Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11413/4953

Browse

Now showing 1 - 19 of 19

Open Access
A549 küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücrelerinde cdk 4/6 inhibitörü palbociclib'in enflamasyon ile ilgili etkilerinin araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, 2019) Kaya, Şule; Ünsal, Zeynep Narçin
Akciğer kanseri dünya çapında kanser ölümlerinin önde gelen nedenlerinden biridir. Vakaların yaklaşık % 85'ine neden olan küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) ve ikincisi % 15'ini oluşturan küçük hücreli akciğer kanseri olmak üzere iki geniş alt tipte sınıflandırır. Akciğer kanserinin altında yatan moleküler mekanizmalar kanserin başlaması, ilerlemesi, çevresel faktörlerden etkilenen dinamik epigenetik değişikliklerin yanı sıra nokta mutasyonları, delesyonlar, yer değiştirme ve/veya amplifikasyonlar dahil olmak üzere kalıcı genetik değişiklikler kombinasyonlarının birikmesi sonucudur. Hücre içi sinyal iletimleri iyi tanımlanmış MAPK, mTOR, Notch , Hedgehog, Wnt gibi birçok sinyal yolakları vardır. Sinyal iletim mekanizmaları üzerindeki bozulmalar da kanser nedenlerinden biridir. Bu yolaklardan biri olan Wnt sinyal yolu, hücre kaderinin belirlenmesi, hücre göçü, hücre polaritesi, nöronal şekillendirme ve embriyonik gelişim sırasında organogenezin kritik yönlerini düzenleyen eski ve evrimsel olarak korunan bir yolaktır. Diğer yandan sikline bağımlı kinazların da (CDK) kanserle ilişkileri vardır. Hücre döngüsü, hücre bölünmesi ve replikasyonu için gerekli olan büyüme, kromozomal replikasyon ve mitozun çeşitli aşamalarında görev alırlar. Karmaşık bir etkileşime giren proteinler kümesi, memeli hücrelerinde hücre döngüsü boyunca ilerlemeyi sıkı bir şekilde düzenler. Bu nedenle kanser tedavisinde CDK'ların inhibisyonu büyük önem arz etmektedir. CDK inhibitörü olarak kullanılması için preklinik ve klinik olmak üzere birçok çalışma vardır. Palbociclib de bunlardan biridir. İlk olarak 2014'te meme kanserinin tedavisi için geliştirilmiş daha sonrasında diğer kanserler üzerine de etkileri incelenmeye başlanmış ve hala daha bu araştırmalar büyük bir hızla devam etmektedir. Bu tez kapsamında A549 küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücreleri üzerinde Palbociclib'in enflamasyon ile ilişkili moleküller üzerine etkilerini araştırmak amaçlanmıştır.
Open Access
Abemaciclib ve palbociclib'in MIA PaCa-2 ve Capan-2 pankreas kanseri hücrelerinde ampk' nın etkileşimde olduğu üst ve alt sinyal yolakları ile etkilerinin araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Sevgin, Börteçine; Gürkan, Ajda Çoker
Pankreas kanseri, dünya nüfusu arasında insidansı ve mortalite oranı son yıllarda önemli ölçüde artmakta olup en yaygın dördüncü kanser türüdür. Erken teşhisi ve tedavi imkanı son derece kısıtlı olan pankeas kanseri, terapotik stratejilere karşı son derece dirençli olduğundan bazı tedavi yöntemlerinin yetersiz kalmasında rol alan ve sıklıkla görülen KRAS, SMAD, TP53, CDK2NA gibi mutasyonların varlığında hücre proliferasyonunu artırarak agresif profil izlemektedir. Bu durum kanserin yaygın özelliklerinden biri olduğundan CDK' yı hedefleyen yeni ajanlar yeni tedavi yöntemleri için ilgi çekici bir seçenek olmuştur. Spesifik CDK4/6 inhibitörleri olan palbociclib ve abemaciclib, hücre çoğalmasını G1 fazında tutulu kalmasını sağlayarak hücre proliferasyonunu azalttığı ve apoptozu indükleyerek önemli bir anti-kanser özelliğine sahiptirler. Anti-kanser etkileri sayesinde tümör oluşumuna dahil olan hücre sağkalımı ve ölümünde rol alan çeşitli moleküler hedefler bildirilmiştir. Agresif Pankreas kanseri hücreleri kullanılarak yapılan in vitro ve in vivo çalışmalar, aktiflenen CDK4 ile zıt etkileşimde olduğu bilinen evrimsel olarak korunan bir hücre içi enerji sensörü olan AMPK'nın aktivasyonundaki değişikliklerin hücre tipiyle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. Bu anlamda kanserin temel özellikleri arasında bilinen enerji metabolizmasının yeniden düzenlenmesi kritik önem taşımaktadır. Tez kapsamında farklı genomik özelliklere sahip MIA PaCa-2 ve Capan-2 pankreas kanseri hücre hatlarında CDK4/6 inhibitörlerinin AMPK'nın etkileşimde olduğu üst ve alt sinyal yolları üzerine etkilerinin araştırılması hedeflenmiştir. Farklı stres koşullarının, hücrelerde hayatta kalma/ölüm kararında kritik olan AMPK aktivitesini tetiklediği gösterilmiştir. Hücresel enerji ile etkileşimleri nedeniyle AMPK aktivitesi, kanser hücrelerinde mTOR sinyalini veya lipid metabolizmasını değiştirmektedir. Bu çalışmada, hücrelerdeki PI3K/AKT/mTOR sinyal eksenini modüle ederek hücre döngüsünün G1 fazında tutulu kalmalarını sağlayıcı ajanlar olan iki farklı CDK4/6 inhibitörünün etkisi karşılaştırılmıştır. MIA PaCa-2 ve Capan-2 hücrelerindeki metabolik farklılıklardan dolayı palbociclib ve abemaciclib'in her kanser hücresindeki etkileri aynı olmamakla birlikte farklı moleküler mekanizmalar üzerinden yanıt oluşturduğu dikkati çekmiştir. Palbociclib uygulanan hücrelerde hücre açlığının AMPK aktivitesinin artışı ile korelasyon gösterirken abemaciclib uygulanan hücrelerde hücre açlığının mTOR üzerinden metabolik olarak sensör mekanizma ile algılandığı belirlenmiştir. Buna bağlı olarak pankreas kanseri hücrelerinin proliferasyonunu tetikleyen yağ asidi biyosentezinin baskılanması terapötik açıdan kritik önem taşımaktadır. Bu nedenle her iki CDK4/6 inhibitörünün, hücre ölüm mekanizmasını genişletmek için hücrelerdeki farklı mekanizmaları indüklediği sonucuna varılmıştır. Son derece agresif profile sahip pankreas kanseri hücreleri için umut vaad edici çalışmalar olmakla birlikte klinik uygulamalar öncesinde pankreas kanseri farklı hücre tiplerinde CDK4/6 inhibitörlerinin moleküler hedeflerinin geniş ölçekli olarak tanımlanmasına yönelik bulgular sağlaması ve bu bulguların olası tedavi seçeneklerinin başarılarının arttırılmasına yönelik olarak yeni kombine tedaviler için önemli hücresel hedeflerin ayırt edilmesini sağlama potansiyeli taşımaktadır.
