Person: COŞKUN, DENİZ
Loading...
Email Address
Birth Date
8 results
Search Results
Now showing 1 - 8 of 8
Publication Open Access HCT 116 ve HT 29 kolon karsinoma hücrelerinde epibrassinolid tarafından tetiklenen apoptotik süreçte poliaminlerin rolü(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, 2014-01) COŞKUN, DENİZ; Narçın Palavan ÜnsalKolon kanseri gastrointestinal sistemde meydana gelen, kanserden ölümlerde akciğer kanserinden sonra gelen yaygın bir kanser türüdür. Kötü beslenme, hareketsiz yaşam tarzı ve sigara kullanımı gibi farklı çevresel etkenlerle tetiklenebilir. Risk faktörü olarak bunların yanı sıra genetik etmenler de rol oynamaktadır. Kolon kanserinin populasyondaki yüksek insidansına bağlı olarak yeni tedavi stratejilerine ve moleküler mekanizmaların aydınlatılmasına gerek duyulmaktadır. Kolon mukozasının epitel hücrelerindeki genetik değişikliklere bağlı olarak artan hücre proliferasyonu pek çok hücresel aktiviteye bağlıdır, bunların arasında hücrenin metabolik regülasyonunda işlevsel olan amin türevleri olan poliaminlerin (PA) önemli rollere sahiptirler.PA'lar (putresin, spermidin, spermin) DNA'nın stabilizasyonu ve hücre bölünmesindeki önemli rolleri ile bilinmektedirler. Daha önceki çalışmalara dayanarak, PA biyosentez enzimi ornitin dekarboksilazın aşırı anlatımının kanseri bir onkogen olan c-myc ile birlikte çalışarak tetiklediği gösterilmiştir. PA biyosentezinin artmasına karşılık aynı zamanda kanser hücrelerinde katabolik yolakta meydana gelen sorunlarla PA'ların hücre dışına atılamadıkları ve hücrelerin sürekli olarak hücre döngüsünde kalarak kanser oluşumunun tetiklendiği belirlenmiştir. Son yıllarda antikanser strateji olarak hücre içi PA katabolizmasının aktive edilmesi üzerine çalışılmaya başlanmış ve çeşitli kemoterapötik ajanların bunu sağlayabildiği gösterilmiştir. Hücresel PA'ların üretimine ket vurmak, PA katabolizmasının aktive olması ile mümkündür. PA katabolik enzimlerinden spermidin-spermin asetil transferaz (SSAT) hücre içi PA'ları asetilleyerek bir önceki formlarına dönüşümlerini sağlar ya da hücreden atılabilmesi için oksidasyon işlemini gerçekleştirecek olan PA oksidaz (PAO) enzimi için substrat haline dönüştürür ve bu durumda hücrede fazla PA birikimi önlenmiş olur. Yapılan çalışmalar PA katabolizmasını aktive ederek hücresel PA düzeylerinde azalma sağlayan kemoterapotiklerin aynı zamanda hücrelerde apoptozu teşvik ettiğini de göstermiştir. Antikanser tedavi stratejilerinde gözlemlenen en önemli problemlerden biri tümör hücrelerinde ilaçlara karşı geliştirilen direnç mekanizmasıdır ve bununla ilgili olarak birçok etken bulunmaktadır. İlaçlara karşı direnç mekanizmalarının gelişmesinde pek çok etken bulunmaktadır. Hücre sağkalım sinyalinin ilaçlarla kesilememesi veya sinyal yolaklarındaki proteinlerin aşırı anlatımları direnç mekanizmasına örnek verilebilir. Hücre sağkalımında görevli protein ailelerinden biri olan MAPK ailesi üyeleri, AP-1, c-Myc gibi transkripsiyon faktörleri aracılığı ile hücre bölünmesini tetiklemektedir. Bir diğer hücre sağkalım yolağı ise fosfotidilinositol-3 fosfat/ protein kinaz B (PI3K/AKT) tarafından yönetilmektedir. Bu yolakta farklı olarak normal şartlarda apoptotik hücre ölümünü tetikleyen ForkHead/Winged Helix Box Class O (FOXO) transkripsiyon faktörü ailesi inhibe edilmekte ve hücre bölünmesinde görevli hedef genlerin transkripsiyonu gerçekleşmektedir. Epibrassinolid (EBR), bir bitki büyüme maddesi olan brassinosteroidlerin (BR) bir üyesi olup, bitkilerde büyümeyi teşvik etmektedir. EBR omurgalılarda bulunan ve büyümeyi teşvik eden steroid hormonlara benzerlik gösteren doğal bir polihidroksi steroiddir. Bitkilerde büyüme üzerine olan etkisi birçok çalışmada gösterilmekle beraber memeli hücreleri üzerine etkisi son yıllarda ele alınmaya başlanmıştır. 