tedavi edilmektedir. Ancak meme kanseri tedavisinde en büyük engel ilaca direnç mekanizmasının ortaya çıkması nedeni ile yeni kombine tedavi yöntemlerinin ve ilaç etki mekanizmalarının çözülmesi önem arz etmektedir. Paklitaksel birçok kanser türünde ve metastatik meme kanserinde tek başına kullanılan ve taksol türevi olan kemoterapotik bir ajandır. Hücre bölünmesi, farklılaşma ve malin proliferasyon ile ilişkili olduğu bilinen Poliaminler (PA) amin türevli polikatyonlardır. Poliamin analoğu olan DENSpm'in hücre içi poliaminlerin miktarını düşürerek hücre bölünmesini durdurduğu ve apoptotik ölümü indüklediği kolon, melanoma, prostat ve meme kanserinde gösterilmiştir. Bu tez ile meme kanseri model hücre hattı olan MCF-7 wt ve MCF-7 Bcl-2+ meme kanseri hücrelerinde, DENSpm ve Paklitaksel kombine terapinin otofajik-apoptotik ölüm mekanizmaları üzerine etkisinde poliamin metabolizmasının rolünün irdelenmesi hedeflenmiştir. Paklitaksel ve DENSpm'in kombine terapisinin zamana bağlı uygulamasının hücre canlılığını azaltarak, kaspazları aktive ettiği, PARP kesilimini indükleyerek apoptotik ölüme neden olduğu ve bu etkinin zamana bağlı artış gösterdiği MCF-7 meme kanseri hücrelerinde tespit edilmiştir. Ancak Bcl-2 yüksek miktarda anlatımı görülen MCF-7 meme kanseri hücrelerinde ise ilaca bağlı apoptotik etkinin 48. saatte gerçekleştiği tespit edilmiştir. İlaçlara karşı direncin otofajik vakuol oluşumuna bağlı otofajik süreci uyarabilme durumu tespit edilmiştir. Ayrıca poliamin katabolik yolağının DENSpm'e bağlı aktive olması sonucu hücre içi poliamin miktarının düşmesi yolu ile hücre ölümünü indüklediği MCF-7 hücrelerinde belirlenmiştir. Ek olarak, poliamin katabolik enzimi SSAT'nin plazmit aracılığı ile anlatımı arttırılarak ilaçlara karşı oluşan direnç mekanizması kırılabildiği belirlenmiştir.Publication Kuraklık stresinde miRNA cevaplarının domateste araştırılması(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı, 2016-07) Ekşioğlu, Aybüke; Çelik, ÖzgeBu tezin konusu kuraklık stresinde domateste miRNA cevaplarının araştırılmasıdır. Sonuçta miRNA'ların kuraklık stresi toleransında nasıl rol oynadıkları ve hedef genler üzerindeki etkilerinin gösterilebilmesi amaçlanmıştır. Stres; bitkilerde potansiyel bir hasarın oluşmasını sağlayan çevresel bir değişikliktir. Kuraklık; yağış miktarındaki azalmadan ya da düzensizlikten dolayı meydana gelen bir durumdur. Belli bir bölgedeki yağış ve buharlaşma arasındaki dengenin bozulması sonucunda kuraklıktan bahsedilir ve bu kuraklığın bitkilerde hasar oluşturması durumuna kuraklık stresi denir. miRNA'lar yeni keşfedilmiş protein kodlamayan endojen küçük RNA'lardır. miRNA'lar ilk olarak 1993 yılında Caenorhabditis elegans nematodunda larval gelişimin zamanlanmasının düzenlenmesi araştırmaları sırasında tanımlanmıştır. miRNA'lar küçük moleküller olsa da gen ekspresyonunda çok önemli rollere sahiptirler. miRNA'lar hayvanlarda ve bitkilerde en önemli post transkripsiyonel gen düzenleyicilerinden biridir. Domates, Solanaceae familyasına ait bir bitkidir. Solanum cinsinin türleri tüm sıcaklıklarda ve kıtalarda bulunmalarıyla, morfolojik çeşitlilikleri ve ekonomik önemleriyle dikkat çekmektedirler. Ekonomik olarak önemi her geçen gün artan domates, yıllar içerisinde araştırma programlarında model organizma olarak kullanılmasıyla bilim adamları için de önemli bir bitki haline gelmiştir. Çalışma sırasında miRNA cevaplarının araştırılabilmesi için iki mutant domates hattı ve yabani tip kuraklığa toleranslı Solanum pennellii kullanılmıştır. Çalışmada kullanılan mutant hatlar X5671R varyetesine ait mutant domates hatlarıdır. 