Open Access
ASPC-1 pankreas kanseri hücrelerinde gemsitabin ve (ya) epibrassinolidin uygulamasının apoptotik etkilerinin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Kuryayeva, Fadina; Yerlikaya, Pınar Obakan
Pankreas kanseri pankreasta bulunan hücrelerin kontrolsüz şekilde çoğalmaya başlamasıyla oluşan, kanser ölümleri içerisinde dördüncü sırada olan agresif bir kanser türüdür. Gemsitabin (dFdC veya Gem), dioksisitidinin analoğu, pankreas kanseri standart terapisi olarak kabul edilmiştir. Gemsitabin pankreas kanseri tedavisinin her evresinde tercih edilmesine rağmen, kemodirenç meydana gelmesi ile ilgili kullanımı limitli bir ajandır. Antikanser tedavi stratejilerinde gözlemlenen en önemli problemlerden biri kanser hücrelerinde ilaçlara karşı geliştirilen direnç mekanizmasıdır. İlaçlara karşı direnç mekanizmasının geliştirilmesinde pek çok etken bulunmaktadır. Bu etkenlerden biri, ilk olarak bitkilerde büyüme üzerindeki etkisi, son yıllarda ise kanser hücreleri üzerinde etkisi araştırılan Brassinosteroidler üyesi olan Epibrassinolid (EBR)'dir. EBR doğal bir polihidroksi steroiddir. EBR'nin kanser hücrelerinde çoğalmayı önleyici etkisine ve hücre döngüsüne etki ederek apoptoz mekanizmasını başlattığı öne sürülmüştür. Bu araştırma kapsamında Gem ve (ya) EBR'nin pankreas kanseri hücre hattı olan AsPC-1 üzerindeki antikanser ve antiproliferatif etkileri incelemeye alınmıştır. AsPC-1 hücrelerinde mitokondri ve kaspazlara bağımlı apoptozun tetiklendiği, ayrıca dFdC ve EBR' nin kombine uygulanması hücre canlılığına sadece gemsitabin uygulamasına kıyasla daha etkin ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca, dFdC ve EBR'nin beraber uygulamasının sadece dFdC uygulamasına göre hücre proliferasyonu, koloni oluşumunu engellediği gösterilmiştir. Daha sonraki aşamalarda dFdC ve (ya) EBR'in tetiklediği apoptozun ER stress ile ilişkisi moleküler düzeyde incelenmiş ve birçok proteinin anlamlı birşekilde değiştiği gösterilmiştir. Tez çalışması kapsamında elde etdiğimiz sonuçlar doğrultusunda, dFdC ve(ya) EBR' nin AsPC-1 pankreas kanseri hücre hattındaki apoptoz ve endoplazmik retikulumla ilişkili proteinler üzerinde sağkalımda tetikleyici etkisi olduğu sonucu elde edilmiştir
Open Access
Badem ve soya kök hücre ekstraktlarının selülit oluşumunu baskılamasını moleküler düzeyde incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sakarya, Begüm Erkök; Yerlikaya, Pınar Obakan
Selülit kadınlarda % 80-90 oranda görülen bir bozuluktur. Kesin nedeni bilinmemekle birlikte deri altındaki bağ dokusu ve yağ tabakası arasındaki etkileşimin sonucu olduğu bilinmektedir. Selülit tedavisi ile ilgili uygulanan bir çok yöntem olmasına rağmen hala kesin bir çözüme kavuşturulamamıştır. Ayrıca selülit ve selülit tedavisi ile ilgili yayınların azlığı, selülitin daha fazla araştırılması gerektiğini göstermektedir. Selülit tedavisini temel hedefleri mikrosirkülasyonu arttırarak kan dolaşımının artması, bağ dokunun güçlendirilmesi ve yağ oluşumunun azalmasına yöneliktir. Soya bitkisi ve bileşenlerinin adipogenezi baskıladığı ve lipolizi arttırdığı bilinirken, badem bitksinin ve bileşenlerinin bağ doku bileşenlerini güçlendirici etkisi bilinmektedir. Tezin temel amacı soya ve badem bitkilerinden elde edilen kök hücre ekstraktlarının bitkilerin bilinen özelliklerinden yola çıkarak, bu ekstraktların güvenilirliğini ve etki mekanizmasını kanıtlamak ve selülite karşı alternatif tedavi yöntemi bulmaktır. Adipogenezin baskılanması ile ilgili etkinlik testleri 3T3-L1 fare pre-adiposit hücreleri üzerinde yapılacakken, bağ dokunun güçlendirilmesi ile ilgili etkinlik testleri CRL2076 insan normal fibroblast hücreleri üzerinde yapılacaktır. Anahtar Kelimeler: Selülit, badem, soya, selülit tedavisi, 3T3-L1 hücreleri
Metadata only
Büyüme Hormonu Gen Anlatımı Arttırılmış Meme Kanseri Hücrelerinde Curcuminin Apoptotik Hücre Ölümü Üzerine Etkisinde İnflamasyonun Rolü
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı, 2018) Özakaltun, Buse; Çoker Gürkan, Ajda
Dünya genelinde kadınlarda en sık görülen kanser türü meme kanseridir. Kanser kaynaklı ölümler arasında meme kanseri akciğer kanserinden sonra kadınlarda ikinci sırada gelmektedir. Meme kanseri gelişiminde HER2/neu (insan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2) gibi büyüme faktörleri, östrojen ve prolaktin (PRL) gibi hormonların etkisi bilinmektedir. Son zamanlarda yapılan çalışmalara göre postnatal dönemde hipofiz bezinden salınan BH'nin meme tümör biyopsi örneklerinde normal meme epitel hücresine kıyasla artmış olduğu belirlenmiştir. Akromegali hastalığı gibi malign durumların sıklıkla görüldüğü endokrin bozuklukların meme kanseri gelişimini tetiklediği ve BH meme bezi gelişiminde prolaktin gibi indükleyici etkisi olduğu tespit edilmiştir. Otokrin BH anlatımı kazandırılan meme kanseri hücre hatlarında hücre invazyon, metastaz ve kanserojenik artış belirlenmiştir. Curcumin, "Curcuma longa'' bitkisinin kökünden üretilen doğal bir bileşik olup, prostat, kolon, servikal, melanoma, pankreas ve meme kanserleri üzerinde anti-oksidan, antiinflammatuar, anti-proliferatif ve anti-kanserojenik etkisi olduğu görülmüştür. In vitro ve in vivo kanser modellerinde curcuminin kanser hacmini azalttığı, metastazı engellediği gösterilmiş olsada klinik çalışmalar curcuminin stabilite kaynaklı etkisini azaldığını ifade etmektedir. Ancak NF-B inhibitörü gibi görev yapan curcuminin klinik çalışmalarda bazı kemotörapatik ilaçların (5-FU, docetaksel, gemsitamib) karsinojenik etkisini arttırdığı pankreas, kolon ve meme kanseri vakalarında gösterilmiştir. BH sinyalinde anahtar moleküllerden sinyal transdüseri ve transkripsiyon aktivatörü 3 (STAT-3)'ün inhibitörü olarak görev yapan atiprimod, anti-inflamatuar, anti-anjiyogenenik ve anti-karsinojenik ajan olarak meme kanseri, melanoma ve hepatosellüler karsinomada etkisi gösterilmiştir. Bu tez ile amacımız, otokrin BH anlatımı kazandırılan MCF-7, MDA-MB-231, MDA-MB-453 ve T47D meme kanseri hücre hatları üzerinde atiprimod'un curcumin uygulamasına bağlı apoptotik hücre ölümü üzerine etkisinin irdelenmesidir. Atiprimod, MCF-7, MDAMB-231, MDA-MB-453 ve T47D hem doğal tip hem de BH anlatımı kazandırılan meme kanseri hücrelerinde curcumin uygulaması kaynaklı hücre canlılığına ket vurma potansiyelini arttırdığı tespit edilmiştir. Ayrıca atiprimodun, curcumin kaynaklı hücre ölümü, mitokondri membran potansiyeline ket vurma potansiyelini ve apoptotik ölümü tüm meme kanseri modellerinde BH anlatımına bağlı kalmadan arttırdığı PI,xvi DAPI, DiOC6 floresan boyamaları, PI ve Annexin V/PI hücre akış sitometresi ile gösterilmiştir. Böylece atiprimod uygulamasının otokrin BH bağlı curcumine karşı ilaç direncini MCF-7, MDA-MB-231, MDA-MB-453 ve T47 meme kanseri hücrelerinde apoptotik hücre ölüm mekanizmasını aktive ederek gerçekleştirildiği tespit edilmiştir.
