Alzheimer Hastalığı Tedavisinde Etkili Cyclo(Phe-Phe) Dipeptidinin Konformasyon Analizi

Abstract

Cyclo(Phe-Phe) dipeptidi Alzheimer hastalığı tedavisinde etkili bir dipeptitdir. Bu çalışmada Cyclo(Phe-Phe) dipeptidinin 3-Boyutlu yapısı teorik konformasyon analizi (TKA) metodu ile belirlenmiştir. Konformasyon analizinde, Ramachandran haritalarından yararlanılarak ve yan-zincir dihedral açıları (χ) yardımıyla tüm olası konformasyonlar belirlenmiştir. Bu haritalar kullanılarak programa girilen başlangıç dihedral açılarla, konformasyon analizi sonunda hesaplanan dihedral açılar karşılaştırmalı olarak verilerek tablolaştırılmıştır. Hesaplama sonucunda dipeptidin en kararlı beş konformasyonunun toplam enerjileri ve toplam enerjilerine katkı sağlayan van der Waals, elektrostatik, hidrojen bağ ve torsiyon enerjileri ayrı ayrı hesaplanmıştır. Ek olarak, en minimum enerjili konformasyon Gaussian03 programı ile DFT metodu kullanılarak optimize edilmiştir. Belirlenen optimize geometri ile konformasyon analizi sonrasında elde edilen geometri karşılaştırılmıştır.