4.5 ve 3.409 kodlu mutant bitkiler kuraklığa tolenranslılıkları farklı olduğu için seçilmiştir. Çalışmada kuraklığa karşı cevapta görev aldığı düşünülen on üç miRNA'nın ve hedef genlerinin ifade seviyeleri qRT-PCR ile gösterilmiştir. Sonuçta seçilen miRNA'larla kuraklığa karşı toleranslı olan mutant 4.5 hattının çalışmada kullanılan miRNA'lar açısından gen ifade seviyelerinin yabani tip domatese yakın seviyelerde ve benzer profil gösterdiği belirlenmiştir. miR2118a hem yabani tip S. pennellii'de hem de mutant 4.5'de %80 oranında artış göstermiştir. Bununla birlikte mutant 3.409 hattının ise mutant 4.5 kadar toleranslı olmadığı gen ifade seviyelerinde de gözlenmiştir. miR2118a mutant 4.5'de %80 oranında artarken, mutant 3.409'da kontrol grubuna göre %7 oranında bir artış göstermektedir.Publication Roskovitin'in GSK-3 beta temelli taupatilerdeki etkisinin sinir hücre modelinde gösterilmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı, 2016) Gürkan, Berkay; Ünsal Palavan, NarçınNörodejeneratif hastalıklar, beynin spesifik bölgelerindeki nöronlarin progresif ve geri dönüşümsüz kaybı ile karakterize edilen bir grup patolojiyi içermektedir. Nörodejeneratif hastalıklar göreceli olarak sıklıkla görülmekte, medikal ve sosyal açıdan önemli problemler yaratmaktadır. Bu patolojiler esas olarak hayatın ileri dönemlerinde nörolojik olarak normal bireylerde ortaya çıkmaktadır. Alzheimer hastalığı da en sık rastlanılan nörodejeneratif hastalıklardan biridir. Alzheimer hastalığında hippokampal ve kortikal nöronların kaybına bağlı kognitif (bilinç) fonksiyonlarda ve hafızada bozulma olmaktadır. Tau olgun nöronlarda bulunan mikrotübül uyumlu bir proteindir. Taupatiler, nörofibrillerde ya da gliafibrilar formlarında Tau proteinin patolojik birikimi ile uyumluluk gösteren nörodejeneratif hastalık grubuna verilen addır. Taunun hiperfosforile olması Tau'nun biyolojik aktivitesini baskılar ve sonuçta Tau kümelenmeleri meydana gelir. Bu çalışmanın amacı, sikline bağımlı kinaz (CDK) inhibitörü olan roskovitinin glikojen sentaz kinaz 3 (GSK-3 temelli taupatilerdeki etkisinin insan sinir hücre modelinde araştırılmasıdır. Roskovitinin nöroblastoma hücre hattı SK-N-AS hücrelerindeki terapötik etkisi önce hücre sağ kalımı ve apoptotik parametrelerle araştırıldıktan sonra Taupati açısından roskovitinin rolünü anlayabilmek için Alzheimer belirteçleri parametre olarak kullanıldı. Araştırmanın en son aşamasında da roskovitinin GSK-3 sinyal yolağı ve GSK-3 substratı olan -kateninle ve ayrıca ROS oluşumu ile olan ilişkileri ortaya konmaya çalışıldı. Bu araştırmada roskovitin uygulamasının hücre canlılığında azalmaya ve apoptoza neden olduğu gösterilmiştir. Roskovitinin 1 ve 10 µM konsantrasyonlarının hücre canlılığını sırasıyla % 20 ve 50 oranında azaltmıştır. Bu sonuçlara bakılarak SK-N-AS hücrelerinin CDK inhibitörlerine karşı duyarlı olduğu ortaya konulmuş olmaktadır. 10 µM roskovitin uygulamasında hücre sağ kalımının kayda değer bir şekilde azaldığı belirlendi. Ayrıca SK-N-AS hücrelerinde roskovitin uygulamasının koloni oluşumuna etkisi araştırıldı ve 10 µM roskovitin uygulamasının koloni oluşumunu azalttığı bulundu, buna ilave olarak 1 ve 10 µM roskovitin uygulaması ile soft agar içinde oluşan kolonilerin çaplarında kayda değer azalma bulundu. Bütün bu veriler roskovitinin hücre ölümünü teşvik ettiğini açıkça ortaya koymaktadır. Araştırmanın bundan sonraki aşamasında roskovitin ile tetiklenen hücre canlılığındaki azalmanın apoptotik hücre ölümünden kaynaklanıp kaynaklanmadığını anlayabilmek için apoptotik biyobelirteçler irdelendi ve SK-N-AS hücre hattında mitokondri membran potansiyelinde oluşan kaybın mitokondriyal yolak