Open Access
Büyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) 1-29 özgü aptamerlerin sentezlenmesi karakterizasyonu ve anti-karsinojenik etkilerinin araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Apaydın, Zeynep Elif; Gürkan, Ajda Çoker
Hipotalamustan salınan ve bir nöropeptit olan büyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) ile reseptörünün kolon, pankreas, prostat, yumurtalık, meme gibi pek çok kanser hücrelerinde anlatımına bağlı aktif sinyal iletimi olduğu bilinmektedir. GHRH sinyalinin peptit antagonistleri kullanılarak bloke edilmesinin karsinojenik etkisinin çeşitli kanser hücrelerinde in vitro ve in vivo ortamda gösterilmektedir. Bu durum GHRH sinyalinin bloke edilmesinin terapötik bir stratejisini ortaya koymaktadır. Aptamerler, hedef moleküle yüksek bağlanma afinitesi olan küçük nükleik asit molekülleri olarak teşhis, tedavi gibi amaçlar çerçevesinde kullanılmaktadır. Yeni jenerasyon modifiye aptamerlerin terapötik etkinliğinin yüksek olması sebebiyle magnetik bead teknolojine dayalı X-Aptamer üretilmektedir. Bu tez ile amacımız GHRH 1-29 özgü X-Aptamerlerin üretilmesi, karakterize edilmesi ve anti-karsinojenik etkisinin GHRH anlatımı olan kanser hücreleri üzerinde GHRH sinyaline ket vurması göz önünde bulundurularak incelenmesidir. Biyolojik aktivitesi ilk 29 amino asitte bulunan GHRH (1-29) peptidinin biotinlenmesini takiben, magnetik beadlere tutturularak modifiye aptamer kütüphanesi ile muamele edilerek çoğaltılan, dizi analizi ile sekansı belirlenen olası 5 tane X-Aptamerden GHRH 1-29 peptidine bağlanma afinitesi TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 GHRH 1-29 özgü potansiyel X-Aptamerler için 2 kat olduğu dot blot yöntemi ile tespit edilmiştir. Doza bağlı olarak TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 X-Aptamerlerin GHRH (1-29) peptidine bağlanma afiniteleri (Kd) sigma plot programı aracılı non-linear regreasyon yöntemi ile belirlenmiştir. TKY.T2.08 için 48,19 nM ve TKY.T2.09 için 24,20 nM olduğu tespit edilmiştir. Her iki X-Aptamerin GHRH ligand ile hücre yüzeyine bağlandığı immunofloresan (IF) yöntemi ile belirlenmiştir ve GHRH sinyali aşağı yolağı elemanları olan GH ve GHRH-R anlatımına ket vurduğu IF boyalamalar ile MIA PaCa-2 pankreas kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. 72 saat boyunca 500 nM TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 X-Aptamerlerinin MIA PaCa-2 pankreas kanseri, HT29 kolon kanseri, PC3 prostat kanseri hücrelerinde bağlı Ca+2 miktarını arttırsa da cAMP miktarı üzerinde istatistiksel açıdan belirgin bir baskılayıcı etki göstermemektedir. Ayrıca TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 X-Aptamerlerinin en fazla HT29 kolon kanseri ve MIA PaCa-2 pankreatik kanser hücrelerinin hücre canlılığına istatistiksel açıdan belirgin ket vurma ve mitokondriyel membran potansiyelini düşürme etkileri tespit edilmiştir. Seçili GHRH 1-29 özgü potansiyel X-Aptamerlerinin hücre döngüsü üzerine etkisi irdelendiğinde TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 GHRH 1-29 özgü X-Aptamerlerin hücre döngüsüne ket vurmadan en fazla HT29 kolon kanseri ve MIA PaCa-2 pankreas kanseri hücrelerinde en az PC3 prostat kanseri hücrelerinde SubG1 hücre popülasyonu birikimine neden olduğu PI hücre akış sitometresi analiz ile gösterilmiştir. GHRH 1-29 özgü X-Aptamerlerin apoptotik ölüm üzerine etkisi irdelendiğinde floresan boyama ve PI sonuçları ile paralellik göstererek hem TKY.T2.08 hem de TKY.T2.09 X-Aptamerlerinin en yüksek apoptotik etkisi yine GHRH anlatımı yüksek olan MIA PaCa-2 pankreatik kanseri ve HT29 kolon kanseri hücrelerinde olduğu Annexin V/PI hücre akış sitometresi ile gösterilmiştir. Sonuç olarak bu tez ile ilk defa GHRH 1-29 özgü X-Aptamer sentez edilmiş, liganda bağlanma afiniteleri gösterilmiş, GHRH sinyal yolağında ket vurma potansiyeli GH ve GHRH-R anlatımlarına ket vurma etkisi üzerinden belirlenmesinin yanında, GHRH anlatımı ve salgı profiline göre hücre canlılığına ket vurma, apoptotik ölümü tetiklemesi en fazla MIA PaCa-2 pankreas kanseri ve HT29 kolon kanseri hücrelerinde en az PC3 prostat kanseri hücrelerinde olduğu gösterilmiştir.
Open Access
CDK inhibitörlerinin mTOR susturması gerçekleştirilen LNCaP, DU145 ve PC3 prostat kanseri hücrelerinde terapotik etkisinin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, 2015-08) Gümüşkaptan, Çağrı; Arısan, Elif Damla
Prostat kanseri, prostat bezi hücrelerinde büyüme ve bölünme kontrolünün kaybıyla organ hacminde meydana gelen büyüme olarak tanımlanmaktadır. Prostat kanseri dünya genelinde en çok tanı konulan ikinci kanser türü olup, erkeklerde kanser nedeniyle ölüm vakalarında altıncı sırada yer almaktadır. Androjenler prostat kanseri gelişiminde önemli bir rol oynamaktadır. Bununla birlikte prostat kanserinin metastatik formlarının androjenlerden bağımsız olması nedeni ile yüksek mortalite oranları görülmektedir. Bu nedenle prostat kanseri tedavisine yönelik olarak yeni terapötik hedeflerin araştırılması halen araştırıcıların ilgi odağı olup, bu hedeflerin etkileşime girdikleri hücresel sinyal yolakları aydınlatılmaya çalışılmaktadır. Anti-kanser stratejilerden bir tanesi kanserli hücrelerin aşırı çoğalma potansiyelinin indirgenmesine yönelik çalışmalardır. Bu mekanizmada önemli rol oynayan siklinler ve sikline bağımlı kinazlar (CDK) yer almaktadır. CDK protein ailesinin ana görevi hücre siklusunu yönetmek ve hücrelerin sağlıklı bir şekilde bölünmesini sağlamaktır. Kanser hücrelerinde CDK'ların aşırı aktivasyonu hücrelerin engellenemeyen bir şekilde sürekli olarak siklusta kalmalarını ve aşırı çoğalmalarını sağlar. Yeni nesil CDK inhibitörlerinden roscovitine (CYC202, seliciclib) ve purvalanol kendilerine özgü CDK hedeflerini inhibe ederek hücre çoğalmasına ket vururlar ve bu nedenle yüksek apoptotik potansiyele sahip ajanlar olarak literatürde yer almaktadırlar. Bu tez kapsamında mTOR susturması gerçekleştirilmiş, androjen reseptörü pozitif LNCaP ve negatif DU145 ve PC3 prostat kanseri hücre hatlarında yeni nesil CDK inhibitörleri roscovitine ve purvalanol uygulamaları ile terapotik modelin apoptotik yetkinliğinin moleküler mekanizmasının anlaşılabilmesi, mTOR ile ilişkili çeşitli sinyal kaskadlarının tetiklenen apoptotik ve/veya mekanizmalarda rolünün gösterilmesi amaçlanmaktadır. mTOR siRNA uygulanmasına ihtiyaç duyulması, mTOR inhibitörü olan rapamycinin mTOR inhibisyonunu geri dönüşümlü şekilde gerçekleştirmesinden kaynaklanmaktadır. Rapamycin, mTOR kompleks 1'i inhibe ederken, mTOR kompleks 2'ye duyarsızdır. Bu sebeple, mTOR siRNA kullanımı tüm mTOR komplekslerinin baskılanması açısından avantajlıdır. PC3 ve LNCaP hücrelerinde CDK inhibitörleri purvalanol ve roscovitine'in tek başlarına ve mTOR yoksunluğunda, mTOR'un alt ve üst sinyal yolaklarına olan etkileri Pathscan ELISA analiziyle taranmıştır. Bu ilaçların CDK'den bağımsız etkilerinin bulunduğu; purvalanolün mTOR ve mTOR ilişkili farklı kinaz molekülleri üzerinde roscovitine'den daha yetkin olduğu görülmüştür. PC3 ve LNCaP hücre hatlarında mTOR yoksunluğunun CDK inhibitörlerinin apoptotik etkilerine ket vurduğu ve mTOR tarafından düzenlenen Stat1 ve Stat3 proteinlerinin purvalanol ve roscovitine'in terapotik etkileri üzerinde belirleyici olduğu tespit edilmiştir. Bununla birlikte, LNCaP hücrelerinde CDK inhibitörlerinin Stat3 Ser727 fosforilasyonunu arttırarak Stat3-FoXO1 ve ayrıca CDK5 aktivitesini inhibe ederek AR-Stat3 interaksiyonlarının azalmasına neden olduğu tespit edilmiştir. Bu nedenle, özellikle Stat3 anlatımının ve fosforilasyonunun hücre sağ kalımı ve hücre ölümüyle ilişkili yolakların düzenlenmesinde kritik bir rol oynadığı açığa çıkarılmıştır. DU145 hücrelerinde mTOR siRNA ile birlikte CDK inhibitörlerinin uygulanması, LNCaP ve PC3 hücrelerinden farklı Stat3 anlatım profiline neden olmaktadır. Bu nedenle, DU145 hücrelerinde mTOR yoksunluğu CDK inhibitörlerinin otofaji ya da apoptoz ilişkili olarak değil ama Stat proteinleri aracılığıyla CDK'lar üzerinden hücre siklusuna etki ettiği düşünülmektedir. mTOR protein ifadesini baskılayan CDK inhibitörleri farklı hücre sinyal yolaklarını da baskı altında tutarak apoptotik veya otofajik karara neden olabilmektedirler. mTOR proteinin bu nedenle belirli bir düzeyde hücrelerde bulunması her iki sinyal yolağı hedefleri açısından düzenleyici olup, CDK inhitörleri erken cevap mekanizmasında terapotik etkiyi rapaloglar kadar etkili bir şekilde yansıtmamaktadırlar.