2008 Malikova ve ark. tarafından EBR'nin çeşitli kanser hücre hatlarında çoğalmayı önleyici etkisinin varlığı ve hücre döngüsüne etki ederek apoptoz mekanizmasını başlattığı öne sürülmüştür. Bu araştırma kapsamında EBR'nin farklı genomik özelliklere sahip HCT 116 ve HT 29 hücrelerinde mitokondri ve kaspazlara bağımlı apoptozu tetiklediği, bu süreçte farklı Bcl-2 ailesi üyeleri EBR'ye karşı cevap oluşturduğu gösterilmiştir. Ayrıca EBR'nin tetiklediği apoptozun PA katabolizması ile ilişkili olduğu her iki kolon kanseri hücre hattında da belirlenmiştir. Ayrıca, EBR'nin, tümör hücrelerinde sağkalımı tetikleyen PI3K/AKT yolağını indirgeyerek, FOXO3a transkripsiyon faktörü aracılı ve Bim aktivitesi ile apoptozun tetiklendiği belirlenmiştir. Aynı zamanda MAPK yolağının da aktif olduğu ve PA metabolizmasında görevli ornitin dekarboksilaz (ODC) enziminin transkripsiyon faktörü c-Myc'in de indirgendiği gösterilmiştir. Son olarak EBR ile tetiklenen apoptozun p53-bağımsız gerçekleştiği belirlenmiştir.Publication Metadata only Diclofenac induced apoptosis via altering PI3K/Akt/MAPK signaling axis in HCT 116 more efficiently compared to SW480 colon cancer cells(Springer Link, 2018-12) Ergül, Zehragül; Bozdağ, Gülnihal; Ünsal, Zeynep Narçin; ARISAN, ELİF DAMLA; YERLİKAYA, PINAR OBAKAN; RENCÜZOĞULLARI, ÖZGE; COŞKUN, DENİZ; 113920; 222563; 125860; 156421; 6125Diclofenac is a preferential cyclooxygenase 2 inhibitor (COX-2) and member of non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs). Inflammation is one of the main reason of poor prognosis of colon cancer cases; thereby NSAIDs are potential therapeutic agents in colon cancer therapy. In this study, our aim to understand the potential molecular targets of diclofenac, which may propose new therapeutic targets in HCT 116 (wt p53) and SW480 (mutant p53R273H) colon cancer cells. For this purpose, we identified different response against diclofenac treatment through expression profiles of PI3K/Akt/MAPK signaling axis. Our hypothesis was diclofenac-mediated apoptosis is associated with inhibition of PI3K/Akt/MAPK signaling axis. We found that sub-cytotoxic concentration of diclofenac (400 µM) promoted further apoptosis in HCT 116 cells compared to SW480 colon cancer cells. Diclofenac triggered dephosphorylation of PTEN, PDK, Akt, which led to inhibition of PI3K/Akt survival axis in HCT 116 colon cancer cells. However, diclofenac showed lesser effect in SW480 colon cancer cells. In addition, diclofenac further activated p44/42, p38 and SAPK/JNK in HCT 116 cells compared to SW480 cells.Publication Metadata only Fetuin-A 742 (C/T) and 766 (C/G) polymorphic sites are associated with increased risk of myocardial infarction in older patients (40 years of age)(Spandidos Publ Ltd, Pob 18179, Athens, 116 10, Greece, 2015-07) Çoker Gürkan, Ajda; Palavan Ünsal, Zeynep Narçın; ARISAN, ELİF DAMLA; GENÇ, SELMA; YERLİKAYA, PINAR OBAKAN; COŞKUN, DENİZ; 125860; 113920; 156421; 6125Inflammation and genetics have key roles in the pathogenesis of atherosclerosis, and the etiology of myocardial infarction (MI). Recent studies have indicated that lower serum levels of fetuin-A may accelerate the vascular mineralization process, which leads to pathophysiological conditions, such as coronary heart disease and chronic renal failure. The aim of the present study was to evaluate the association between specific fetuin-A polymorphisms (742 and 766) that are associated with circulating serum levels, and MI cases. The study consisted of 292 participants; 146 healthy control subjects and 146 patients with MI. The patient group was divided into two subgroups: 56 MI40 years and 90 MI40 years. The genotype distribution of fetuin 742 (C/T) and