üzerinden apoptozu tetiklediği saptandı. Ayrıca SK-N-AS hücre hatlarında 1 µM roskovitin uygulamasının Tau proteninin anlatımında azalmaya sebep olduğu belirlenirken, 10 µM roskovitin uygulamasında Tau protein ifadesinde kontrole oranla bir değişiklik saptanmadı. Ayrıca kontrol hücreleri ile kıyaslandığında 1 µM roskovitin uygulaması ile Alzheimer hastalığının belirteci Amiloid β peptidinde azalma belirlenirken, 10 µM roskovitin uygulmasında protein ifadesinde artış saptandı. Bir diğer Alzheimer biyobelirteci APP protein ifade düzeyi incelendiğinde 1 ve 10 µM roskovitin uygulamaları sonucunda kontrol hücrelerine oranla azalmaya sebep olduğu saptandı, buna karşın, 1 ve 10 µM roskovitin uygulamaları kontrol hücrelerine oranla nöroflament protein ifadesinde artışa neden oldu. Diğer Alzheimer biyobelirteçleri BACE ve -sinukleine 1 ve 10 µM roskovitin uygulandığında, BACE protein ifade düzeyinde artış olduğu ve -synukleine ifadesinde ise değişiklik olmadığı belirlendi. Özetle Alzheimer'ın biyokimyasal belirteçlerinden olan Amiloid ve Tau' nun 1 µM roskovitin uygulaması sonucu protein ifadelerindeki azalışa neden olarak apoptozu tetiklemektedir. Böylelikle anti- ve pro-apoptotik biyobelirteçlerin değişimi ile beraber roskovitinin apoptoz üzerindeki teşvik edici etkisi onaylanmış olmaktadır. Ayrıca roskovitinin, GSK-3 ve -katenini inhibe ederek apoptozu teşvik ettiği de bu araştırmada belirlendi. Sonuç olarak, bu araştırma kapsamında elde edilen bulgulara göre, nöroblastoma hücre hattı SK-N-AS'da roskovitinin apoptotik mekanizmayı tetiklediği açıkça ortaya konmuştur. Bu durumda roskovitinin Taupatik değil de apoptotik etkiye sahip olduğu düşünülmektedir. Ayrıca bu araştırmaların in vivo düzeyde ele alınması gerekliliği de söz konusudur. Roskovitinin taupatilerdeki etkisinin CDK5 ve GSK-3 ilişkili sinyal yolakları ile ilişkili olarak daha detaylı araştırmalar yapılması hedeflenmektedir.Publication Serotonın uygulaması yapılan MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde hücre sağ kalım ve ölüm kararının incelenmesi(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı, 2017) Dursun, Şenay; Arısan, Elif DamlaSerotonin (5-hidroksitriptamin, 5-HT) monoamin bir hormon olup, evrimsel süreçte korunmuş önemli bir nörotransmitter maddedir. 5-HT merkezi ve periferal sinir sisteminde olduğu gibi, endokrin ve ekzokrin organlar ve hematopoietik sistemlerdeki hücrelerin fonksiyonunun düzenlenmesinde oldukça önemli rol oynamaktadır. Meme kanseri kadınlarda gözlenen kanser vakaları arasında en sık gözlenen kanser tipi olup, her yıl 1,1 milyondan fazla kadında rastlanmaktadır. Teknolojik gelişmeler sayesinde erken teşhis ve çok ileri teknikler sayesinde tedavi imkanları olsa bile, halen bu hastalık nedeni ile kişiler hayatını kaybetmektedir. Meme epitelyal hücrelerindeki homeostatik mekanizmalar, hamilelik ve emzirme gibi ciddi değişikliklerin olduğu durumlarda dokunun normal fonksiyonunu yerine getirmesinin kontrolünde rol almaktadır. Meme kanseri, epitelyal homeostatik sistemlerinin yanlış düzenlenmesi sonucunda meydana gelmektedir. Serotonin epitelyal homeostatik sisteminin bir parçası olup, meme epitel hücrelerinin homeostaz mekanizmalarının düzenlenmesinde rol almaktadır. Bu nedenle, 5-HT sisteminin epitel dokularında yanlış düzenlenmesi tümör oluşumuna yol açmaktadır ve meme epitel hücrelerinden kökenlenen tümörlerin progresyonunda 5-HT sinyal yolağındaki değişikliklerin önemli bir neden olabileceği düşünülmektedir. Bu araştırmada MCF-7 ve MDA-MB 231 hücrelerinde, serotoninin hücre sağ kalımı ve hücre ölüm mekanizmaları üzerine etkisinin moleküler düzeyde belirlenmesi amaçlanmıştır.