Open Access
Curcuminin otokrin büyüme hormonu (BH) anlatımı kazandırılmış MCF-7meme kanseri hücrelerinde endoplazmik retikulum stres ve otofajik yolaklar üzerine etkisinin irdelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Karataş, Merve; Çoker Gürkan, Ajda
Meme kanseri, kadınlar arasında en sık saptanan neoplastik bir hastalık olup, yüksek mortalite ve mobilite nedeni olarak görülmektedir. Meme kanseri, kadınlarda görülen tüm kanserlerin yaklaşık dörtte birini oluşturmaktadır. Meme kanseri araştırmalarında çoğu ilaç teropatik ajan olma potansiyelinde irdelenmektedir. Doğu Hindistan bitkisi olan Curcuma longa bitki kökünden elde edilen bir bileşik olan curcumin'nin anti-enflamatuar, anti-tümorijenik, anti-septik ve anti-oksidan özellikleri kolon, melanoma, servikal ve meme kanseri üzerinde gösterilmiştir. Büyüme hormonu (BH) anterior hipofiz tarafından salgılanan bir hormon olup, lipit, karbonhidrat ve protein metabolizması üzerinde etkileri göstermiştir. Meme kanseri hücre biyopsilerinde BH anlatımının varlığı ve akromegali gibi BH'ın fazla salgılandığı kişilerde malign profilin görülmesi meme kanseri ile BH arasındaki ilişkiyi ortaya koymaktadır. Otokrin BH sinyaline sahip meme kanseri in vitro ve in vivo modellerde metastaz, invazyon, karsinojenik etkinin arttığı ve ilaca direnç mekanizmasının aktive olduğu gösterilmiştir. Endoplazmik Retikulum (ER) stresi, ER'de protein katlanmasının bozulduğu patolojik ve fizyolojik süreçlerden kaynaklanmaktadır. ER stres oluşumunun ilk basamağında katlanmamış proteinlerden kaynaklı programlı hücre ölüm yolakları olan apoptoz ve otofajik ölüm yolağı gibi birçok sağkalım yolağını aktive ettiği gösterilmiştir. Bu çalışmadaki amacımız, otokrin BH anlatımı olan MCF-7 meme kanseri hücre hattında curcuminin endoplazmik retikulum stresi/otofaji ve apoptotik ölüm yolakları üzerine etkisinin irdelenmesidir. Otokrin BH anlatımı olan MCF-7 meme kanseri hücre hattında zamana bağlı curcumin uygulanması sonucunda, otokrin BH anlatımı kazandırılmış olan MCF-7 meme kanseri hücrelerinde hücre canlılığı ve hücre büyümesi üzerinde ket vurucu etki göstermiştir. Otolizozom inhibitörü olan Bafilomisin A1 ile ön muamele yapılması sonucu BH+ olan MCF-7 meme kanseri hücrelerinde curcuminin hücre canlılığına ket vurma potansiyelini arttırdığı gözlenmiştir. Sonuç olarak, otokrin BH sinyali MCF-7 meme kanseri hücrelerinde curcumine direnç mekanizmasını otofaji ve ER stres anahtar molekülleri üzerinde etki ederek gerçekleştirse de otolizozom inhibitörü ile curcuminin kombine uygulamasının curcumine bağlı hücre ölümünü arttırdığı BH sinyali anlatımı kazandırılmış MCF-7 meme kanseri hücrelerinde gösterilmiştir.
Open Access
Ekstrem toleranslı Puccinellia distans bitkisinde proteomik analizler
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) GÜMÜŞ, TAMER; Çelik, Özge
Bor (B) elementi, bitkiler için vejetatif ve generatif gelişme evrelerinde önemlidir. Bitkilerin gelişim süreci ve yaşamı için gerekli olan doğal metabolik aktivitelerini devam ettirebilmeleri için gerekli olan bir mikro besleyici esansiyel elementtir. Bor elementinin eksikliğinde veya aşırı bor alımında bitkilerde metabolik rahatsızlıklar oluştuğu bilinmektedir. Son zamanlarda artan bor stresi önemli bir abiyotik bir stres olarak dikkat çekmektedir ve yüksek bor konsantrasyonlarının sıklıkla tuzlu topraklarda bulunması bor stresi ile kombine tuz stresinin araştırılmasının bitkiler için oldukça kritik yanıtlar vereceğini düşündürmektedir. Tuz akümülasyonu, iyon toksisitesi, mineral dengesindeki bozulmalar, membran geçirgenliğinin değişmesi ve kararsızlaşması, azalan fotosentez ve enerji metabolizmasındaki değişimler gibi bitkinin hayatta kalması için gerekli olan metabolik aktiviteleri etkilemektedir. Türkiye'de çorak çimi ismiyle adlandırılan Puccinellia distans türü hem tuzlu hem de yüksek konsantrasyonda bor içeren topraklarda rahatlıkla yaşayabilmektedir. Puccinellia distans, bor elementi için yüksek miktarda akülümülasyon kapasitesine sahip olan hiperakümülatör bir halofit bitkidir. Yüksek oranda bor ve tuz içeren topraklarda metabolik faaliyetlerini aksatmadan yaşayabilmektedirler. Bu sebeple gerçekleştirilen bu tez çalışmasında amacımız, monokotiledon bitkiler için uygun bir model organizma olabileceği öne sürülen, yüksek tuz ve bor stresine direnç gösteren, hiperakümülatör bir bitki olan Puccinallia distans bitkisi kullanılarak bitkilerin tuz ve bor direncine katkı sağlayan moleküler yolaklarının aydınlatılmasıdır. P. distans bitkileri çimlenme aşamasının ardından 2 haftalık fideler noksanlık/B0 (0µM), kontrol/B1 (30µM) ve yüksek seviyede/B2 (4mM) olmak üzere 3 farklı bor dozu uygulanmıştır. Bor uygulamalarıyla eş zamanlı olarak NaCl uygulaması da başlatılmıştır. Noksanlık/T0 (0mM), kontrol/T1 (100mM), yüksek tuz/T2 (250mM) NaCl uygulamasına 30 gün süreyle maruz bırakılmıştır. Stres uygulamasının sonrasında bitkilerden total protein izolasyonları yapılarak -80 oC'de saklanmışlardır. Farklı konsantrasyonlarda bor ve tuz uygulanan Puccinellia distans bitkilerinden izole edilen proteinlerin iki boyutlu jel elektroforezi analizleri yürütülmüş olup elde edilen jeller PDQuest™ (Bio-rad ABD) yazılım aracıyla analiz edilmiş ve normalizasyon sonrasında 9 jel üzerinde toplam 2088 protein spotu saptanmıştır. En çok protein spotu, 282 spot ile Bor ve tuz noksanlık (B0T0) koşullarında yetiştirilen bitkilerden elde edilen ait jellerde saptanmıştır. En az protein spotu ise B noksanlık ve yüksek tuz (B0T2) koşullarında yetişen bitkilerden izole edilen proteinlerin iki boyutlu jel elektroforezi örneklerinde saptanmıştır. Saptanan 2088 spot arasından bor konsantrasyonundaki değişimler baz alınarak PDQuest Advanced programı ile analiz edilmiş ve istatistiksel olarak anlamlı artış veya azalış gösteren 28 spot belirlenmiştir. Jellerden kesilen spotların içerisinde bulunan proteinlerin metal iyonlarıyla olan etkileşimleri incelenmiştir. Bu incelemeler ışığında seçilen 28 spottan 17 tanesinin yüzeyinde Bor iyonlarına ait emisyonlar saptanmış ve analizlerde bu spotlar kullanılmıştır. Sonuç olarak bu tez çalışmasında Puccinellia distans bitkisinde bor ve tuz artışına bağlı olarak değişiklik gösteren proteinler gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, kombine stres uygulamalarından elde edilen sonuçlar ile karşılaştırılarak tartışılmıştır.