fetuin 766 (C/G) were determined by restriction enzyme digestion of polymerase chain reaction products. A significant difference was determined between the patients with MI and the control subjects with regards to fetuin-A 742 C/T gene polymorphism (P=0.028), regardless of age. Genotype distributions of fetuin-A 742 (C/G, P= 0.004) and 766 (C/T, P=0.017) were statistically different in the older patients with MI (MI40 years old), as compared with the healthy controls; however, there were no significant differences between the younger patients with MI and the controls, with regards to fetuin-A 742 C/T (P=0.519) and 766 C/G (P=0.653) gene polymorphisms. In addition, an association was observed between the presence of fetuin-A 742 T and 766 G alleles, and MI cases. The present study demonstrates that fetuin-A 742 (C/T) and 766 (C/G) genotypes may be risk factors for MI in patients older than 40 years of age.Publication Metadata only Epibrassinolide alters PI3K/MAPK signaling axis via activating Foxo3a-induced mitochondria-mediated apoptosis in colon cancer cells(Elsevier Inc, 525 B Street, Ste 1900, San Diego, Ca 92101-4495 Usa, 2015-10-15) Çoker Gürkan, Ajda; Palavan Unsal, Narcin; ARISAN, ELİF DAMLA; YERLİKAYA, PINAR OBAKAN; COŞKUN, DENİZ; 156421; 113920; 125860Epibrassinolide (EBR), a steroid-derived plant growth regulator, has been recently suggested as an apoptotic inducer in different cancer cells. In this experimental study, we investigated the potential apoptotic effect of EBR on stress-related and survival signaling molecules in colon carcinoma cells. EBR decreased cell viability and colony formation in HCT 116 and HT-29 colon carcinoma cells. The inactivation of PI3K/AKT by EBR treatment led to upregulation of Foxo3a, which in turn induced apoptosis in HCT 116 and HT-29 cells. In addition, the upstream non-receptor protein tyrosine kinase Src was found elevated allowing to the upregulation of p38, stress-activated protein kinase/Jun amino-terminal kinase and extracellular signal-regulated kinase 1/2 and their target genes c-jun, c-fos and c-myc in a time-dependent manner in HCT 116 cells within 48 h. The alterations in PA metabolism caused intracellular PA pool decrease. The upregulation of pro-apoptotic Bak, Bax, Puma and Bim were accompanied with the decrease in Mcl-1 in HCT 116 and Bcl-x(L), expression profiles in HT-29 following 48 h EBR treatment. We suggest that the upregulation of Bim expression levels might be related with one of the PI3K/AKT target transcription factor Foxo3a, which was dephosphorylated by EBR treatment in HCT 116 and HT-29 cells. (C) 2015 Elsevier Inc. All rights reserved.Publication Metadata only Epibrassinolide-induced Apoptosis is Modulated by AKT-FOXO3a Signaling Pathway(2014) Çoker Gürkan, Ajda; Ünsal, Zeynep Narçin; ARISAN, ELİF DAMLA; YERLİKAYA, PINAR OBAKAN; COŞKUN, DENİZ; 156421; 113920; 125860; 6125Publication Metadata only NSAIDs, ibuprofen and diclofenac induced apoptosis via altering MAPKs and de novo protein synthesis regardless of COX-2 expression in SW480 colon cancer cells(2015) Bozdağ, Gülnihal; Çoker Gürkan, Ajda; Ünsal, Zeynep Narçin; ARISAN, ELİF DAMLA; YERLİKAYA, PINAR OBAKAN; COŞKUN, DENİZ; 113920; 156421; 125860; 6125Publication Open Access Merkez ofis giderlerinin tespitinde kullanılan yöntemler ve inşaat sektöründe bir uygulama(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İnşaat Mühendisliği Anabilim Dalı / Proje ve Yapım Yönetimi Bilim Dalı, 2014-07) COŞKUN, DENİZ; Ünsal Palavan, NarçinBu çalışmanın amacı; bir yüklenicinin sözleşme talebi dâhilinde tazminata hak kazanması halinde, merkez ofis giderlerinin hesaplanmasına dair araştırma ve uygulama yapmaktır. Çalışmamızda bir örnek olay üzerine uygulama yapılarak, firma