Fizik Bölümü / Department of Physics
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/6785
Browse
Browsing Fizik Bölümü / Department of Physics by Language "tr"
Now showing 1 - 10 of 10
- Results Per Page
- Sort Options
Publication Alzheimer Hastalığı Tedavisinde Etkili Cyclo(Phe-Phe) Dipeptidinin Konformasyon Analizi(Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Çelik, Sefa; Özel, Ayşen E.; AKYÜZ, SEVİMCyclo(Phe-Phe) dipeptidi Alzheimer hastalığı tedavisinde etkili bir dipeptitdir. Bu çalışmada Cyclo(Phe-Phe) dipeptidinin 3-Boyutlu yapısı teorik konformasyon analizi (TKA) metodu ile belirlenmiştir. Konformasyon analizinde, Ramachandran haritalarından yararlanılarak ve yan-zincir dihedral açıları (χ) yardımıyla tüm olası konformasyonlar belirlenmiştir. Bu haritalar kullanılarak programa girilen başlangıç dihedral açılarla, konformasyon analizi sonunda hesaplanan dihedral açılar karşılaştırmalı olarak verilerek tablolaştırılmıştır. Hesaplama sonucunda dipeptidin en kararlı beş konformasyonunun toplam enerjileri ve toplam enerjilerine katkı sağlayan van der Waals, elektrostatik, hidrojen bağ ve torsiyon enerjileri ayrı ayrı hesaplanmıştır. Ek olarak, en minimum enerjili konformasyon Gaussian03 programı ile DFT metodu kullanılarak optimize edilmiştir. Belirlenen optimize geometri ile konformasyon analizi sonrasında elde edilen geometri karşılaştırılmıştır.Publication Antitümör Aktiviteye Sahip Netropsin Molekülünün Kuantum Mekanik ve Moleküler Dinamik Modellemesi ile DNA Etkileşimi(2018) Çelik, Sefa; Özel, Ayşen; AKYÜZ, SEVİM; 110147; 10127; 110745Publication Bilinç, Matematiksel Bir Desenin Ürünü mü? Bilincin Gizemli Yapısı(2017) Özer, Mehmet; Cem, Coşkun Burak; 2509Publication Cyclo(Tyr-Tyr) Dipeptidinin Teorik IR, Raman ve Moleküler Yapı Analizi(Süleyman Demirel Üniversitesi, 2021) Çelik, Sefa; AKYÜZ, SEVİM; Özel, Ayşen E.Bu çalışmada HT-29, Hela ve MCF-7 hücre hatlarına karşı antikanser etkigösteren Cyclo(Tyr-Tyr) dipeptidinin olası en kararlı yedi konformasyonu tirozinaminoasitlerinin χ yan zincir dihedral açılarına bağlı olarak konformasyon analiziyapılarak belirlenmiştir. Konformasyon analizi sonrasında belirlenenkonformasyonlara ait geometrik yapılar, yan zincire ait dihedral açıdaki değişimlerve konformerlerin toplam ve bağıl enerjileri ile bu konformasyonların toplamenerjilerine katkı sağlayan van der Waals, elektrostatik, torsiyon enerji katkılarıayrı ayrı hesaplanmıştır. Konformasyon analizi ile belirlenen en kararlı konformer,Gaussian03 programı kullanılarak, DFT (Density Functional Teory), B3LYPfonksiyoneli ve 6-31++G(d,p) baz seti ile optimize edilmiş ve optimize yapınıntemel titreşim dalga sayıları aynı teori düzeyinde hesaplanmıştır. Ayrıca, IRşiddetleri, Raman aktiviteleri, potansiyel enerji dağılımları MOLVIB programıkullanılarak saptanmış, Simirra programı ile ölçeklendirilmiş Raman aktiviteleri,Raman şiddetlerine dönüştürülmüştür. Ek olarak bu dipeptidin dimerik formuoluşturulmuş ve DFT/B3LYP/6-31G(d,p) teori düzeyinde optimize edilerek halkayapıya ait w, φ, Ψ dihedral açıları monomer form ile karşılaştırmalı olarakverilmiştir. Dimerik yapının oluşumunda rol oynayan moleküller arası hidrojenbağları belirlenmiştir.Publication Enez Kazısından Çıkartılan Bazı Arkeolojik Seramik ve Killerin FTIR, Mikro-Raman, EDXRF, XRD ve Kemometrik Yöntemler ile Analizi(2019-09) Çelik, Sefa; E.Özel, Ayşen; Başaran, Sait; AKYÜZ, SEVİM; 10127; 110147; 110745Potteries are the most abundant findings among the archeological artifacts. These findings, whose main raw material is clay, give important information about the civilization, culture, technology and trade of that period. Clay minerals undergo chemical and structural changes during the firing; e.g. during thermal treatment the structural collapse due to loss of structural hydroxyls, transformation to different mineral structures due to reaction with calcite in the structure and phase changes. For this reason, investigation of the mineral structures of the ancient potteries gives information about the firing temperature and firing conditions. Since XRD provides information mineral phases only in crystalline state, in combination to XRD the FTIR and Raman spectroscopic investigations and the determination of elemental contents by EDXRF allow us to determine the firing- temperature and -conditions in more detail. In this study, pottery fragments belonging to 4th-6th century BC, excavated in Enez- Turkey, were analyzed by different analytical techniques, in comparison with those of the local clays unearthed during the excavations. The firing temperatures and firing conditions were estimated. The XRD analysis of the raw clay found in the excavation area showed that it contained montmorillonite, illite and muscovite. The comparative FTIR and micro-Raman spectroscopic, EDXRF and XRD analyzes of the terracotta remains allowed to determine the chemical and mineralogical contents of the ceramic fragments. Moreover, chemometric techniques were applied on FTIR results in order to determine similarities and dissimilarities between archaeological findings and to reveal the distinct groups. Principal component analysis and cluster analysis techniques were used.Publication Fermat’ın son teoremi ile başlayan düşünme yarışı(2018) Özer, Mehmet; Cem, Coşkun Burak; 2509Publication Fizik Laboratuvarı Deney Kitabı: Elektrik ve Manyetizma(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2013) KolektifPublication Fizik Laboratuvarı Deney Kitabı: Mekanik(İstanbul Kültür Üniversitesi, 2012) KolektifPublication Leonardo da Vinci: Su üstadı(2018) Cem, Coşkun Burak; Özer, Mehmet; 2509Publication Moleküler Dinamik Simülasyonla Antikanser Aktiviteye Sahip Adriamisin Molekülünün Yapı ve Analizi ve Docking Hesabı(2018) Çelik, Sefa; Özel, Ayşen; AKYÜZ, SEVİM; 110147; 10127; 110745