Metadata only
Epibrassinolid'in GSK3 ve p53 sinyal mekanizmaları üzerindeki etkilerinin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı, 2016) Özbey, Utku; Obakan Yerlikaya, Pınar
Kolon kanseri,kanser nedeni ile ölüm oranlarında akciğer kanserinden sonra gelen yaygın bir kanser türüdür.Kolon kanserinin tedavisinde kullanılan geleneksel yöntemlerin başarıları tartışılırken, bu yöntemlerin yan etkileri hastanın yaşam kalitesini düşürmektedir. Bu sebeple yapılan çalışmalarda kolon kanseri tanı ve tedavisine yönelik yeni yöntem ve ilaçların geliştirilmesi için çalışmalar yürütülmektedir. Bu çalışmalarda günümüzde özellikle hedefe yönelik, yan etkileri az,doğallığı yüksek yeni kemoterapotik ajanların üzerine olan çalışmalar önem arz etmektedir.Bitkilerden elde edilen brassinosteroid ailesi steroid yapıdaki bitkisel hormonlardan 24-epibrassinolid (EBR), steroid yapısı sebebiyle doğal kemoterapotik ilaçlardan biri olma potansiyeli taşımaktadır. Gerçekleştirilenin vitro çalışmalarda EBR'nin prostat ve kolon kanserinde etkilediği hücresel sinyaller araştırılmışve EBR'nin apoptotik hücre ölümünü tetiklediği gösterilmiştir. Yapılan çalışmalar kolon kanserinin oluşmasının başlıca sebeplerinin başında büyüme sinyali hedeflerinde ve tümör baskılayıcı bir protein olan p53'te gerçekleşen mutasyonların varlığı tespit edilmiştir. Bu noktadan yola çıkarak bu çalışmada EBR'nin p53 anlatımı bakımından farklı kolon kanseri hücrelerinde(HCT-116 (doğal tip), HT-29 (p53 mutant) ve HT-29 p53+/+)hücre canlılığının EBR uygulamasıyla değişimi incelenmiştir. Bulgular EBR'nin hücre canlılığını p53 anlatımı farklı hücre hatlarında azalttığı sonucu ortaya çıkmıştır. Hücre canlılığının azalmasının sebebinin apoptotik hücre ölümü olup olmadığı incelendiğinde ise p53 anlatımı farketmeksizin hücre hatlarının tamamında EBR ile apoptozun tetiklendiği, p53'ünhedef proteinlerinin ifadelerinde artış tespit edilmiştir. PI3K, Wnt ve MAPK sinyallerinden etkilenen GSK3β proteininin büyüme sinyalinin p53 anlatımından bağımsız şekilde kesildiği sonucu ortaya koyulmuştur. Ayrıca, GSK3β'nın p38 MAPK proteini ile aktivitesinin düzenlenebileceği düşünülmektedir. Bu sonuçlar ışığında EBR'nin hücrelerde oluşturabileceği stres koşullarının p53 anlatımı farklı hücre hatlarında endoplazmik retikulum (ER) stresine yol açtığı ortaya çıkartılmıştır. EBR uygulaması ile elde GSK3β proteininde Ser9 fosforilasyonu ile aktivite kaybı tespit edilmiş ve bunun Alzheimer hastalığı (AD) tedavisinde kullanılan ilaçlardan lityum klorür ile aynı etkiyi yarattığı görüşü ortaya çıkmıştır. Bu sebeple Caenorhabditis elegans model organizmasında yapılan çalışmalarda,AD modellerinde ve GSK3β mutant suşlardaEBR'nin LiCl'e göre daha düşük toksisiteye sahip olduğu, AD modellerinde ise doğal tip C. elegans suşuna göre yaşam süresini daha fazla arttırdığı sonucu ortaya çıkartılmıştır.Elde edilen bulguların ışığında EBR'nin kolon kanserinde potansiyel kemoterapotik ajan olabileceğini ve ek olarak veAD'detedavi amaçlı ilaç olma potansiyeli olduğu belirlenmiştir.
Open Access
Epibrassinolidin anti-nörodejeneratif etkisinin taupati modeli oluşturulmuş PC12 hücrelerinde endoplazmik retikulum stresi ve otofaji yolakları ile ilişkili olarak araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyokimya ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Okumuş, Osman Orçun; Obakan Yerlikaya, Pınar
Alzheimer Hastalığı (AH), demansın en fazla gözlenen biçimi olup yaşlı nüfusun artması ile gelecek yıllarda görülme sıklığının da artması beklenmektedir. AH nadiren ailesel, sıklıkla ise sporadik nedenlerden dolayı ortaya çıkmaktadır. AH patolojisinde temel olarak senil plaklar ve nörofibriller yumakların(NFT) varlığı söz konusudur. NFT oluşumlarına ayrıca farklı taupatiler, bazı sinükleopatiler ve prion kökenli hastalıklarda da rastlanmaktadır. Tau'nun anormal fosforilasyonu onun NFT oluşturmasını tetiklediğinden, tau kinaz inhibitörlerinin kullanımı AH ve diğer taupatilerde temel, NFT oluşumunun gözlendiği diğer proteinopatilerde ise yardımcı terapötik strateji olarak önem taşımaktadır. AH ve diğer nörodejeneratif hastalık (NH)'ların patolojisinde endoplazmik retikulum (ER) stresi ve otofaji temel hücresel olaylardır ancak nörodejeneratif veya nörokoruyucu rolleri tam olarak aydınlatılamamıştır. Epibrassinolid (EBR); brassinosteroid (BR)'ler sınıfından streroid türevli bir bitki büyüme düzenleyicisidir. Yapılan çeşitli çalışmalarda EBR'nin anti-kanser etkinliği gösterilmiş olup, daha yakın tarihteki çeşitli in vitro ve in vivo çalışmalarda ise tau kinazlarından olan GSK3β'nın potansiyel bir inhibitörü olabileceği gösterilmiştir. Bu tez çalışması kapsamında ön verilerden yola çıkılarak EBR'nin in vitro taupati modeli oluşturulmuş Feokromasitoma-12 (PC12) hücrelerinde nörokoruyucu etkisi ER stres ve otofaji yolakları ile ilişkili olarak gösterilmek istenmiştir. İlk olarak EBR'nin doğal tip PC12 hücrelerinde uygun dozu belirlenmiş, daha sonra PC12 hücrelerinde taupati modeli oluşturma başarısı gösterilmiştir. EBR'nin taupati modeli PC12 hücrelerinde, klinik çalışmaları devam eden GSK3 inhibitörü Lityum Klorür (LiCI)'e kıyasla hücre sağkalımını daha anlamlı şekilde tetiklediği gösterilmiştir. Bununla birlikte nörodejenerasyon belirteci proteinlerin anlatımlarını veya fosforilasyon seviyerini düzenlenlendiği gösterilmiştir. Tau kinazlarından;Glikojen sentaz kinaz 3 beta (GSK3β)'nın Ser9 inhibe edici fosforilasyonunun tetiklendiği,Sikline bağımlı kinaz 5 (CDK5) anlatımının ve Ribozomal protein S6 Kinaz beta-1 (p70S6K)'nın aktive edici Ser 371 fosforilasyonu seviyesinin geri çekildiği gösterilmiştir. Taupati modeli PC12 hücrelerinde tetiklendikleri ancak sonuca ulaşmadıkları gösterilen ER stres ve otofajinin EBR uygulanması ile hücre sağkalımını tetikleyecek şekilde düzenlendiği gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlardan yola çıkılarak; sağlıklı hücreler üzerinde toksisitesi düşük olduğu gösterilen EBR'nin potansiyel bir GSK3β inhibitörü olduğu, bunu yanında otofaji ve ER stres üzerinde düzenleyici etkisi olması nedeni ile AH veya taupatilerde in vivo terapötik deneme çalışmalarında kullanımının mümkün olduğu belirlenmiştir.