açısından hangi yöntemin daha yararlı olacağı karşılaştırılıp, gözlemlenecektir. Günümüz rekabet ortamında merkez ofis maliyetlerinin hesapları hususunda kesin bir fikir yürütmek mümkün olmadığından, bu merkez ofis maliyeti daha önceki projeler doğrultusunda tahmini olarak hesaplanmaktadır. Bu hesaplamalar, benzer nitelikleri kapsayan önceki projelerinin mali raporları incelenerek şekillendirilmektedir. Fakat bilindiği üzere, inşaat sektöründeki her bir üretim bir öncekinden farklı özellikler taşıdığından maliyet hesapları da farklı olmaktadır. Firmalar bazı hallerde ve yaşanılması muhtemel olumsuz durumlarda merkez ofis giderlerini hesaplamakta güçlük çekmektedirler ve bu giderleri sözleşmeye dayandıramamaktadırlar. Bu sebeple, o projeye ait merkez ofis giderlerini talep edemediklerinden zarara uğramaktadırlar. İşverenden kaynaklanan hatalara bağlı olarak, yapımı durdurulan veya yapımına ara verilen işlerde firmaların alacaklarını talep edebilmelerine dair, dünya genelinde çok sayıda çalışma yapılmış ve bu çalışmalar neticesinde dokuz adet kullanılabilir formül geliştirilmiştir. Bu çalışmada; bahsi geçen formüllere dayanarak, firma tarafından tahmini hesaplanan merkez ofis gider oranının tutarlı olup olmadığı, uygulamalı olarak tespit edilmeye çalışılacaktır.Publication Embargo Downregulation of c-Myc mediated ODC expression after purvalanol treatment is under control of upstream MAPK signaling axis in MCF-7 breast cancer cells(Tubitak Scientific & Technical Research Council Turkey, Ataturk Bulvarı No 221, Kavaklıdere, Ankara, 00000, Turkey, 2014) Alkurt, Gizem; Köse, Betsi; Çoker Gürkan, Ajda; Palavan Unsal, Narçin; ARISAN, ELİF DAMLA; YERLİKAYA, PINAR OBAKAN; COŞKUN, DENİZ; 156421; 125860; 113920; 6125Roscovitine and purvalanol are specific cyclin-dependent kinase (CDK) inhibitors, which induce apoptosis by triggering cell cycle arrest in various cancer cells such as colon, prostate, and breast cancer cells. Although the apoptotic action of roscovitine was clarified at the molecular level, the exact mechanism of purvalanol-induced apoptosis is still under investigation. The mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling cascade is activated by different inducers related to growth, proliferation, differentiation processes, or environmental stress factors. Recent reports showed that modulation of MAPKs might lead to regulation of c-Myc, which is a transcription factor for the polyamine (PA) biosynthesis enzyme, ornithine decarboxylase (ODC). PAs are amine-derived cationic molecules that play crucial roles in cell proliferation, growth, and differentiation. In this study, we investigated the potential role of the MAPK signaling cascade in the purvalanol-induced apoptosis mechanism by comparing the results of roscovitine in MCF7 and MDA-MB-231 breast cancer cells. We found that CDK inhibitors decreased the cell viability in a dose-and time-dependent manner in MCF-7 and MDA-MB-231 cancer cells. Although both CDK inhibitors induced cell cycle arrest, which led to apoptosis by activating caspases and PARP cleavage in MCF-7 breast cancer cells, the apoptotic effect of purvalanol was less than that of roscovitine in MDA-MB-231 cells. Inhibition of MAPKs prevented CDK inhibitor-induced cell viability loss in both cell lines. We determined that purvalanol downregulated c-Myc and ODC expression levels, which led to sharp decrease in the PA pool in MCF-7 cells. On the contrary, purvalanol did not significantly alter c-Myc expression levels, which led to de novo biosynthesis of ODC in a time-dependent manner in MDA-MB-231 cells. Therefore, we suggest that a purvalanol-mediated resistance phenotype might be a possible outcome of c-Myc-mediated ODC expression level in MDA-MB-231 cells.