Open Access
Kuraklık stresinde miRNA cevaplarının domateste araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı, 2016-07) Ekşioğlu, Aybüke; Çelik, Özge
Bu tezin konusu kuraklık stresinde domateste miRNA cevaplarının araştırılmasıdır. Sonuçta miRNA'ların kuraklık stresi toleransında nasıl rol oynadıkları ve hedef genler üzerindeki etkilerinin gösterilebilmesi amaçlanmıştır. Stres; bitkilerde potansiyel bir hasarın oluşmasını sağlayan çevresel bir değişikliktir. Kuraklık; yağış miktarındaki azalmadan ya da düzensizlikten dolayı meydana gelen bir durumdur. Belli bir bölgedeki yağış ve buharlaşma arasındaki dengenin bozulması sonucunda kuraklıktan bahsedilir ve bu kuraklığın bitkilerde hasar oluşturması durumuna kuraklık stresi denir. miRNA'lar yeni keşfedilmiş protein kodlamayan endojen küçük RNA'lardır. miRNA'lar ilk olarak 1993 yılında Caenorhabditis elegans nematodunda larval gelişimin zamanlanmasının düzenlenmesi araştırmaları sırasında tanımlanmıştır. miRNA'lar küçük moleküller olsa da gen ekspresyonunda çok önemli rollere sahiptirler. miRNA'lar hayvanlarda ve bitkilerde en önemli post transkripsiyonel gen düzenleyicilerinden biridir. Domates, Solanaceae familyasına ait bir bitkidir. Solanum cinsinin türleri tüm sıcaklıklarda ve kıtalarda bulunmalarıyla, morfolojik çeşitlilikleri ve ekonomik önemleriyle dikkat çekmektedirler. Ekonomik olarak önemi her geçen gün artan domates, yıllar içerisinde araştırma programlarında model organizma olarak kullanılmasıyla bilim adamları için de önemli bir bitki haline gelmiştir. Çalışma sırasında miRNA cevaplarının araştırılabilmesi için iki mutant domates hattı ve yabani tip kuraklığa toleranslı Solanum pennellii kullanılmıştır. Çalışmada kullanılan mutant hatlar X5671R varyetesine ait mutant domates hatlarıdır. 4.5 ve 3.409 kodlu mutant bitkiler kuraklığa tolenranslılıkları farklı olduğu için seçilmiştir. Çalışmada kuraklığa karşı cevapta görev aldığı düşünülen on üç miRNA'nın ve hedef genlerinin ifade seviyeleri qRT-PCR ile gösterilmiştir. Sonuçta seçilen miRNA'larla kuraklığa karşı toleranslı olan mutant 4.5 hattının çalışmada kullanılan miRNA'lar açısından gen ifade seviyelerinin yabani tip domatese yakın seviyelerde ve benzer profil gösterdiği belirlenmiştir. miR2118a hem yabani tip S. pennellii'de hem de mutant 4.5'de %80 oranında artış göstermiştir. Bununla birlikte mutant 3.409 hattının ise mutant 4.5 kadar toleranslı olmadığı gen ifade seviyelerinde de gözlenmiştir. miR2118a mutant 4.5'de %80 oranında artarken, mutant 3.409'da kontrol grubuna göre %7 oranında bir artış göstermektedir.
Open Access
Metformin ve Triptolid uygulamasının MDA-MB-231 hücre hatında Endoplazmik Retikulum stresine etkilerinin gösterilmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Abdulmunem, Amani Abbas; Gürkan, Ajda Çoker
Meme kanseri, kadınlarda kanser kaynaklı ölümler arasında ikinci en sık görülen kanser tipidir. Pek çok büyüme faktörü (VEGF, HER2/neu, PDGF) ve hormonun (PRL, BH) meme kanseri gelişiminde önemi gösterilmiştir. Son dönemde postnatal büyüme üzerinde etkisi bilinen BH'nun ve reseptörünün (BHR) anlatımının meme kanseri biyopsi örneklerinde normal meme epitel hücresine kıyasla yüksek olduğu gösterilmiştir. Otokrin BH anlatımı arttırılmış meme kanseri in vivo ve in vitro hücre modellerinde hücre proliferasyonu, invazyon-metastazı indüklediği gösterilmiştir. Ayrıca otokrin BH anlatımı arttırılmış meme kanseri hücrelerinde tamoxifen, doxorubisin, curcumin gibi ilaçlara direnç mekanizmasına yol açtığı ifade edilmiştir. Triptolid, Tripterygium wilfordii bitkisinden izole edilen anti-karsinojenik etkisi meme, kolon, pankreas ve akciğer kanserlerinde gösterilen ilaçtır. Metformin, Galega officinalis bitkisinden izole edilen anti-proliferatif etkisi meme, melanom, kolon, pankreatik ve lösemi kanser tiplerinde gösterilen bitkisel bileşendir. Bu tez ile amacımız metformin ve triptolid beraber etkisinin otokrin BH anlatımı arttırılmış MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde endoplazmik retikulum stresine bağlı apoptotik etkisinin gösterilmesidir. Doza bağlı triptolid uygulamasının otokrin BH sinyali arttırılmış MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde doğal tip hücrelere kıyasla direnç gösterdiği ancak metformin ile beraber triptolid uygulamasının hücre canlılığına sadece triptolid uygulamasına kıyasla daha etkin ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca metformin ve triptolid beraber uygulamasının sadece triptolid uygulamasına kıyasla hücre proliferasyonu, koloni oluşumunu, yara kapanmasını engellediği gösterilmiştir. Ayrıca triptolid uygulamasının BiP, PERK ve PDI gibi ER stres anahtar moleküllerin anlatımını indüklediği hem doğal tip hem de BH+ MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. Ayrıca metformin ve triptolid ikili ilaç uygulamasının G1 fazında hücrelere ket vurduğu MDA-MB-231 BH+ meme kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. Sonuç olarak triptolid ve metformin beraber uygulamasının otokrin BH anlatımına bağlı ilaç direnç mekanizmasını kırarak MDA-MB-231 gibi agresif hücre hatlarında da hücre ölümünü tetiklediği gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Triptolid, Metformin, ER stresi, Meme kanseri, Büyüme Hormonu
Open Access
miR499'un prostat kanserindeki rolünün araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, 2021) Kashani, Sina; Yerlikaya, Pınar Obakan
Günümüzde insanların mücadele ettiği en büyük zorluklardan biri kanserdir. Prostat kanseri, dünya çapında erkeklerde kansere bağlı ölüm nedenleri arasında en yüksek sırada yer alan erkeklerdeki kanserler arasındadır. Kanser araştırmalarında önemli hedeflerden biri miRNA'lardır. Bu tezin ana konusu, özellikle prostat kanseri tedavisinde kanser tedavisinde olası hedefe özgü tedavi için mikroRNA'ları gelecekteki hedef moleküller olarak araştırmaktır. Tez kapsamında, kötü ilerlemeye sahip agresif prostat kanseri hücreleri arasında miRNA'ların ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar ve hedefe özgü bir terapi olarak seçilen miRNA'ların nasıl seçildiği tartışıldı. Ayrıca prostat kanseri etiyolojisindeki genetik farklılıkların değerlendirilmesi hem in vitro hem de in siliko yöntemlerle araştırılması hedeflendi. Kanser genom atlas programı (TCGA) ve mirBase gibi miRNA ile ilgili veritabanları kullanılarak detaylı aramalar sonucunda hsa-miR-499a ve hsa-miR-499b, miRBASE veri tabanından toplanan verilere dayanarak 136 farklı literatürde atfedilen bir mikroRNA ailesi olarak bu tezin konusunu oluşturmaktadır. Tez kapsamında ayrıca konvansiyonel kemoterapi ajanları olan cisplatin ve paklitaksel'in yüksek metastatik özellikte PC3 ve PC3 p53+ hücrelerde rolleri incelendi. Bu bağlamda, prostat kanseri ile ilgili gelecekteki projeler için ön veri olarak değerlendirilebilecek tezin sonuçları umut vericidir.
Open Access
Otokrin büyüme hormonu (BH) sinyalinin curcumin'e karşı direnç mekanizmasındaki rolünün endoplazmik retikulum stres ve otofajik yolaklara bağlı olarak MDA-MB-231 ve T47D meme kanseri hücrelerinde irdelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2019) Bulut, Derya; ÇELİK, ÖZGE; Gürkan, Ajda Çoker
Meme kanseri kadınlarda kanser kaynaklı ölümler arasında ikinci sırada yer alan ve büyüme faktörleri, hormonal düzenleme ile gelişimi seyreden bir kanserdir. Yakın zamanda, büyüme hormonunun (BH) meme kanseri hücrelerinde anlatımının arttırılmasının hücre büyüme, invazyon-metastaz ve ilaç direncine neden olduğu tespit edilmiştir. BH kaynaklı ilaç direncinde bitkisel kökenli curcuminin etkisi zamana ve doza bağlı olarak gösterilmiştir. Ancak curcuminin terapötik potansiyelinin arttırılması ve apoptotik etkinliğinin moleküler mekanizmasında ER stres ve otofajinin rolü bilinmemektedir. Bu tez ile amacımız MDA-MB-231 ve T47D doğal tip ve BH+ meme kanseri hücreleri üzerine zamana bağlı curcuminin etkisinin yanında otolizozom inhibitörü olan bafilomisinle kombine tedavisinde apoptotik etkinliğinin ER ve otofaji yolakları göz önünde bulundurularak irdelenmiştir. Zamana bağlı curcumin uygulamasının otokrin BH sinyali aracılı direnç mekanizmasının otofajik ve ER stres anahtar molekülleri üzerinden gerçekleştirdiği MDA-MB-231 ve T47D meme kanseri hücrelerinde gösterilmiştir. Curcumin direncinin kırılmasına bağlı terapötik etkinliğin irdelenmesi için bafilomisin ile curcuminin beraber uygulamasının ER stres anahtar moleküllerinin anlatımını baskılayarak ve otofaji sürecinde geç aşama olan otolizozomu engelleyerek apoptotik hücre ölümünü indüklediği MDA-MB-231 ve T47D meme kanseri hücrelerinde belirlenmiştir. Böylece bu tez ile ilk defa otokrin BH sinyali kaynaklı curcumin ilaç direnç mekanizmasının moleküler mekanizmasında ER stres ve otofajinin rolünün aydınlatılması yanında curcuminle beraber bafilomisin uygulamasının curcumine bağlı apoptotik hücre ölümünü indüklediği MDA-MB-231 ve T47D hücrelerinde tespit edilmiştir.
Open Access
PANC-1 ve PANC10.05 pankreas kanseri hücre hatlarında palbociclib ve abemaciclib uygulamasıyla PI3K/AKT/MTOR ve AMPK sinyal ekseninin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Çoban, Merve Nur; Yerlikaya, Pınar Obakan
Pankreas duktal adenokarsinoma (PDAC), pankreas tümörlerinin yaklaşık % 85'ini oluşturan ve en sık görülen pankreas kanseri türüdür. Günümüzde pankreas kanseri yüksek mortalite oranına sahip olan ve sağkalım oranı oldukça düşüktür. Genetik ve biyolojik olarak farklı mutasyonlar içermesi nedeniyle kanserin birçok alt tipi farklı agresiflik düzeyleri ile ilişkilendirilmektedir ve agresif doğası gereği, kanser mortalite istatistiklerinde dördüncü sırada yer almaktadır. Hücre içerisindeki sinyal mekanizmalarındaki bozulmalar devamlı proliferasyonla ve sağkalımla sonuçlanmaktadır. Pankreas kanseri gelişiminde rol oynayan KRAS genindeki mutasyon hücre sağkalımı ile ilişkili PI3K/AKT/mTOR sinyal yolu aktive etmektedir. Ayrıca hücre siklusundaki CDK2NA ve tümör supresör TP53 deki aktivasyon kaybı kontrolsüz hücre çoğalmasına neden olmaktadır. Hücre içerisinde enerji sensörü olarak mevcudiyetini koruyan ve hücre siklusu ile etkileşimde olan AMPK nın değişimi kanser agresivitesinin gelişmesinde önemli rol oynamaktadır. Hücre döngüsündeki ve ilişkide bulunduğu sinyal yollarındaki bu kararsızlık ve sürekli proliferasyon kanser tedavisinde CDK inhibitörlerinin terapötik olarak etkinliklerinin geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Meme kanseri tedavisinde kullanılan CDK4/6 inhibitörleri olan palbociclib ve abemaciclib tek başına veya combine tedavilerle tercih edilen önemli terapötik ajanlardır. Pek çok kanser tipinde de etkileri araştırılan bu küçük moleküllü inhibitörlerin birçok sinyal mekanizmasının regülasyonunda önemlidir. Bu çalışmada seçili pankreas kanseri hücre hatlarında CDK4/6 inhibitörleri palbociclib ve abemaciclib uygulaması sonucu potansiyel terapötik yetkinliklerinin AMPK'nında ilişkide olduğu alt ve üst sinyal yollarındaki protein ve lipid profilleri üzerine etkileri incelenmiştir. Metabolik yeniden programlamanın, kanser hücrelerini farklı ortamlara daha uyumlu hale getiren kanserlerin önemli bir özellik olarak karşımıza çıktığı ve bunu modüle eden AMPK nın bu süreçte karar mekanizmasında önemli bir role sahip olduğu sonucuna varılmıştır. Lipit sentezinin arttığı bilinen pankreas kanserinde lipit sentez sürecinin bastırılmasının kanser tedavisi için önemli bir hedef olabileceği düşünülmektedir. Hücrelerde enerji metabolizmasının yeniden programlanması yolu ile CDKi'lerin pankreas kanserinde AMPK alt ve üst yolakları ile ilişkili olarak bir terapötik hedef olabileceği ortaya konmuştur.
Metadata only
Potansiyel GSK3 inhibitörü epibrassinolid'in sinir hücre modellerinde etkilerinin araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, 2016-07) Nahmadova, Shafag; Pınar, Obakan Yerlikaya
Epibrassinolid (EBR), bitki büyüme düzenleyicileri olan brassinostreroidlerinlerin biyolojik olarak aktif bir üyesi olup, son yıllarda tümör oluşturmayan hücrelere etki etmeksizin, farklı kanser hücrelerinde apoptozu tetikleyen bir madde olarak belirlenmiştir. Bir serin/treonin protein kinaz olan glikojen sentaz kinaz 3β (GSK3β) ilk olarak glikojen metabolizmasının ve insulin sinyal mekanizmasının önemli bir elemanı olarak tanımlanmış olsa da son yıllarda hücre bölünmesi, farklılaşması, adhezyon gibi birçok hücresel olayı düzenleyen bir molekül olarak gösterilmektedir. GSK3β sinyal mekanizmasında meydana gelen değişimlerin Alzeheimer, inflamasyon, tip II diyabet ve kanser gibi birçok toplum sağlığını etkileyen hastalıklarla olan yakın ilişkisi, molekülün üzerindeki ilgiyi arttırmaktadır. GSK3β inhibitörlerinin patolojik bulguları azaltma yönündeki etkileri tanımlanmış olmakla beraber halen etkin bir inhibitör geliştirilememiştir. Örnek olarak, Alzheimer hastalığının patolojik bulgusu olan amiloid β (Aβ) birikimleri veya nörofibril stabilizasyonunun, GSK3β inhibitörü lityum klorür ile gerilediği bildirilmiştir. Fakat tam anlamıyla iyileşme süreci tetiklenmemiş olup, GSK3β inhibitörleri ile ilgili çalışmalar sürdürülmektedir. Nörodegenerasyonun yanısıra GSK3'ün tumor oluşumunda da önemli bir etken olduğu, hücre sağkalımını bir apoptoz indükleyici protein olan pro-apoptotik Bcl-2 ailesi üyesi Bax proteinin fosforile ederek devre dışı bıraktığı ve bu şekilde hücre sağkalımını tetiklediği bulgular arasındadır. Lösemi, glioma, pankreas ve meme kanseri gibi çeşitli kanser türlerinin gelişimde anahtar bir rol üstlendiği gösterilmiştir. Bu çalışmada, EBR uygulaması bir nöroblastoma ve aynı zamanda Alzheimer Hastalığı (AH) modeli olan SK-N-AS hücre hattında hücre canlılığında kayba, mitokondri ile ilişkili, kaspaz-bağımlı apoptozun tetiklenmesine neden olmuştur. EBR AH biyobelirteçlerinde anlatım değişikliğine yol açmazken, pGSK3β Ser9 fosforilasyonunu arttırarak, β-katenin nuklear göçne ket vurmuştur. Sonuç olarak EBR bu hücreler üzerinde apoptotik etki göstermiştir.
Metadata only
Sikline bağımlı kinaz inhibitörlerinin doğal tip ve Atg5 ifadesinden yoksun MEF hücrelerinde terapotik etkilerinin araştırılması
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı, 2017) Nezir, Ayça Ece; Arısan, Elif Damla
Günümüzde kanser, dünyanın her yerinde sıklıkla görülen, yüksek oranda ölüme, çoğu zaman da yaşam kalitesinin düşmesine neden olan, insan ömrünün uzaması ile birlikte artan vakalar sebebiyle araştırmacıların yoğun olarak ilgilendiği ciddi bir sağlık sorunu olarak karşımıza çıkmaktadır. Kanserin tanı ve tedavisine yönelik çok çeşitli stratejiler geliştirilmiş olup hala potansiyel terapotik ajanlar üzerine çok sayıda çalışma yürütülmektedir. Kanser vakalarında hücrelerin aşırı çoğalması durumu büyük bir sorun teşkil etmektedir. Dolayısıyla hücre döngüsü ve bölünmesinin sağlıklı bir şekilde gerçekleşmesini sağlayan birtakım proteinler, önemli birer hedef olarak ortaya çıkmaktadır. Bu bağlamda sikline bağımlı kinazlar (CDK) son zamanlarda ele alınmaktadır. CDK'lerin aşırı aktivasyonu sonucunda hücreler sürekli olarak bölünme eğilimine girerler. Bu nedenle CDK inhibitörleri (CDKi) kanser tedavisinde kullanılabilmektedir. Bu anlamda purvalanol ve roskovitin (CYC202, seliciclib) gibi, kendine özgü CDK hedeflerinin aktivasyonunu durduran ajanlar ile yapılan çalışmalar sonucunda CDKi türevlerinin hücre sağkalımına ket vuran apoptotik etkileri ortaya konmaktadır. Otofaji, hücrenin eski organel, protein gibi sitoplazmik molekülleri yıkıma uğratılarak, sonuçta yenilerinin sentezinde kullanılabilecek amino asit, yağ asidi gibi küçük moleküllerin üretildiği bir nevi geri dönüşüm mekanizmasıdır. Dolayısıyla böyle bir mekanizma, açlık benzeri stres koşullarında hücrede homeostasinin sağlanması için son derece önemlidir. Ancak otofajinin, apoptozun yanında bir diğer hücre ölüm mekanizması olarak da görev yapabildiği daha önce yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Kanserde, otofajinin hücre sağkalım ve ölüm kararlarında hangi yöne etki ettiği tartışma konusudur. Atg5 proteini otofagozomların oluşmasındaki önemli rolü nedeniyle otofaji süreci için gerekli görülmektedir. Bu tez kapsamında Atg5 protein varlığının purvalanol ve roskovitin uygulanan fare embriyonik fibroblast (MEF) hücrelerindeki apoptoz ve otofaji süreçlerini ve hücre sağkalımını ne şekilde etkilediği üzerine çalışmalar yapılmıştır. Doğal tip (dt) ve Atg5 ifadesinden yoksun (Atg5-/-) MEF hücrelerinde, ilaç uygulamalarını takiben, otofaji ve apoptoz ile ilişkili belirteçler ve otofaji ile yakından ilişkili olan memeli rapamisin hedefi (mTOR) sinyal yolağında yer alan bazı proteinlerin durumları incelenmiştir. Çalışmalar sonucunda CDKi türevleri ile muamele edilen MEF hücrelerinde apoptozun gerçekleştiği belirlenmiştir. Ayrıca bu ilaçların her iki hücre hattında da Atg5 varlığından bağımsız olarak otofaji cevabının ortaya çıkmasına neden olduğu görülmüştür ki literatürde Atg5-bağımsız otofajik sinyal yolaklarının varlığı gösterilmiştir. Yine de, dt hücrelerin sağkalımının Atg5-/- hücrelere kıyasla daha yüksek olduğu görülmüştür. Atg5 proteininin apoptozun gerçekleşmesindeki bazı rolleri de daha önce yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Hücrenin sağkalım ve ölüm karar mekanizmalarının daha iyi anlaşılabilmesi için bu bilgilerin de ele alınması, konu üzerine çalışmalara devam edilmesi gerekmektedir.
Open Access
Triptolid ve metformin uygulamasının doğal tip mda-mb-231 ve büyüme hormonu arttırılmış mda-mb-231 hücre hatlarında apoptotik ve otofajik etkilerinin incelenmesi
(İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Rakhmatula, Gizat; Yerlikaya, Pınar Obakan
Meme kanseri, kadınlar arasında en yaygın kanser türü olup, kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedeni olarak tanımlanmaktadır. Büyüme hormonunun (BH) artan ifadesinin, meme kanserinde hücre büyümesine, ilaç direncine ve metastaza neden olduğu bulunmuştur. Triptolid, kanser önleyici aktiviteye sahip Tripterygium wilfordii'den izole edilmiş bir diterpenoittir. Verilerimiz aşırı BH+ anlatımı bulunan MDA-MB-231 hücrelerinin doğal tip MDA-MB-231 hücrelerine kıyasla tripitolid tedavisine karşı bir direnç mekanizması sergilediğini göstermiştir. Bu direnci aşmak için, triptolid ile anti-tümörijenik etkiye sahip bir anti-diyabetik ajan ve meme kanseri yönetiminde potansiyel bir adjuvan olan metformin eş zamanlı uygulanmıştır. Bulgularımız, BH + hücrelerinin, metformin ile birlikte uygulandığında artan hücre canlılığı kaybı, mitokondriyal membran potansiyel kaybı ve apoptotik hücre ölümü gösterdiğini tespit etmiştir. Ek olarak, kombine tedavi nedeniyle koloni boyutları önemli ölçüde azaldı. Otofaji, stres koşulları altında enerji seviyesini kontrol etmek için makromoleküllerin, zarar görmüş organellerin lizozoma iletildiği bir hücresel süreçtir. Hücreler, otofaji yolaklarını kontrol ederek proliferasyon veya apoptoz arasında bir denge oluşturabilmektedir, bu bir kemodirenç mekanizması olarak önerilmiştir. Verilerimiz, triptolid ve metformin ile işlenmiş MDA-MB-231 ve MDA-MB-231 BH+ hücrelerinde otofaji indüksiyonunda önemli bir değişiklik olmadığını göstermiştir.

Browse

Browsing Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program by Subject "Biyoloji"